犏牛是牦牛與黃牛雜交的種間F1代雜種,其具有明顯的雜交優(yōu)勢,在產(chǎn)奶量、肉產(chǎn)量、體型和役用能力都很突出。而蛋白質(zhì)是生命活動的執(zhí)行者,其參與生命的整個過程,具有多樣性和復(fù)雜性等特點(diǎn)。了解其肌肉生長發(fā)育及脂肪沉積相互間的差異蛋白調(diào)控關(guān)系,對牦牛和犏牛在繁殖育種工作中具有重要意義。因此,本研究利用串聯(lián)質(zhì)譜標(biāo)簽技術(shù)并結(jié)合生物信息學(xué)方法篩選牦牛和犏牛背最長肌及皮下脂肪間的差異表達(dá)蛋白,并對差異蛋白進(jìn)行生物信息學(xué)分析。實(shí)驗(yàn)以各3頭成年的母牦牛及犏牛,采集背最長肌和皮下脂肪組織,提取各組織總蛋白后利用TMT技術(shù)進(jìn)行差異表達(dá)蛋白鑒定。經(jīng)TMT試劑標(biāo)記后進(jìn)行質(zhì)譜鑒定和蛋白數(shù)據(jù)庫搜索及生物信息學(xué)分析。主要研究內(nèi)容和結(jié)果如下:1.當(dāng)0.06≥FC≥1.4,同時p-value≤0.05時,皮下脂肪中差異顯著蛋白37個,背最長肌中差異顯著蛋白個數(shù)113個。2.通過GO顯著性分析發(fā)現(xiàn),在皮下脂肪中差異蛋白富集到64個GO term中,主要集中在細(xì)胞外基質(zhì)結(jié)構(gòu)成分、氧化還原酶活性、纖維蛋白復(fù)合物和氧化還原過程中;在背最長肌中,差異蛋白富集在128個GO term中,主要集中在催化活性、線粒體內(nèi)膜、代謝過程和ATP代謝... 

【文章來源】：西北民族大學(xué)甘肅省

【文章頁數(shù)】：77 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

數(shù)據(jù)信息分析流程圖

17表8蛋白質(zhì)鑒定總覽Table8OverviewofproteinidentificationRunname二級譜圖總數(shù)（Totalspectra）肽段數(shù)（Peptide）蛋白質(zhì)數(shù)（Protein）run1351248395234283run2314678243312318ALL--45712.3.1肽段長度分布本次實(shí)驗(yàn)統(tǒng)計了不同長度肽段的分布情況，如圖3所示（橫坐標(biāo)為肽段氨基酸殘基數(shù)，縱坐標(biāo)為該長度肽段的個數(shù)），在母牦牛和犏牛皮下脂肪組織（run1）中含有11個氨基酸殘基的肽段數(shù)最多，含有32個以上氨基酸殘基的肽段數(shù)較少；其次在母牦牛和母犏牛背最長肌組織（run2）是含有10個氨基酸殘基的肽段數(shù)最多，含有32個以上氨基酸殘基的肽段數(shù)較少。圖3肽段長度范圍分布圖Fig3Distributionofpeptidelengthrange2.3.2母離子質(zhì)量容差分布質(zhì)譜測量到的母離子(一級質(zhì)譜，即肽段離子)的分子量和肽段實(shí)際分子量有一定偏差，這是質(zhì)譜儀的一個固有屬性，也是衡量質(zhì)譜性能的一項重要指標(biāo)，同時也可以作為鑒定結(jié)果質(zhì)量的參考。母牦牛和犏牛在皮下脂肪及背最長肌組織中蛋白肽段母離子的實(shí)測分子量和理論分子量的質(zhì)量偏差分布見圖4（橫坐標(biāo)為質(zhì)量偏差，縱坐標(biāo)為相應(yīng)誤差的母離子密度分布）。由圖可以看出，皮下脂肪（run1）和背最長肌（run2）峰型主要都集中在0的附近，峰型越集中在0的附近，說明質(zhì)量偏差就越小，符合實(shí)驗(yàn)結(jié)果的要求。

18圖4母離子質(zhì)量容差分布Fig4Distributionofprecursorionmasstolerance2.3.3Unique肽段數(shù)分布通過蛋白數(shù)據(jù)庫比對后得到鑒定到的肽段和蛋白，將含有的肽段完全一致的蛋白，稱之為同一個group的蛋白，而每一個group里獨(dú)有的肽段，則稱為Unique肽段，Unique肽段越多，證明鑒定到的蛋白越可靠。母牦牛和犏牛在皮下脂肪及背最長肌組織Unique肽段數(shù)分布見圖5（橫坐標(biāo)Unique肽段的個數(shù)，縱坐標(biāo)隨著Unique肽段數(shù)增多時含有Unique肽段的蛋白占總蛋白的累積占比）。由圖可以看出，在母牦牛和母犏牛皮下脂肪（run1）及背最長�。╮un2）中，隨著Unique肽段的個數(shù)的增加時，Unique肽段的蛋白占總蛋白的累積占比也在很明顯的增加，所以說明當(dāng)曲線增加越緩，說明Unique肽段數(shù)量越多，鑒定到的可靠蛋白更多，以此說明符合實(shí)驗(yàn)結(jié)果的要求。圖5蛋白中的unique肽段數(shù)分布圖Fig5Distributionofthenumberofuniquepeptidesintheprotein


本文編號：3002699