發(fā)布時間：2021-04-15 06:14

　　利用高通量測序技術(shù)對東北林蛙（Rana dybowskii）轉(zhuǎn)錄組和基因組分別進(jìn)行了Illumina Next Seq500以及Miseq測序及拼裝,獲得了大量含有微衛(wèi)星片段的序列并對其進(jìn)行特征分析。轉(zhuǎn)錄組與基因組測序結(jié)果分別得到56668566條及6108401條原始序列（Raw Reads）片段用于后續(xù)生物信息學(xué)分析。經(jīng)過一系列處理（包括去除低質(zhì)量片段和去冗余過濾等）后得到56391524條及2524353條干凈序列（Clean Reads）。將轉(zhuǎn)錄組Clean Reads數(shù)據(jù)de novo組裝并去冗余后得到116655個Unigenes,分別對兩個數(shù)據(jù)源的Unigenes和Clean Reads進(jìn)行微衛(wèi)星搜索及特征分析,并對兩組數(shù)據(jù)源采用兩種不同策略進(jìn)行微衛(wèi)星引物開發(fā)。對比兩種數(shù)據(jù)源微衛(wèi)星豐度及重復(fù)類型,微衛(wèi)星出現(xiàn)頻率相似（26.43%、24.38%）,其中轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)結(jié)果顯示2mer、3mer、4mer比例較為平均,分別為32.25%、29.12%、27.91%,基因組較比3mer較少、4mer較多（28.24%、22.07%、39.00%）。兩組數(shù)據(jù)顯示二核苷酸優(yōu)勢重復(fù)單元類型... 

【文章來源】：沈陽師范大學(xué)遼寧省

【文章頁數(shù)】：56 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

GO注釋分類結(jié)果

東北林蛙基因組 DNA 經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測，使用 DL2000 Marker 分子量標(biāo)進(jìn)行比對。檢測結(jié)果 DNA 條帶單一，質(zhì)量良好。 （3）PCR 擴(kuò)增篩選微衛(wèi)星引物 首先對上述 89 對引物進(jìn)行初篩。以混合 DNA 池為模板，用這 89 對引物進(jìn)行 SSR擴(kuò)增。反應(yīng)條件優(yōu)化結(jié)果，退火溫度在 46 ℃時能夠產(chǎn)生最為清晰條帶，且雜帶少。經(jīng)過瓊脂糖凝膠電泳對其進(jìn)行第一輪篩選，89 對引物中有 36 對引物能夠擴(kuò)增出單一目的片段，占全部引物對的 40.5%。其余的引物對擴(kuò)增出的條帶顏色較淺或部分雜帶較多，目的條帶不能區(qū)分開，也有部分?jǐn)U增無產(chǎn)物或無目的條帶。SSR 擴(kuò)增結(jié)果總結(jié)見表 2-7。

基于高通量測序東北林蛙微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)與應(yīng)用22模板選擇引物代號片段大小清晰程度MIX263380+++MIX264300+++MIX268600++MIX269500+MIX274480++對初篩選定的36對引物進(jìn)行PCR產(chǎn)物序列檢測和復(fù)眩即將有條帶的PCR產(chǎn)物進(jìn)行DNA測序，測序結(jié)果可看出13對引物擴(kuò)增的位點(diǎn)具有微衛(wèi)星重復(fù)序列（如圖2-5）。圖2-4PCR產(chǎn)物測序峰圖Fig2-4PCRproductsequencingpeakdiagram將經(jīng)過檢驗(yàn)的13個SSR擴(kuò)增引物做FAM熒光標(biāo)記，再進(jìn)行SSR等位基因分型。從中獲得10個具有多態(tài)性的SSR位點(diǎn)（表2-8），多態(tài)性引物占比達(dá)到全部的11.2%。表明通過RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)能夠?qū)|北林蛙SSR位點(diǎn)進(jìn)行開發(fā)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3138805