塔里木裂腹魚（Schizothorax biddulphi）是僅存在于新疆塔里木河水系的特有魚類,由于種群數(shù)目急劇下降,目前已處于瀕危狀態(tài)。鑒于此,掌握塔里木裂腹魚的群體遺傳結(jié)構(gòu)、親緣關(guān)系、歷史動態(tài)和遺傳多樣性等方面的特征就很有必要。本實驗選用車爾臣河、克孜勒河和阿克蘇河3個塔里木裂腹魚群體作為研究對象,運用SSR標(biāo)記以及線粒體DNA的COII和ND4基因序列對塔里木裂腹魚進行遺傳多樣性分析,為合理開發(fā)和利用塔里木裂腹魚遺傳資源以及建立和保護其種質(zhì)資源提供一定的科學(xué)依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:1塔里木裂腹魚基因組微衛(wèi)星特征及SSR標(biāo)記的開發(fā)通過MISA軟件對塔里木裂腹魚基因組中的微衛(wèi)星重復(fù)序列進行搜索,在558,993個Unigene中共檢測到743,118條微衛(wèi)星序列,主要有單、二、三、四、五和六核苷酸重復(fù)的微衛(wèi)星類型。在微衛(wèi)星的序列中,序列數(shù)目最多的是二核苷酸重復(fù)單元,達到總數(shù)的42.74%,其次為單核苷酸重復(fù)單元（39.07%）,五、六核苷酸重復(fù)類型的SSR含量較少,僅占0.92%和0.24%。在二核苷酸重復(fù)中,以AC/TG含量最多,占30.02%,此外,塔里木裂腹魚微衛(wèi)星核苷酸重復(fù)... 

【文章來源】：塔里木大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：95 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

微衛(wèi)星不同核苷酸類型的重復(fù)次數(shù)Fig.2-1Thenumberofrepeatsofdifferentnucleotidetypesinamicrosatellite

塔里木大學(xué)碩士學(xué)位論文第2章塔里木裂腹魚基因組微衛(wèi)星特征及SSR標(biāo)記的開發(fā)20重復(fù)次數(shù)分別為55.16、35.74、20.89、38.75、47.98和23.05，其中單核苷酸重復(fù)的次數(shù)是最高的，其次是五核苷酸重復(fù)，而三核苷酸的重復(fù)次數(shù)最少。整體上反映了所開發(fā)的塔里木裂腹魚基因組微衛(wèi)星隨著核苷酸數(shù)的增加，重復(fù)次數(shù)呈現(xiàn)出先減后增再減的趨勢。圖2-1微衛(wèi)星不同核苷酸類型的重復(fù)次數(shù)Fig.2-1Thenumberofrepeatsofdifferentnucleotidetypesinamicrosatellite核苷酸重復(fù)次數(shù)的變化也將直接影響微衛(wèi)星的長度變化。塔里木裂腹魚SSR序列長度變化范圍是10~988bp，不同的類型SSR長度的變化范圍很大。從圖2-2中可以看出，長度為12bp的SSR所占比例最大，達16.4%，其次是長度為10bp的SSR，占15.4%，大于等于31bp的SSR比例為10.7%，但長度為29bp的SSR所占比例幾乎為0。圖2-2塔里木裂腹魚基因組不同長度微衛(wèi)星出現(xiàn)頻率Fig.2-2Frequencyofmicrosatellitesindifferentlength微衛(wèi)星長度的變異情況直接揭示了微衛(wèi)星獲得或失去重復(fù)單元速率的快慢程度。不

塔里木大學(xué)碩士學(xué)位論文第2章塔里木裂腹魚基因組微衛(wèi)星特征及SSR標(biāo)記的開發(fā)23f六核苷酸重復(fù)SSRfHexanucleotiderepeatSSR圖2-3不同長度重復(fù)單元微衛(wèi)星變異情況Fig.2-3Lengthdiversificationofthemicrosatellite2.2.4基因組DNA的提取提取的塔里木裂腹魚基因組DNA經(jīng)1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測，結(jié)果顯示，除個別個體以外，所提取的DNA主帶清晰（見圖2-4），經(jīng)過核酸蛋白檢測儀檢測，每個個體的OD值（A260/280）在1.8-2.0之間（見表2-3），表明DNA提取完整，未發(fā)生嚴重降解，可用于后續(xù)實驗。泳道Marker：DNA標(biāo)準分子量DL2000，泳道1-4：4個不同樣品基因組DNA圖2-4部分樣品基因組DNA電泳圖LaneMarker:DNAmolecularweightstandardsDL2000;Lane1-4:FourdifferentsamplesofgenomicDNAFig.2-4DNAforpartofthesamples

【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號：3011678