銀杏復(fù)干發(fā)育及其轉(zhuǎn)錄組調(diào)控
發(fā)布時間：2020-12-16 01:21
銀杏（Ginkgo biloba L.）是第四紀(jì)冰川后銀杏科中唯一存活至今的孑遺樹種,被稱為歷史遺產(chǎn)和植物界的“活化石”。銀杏是我國特有的經(jīng)濟樹種,古樹數(shù)量多,分布廣泛。銀杏從幼齡到千年生古樹存在普遍的“莖生枝”（復(fù)干）現(xiàn)象,且國內(nèi)銀杏古樹大部分為無性系多代同株,復(fù)干叢生�！岸啻辍爆F(xiàn)象是銀杏達到生長極限或為抵御不良環(huán)境產(chǎn)生的維持生命系統(tǒng)的重要繁殖更新策略,是銀杏經(jīng)歷災(zāi)難后仍能保存至今的關(guān)鍵。通過對銀杏復(fù)干發(fā)育的研究,可進一步了解復(fù)干的發(fā)生機理,為揭示銀杏古樹長壽奧秘奠定理論基礎(chǔ),同時為在實踐生產(chǎn)中合理適當(dāng)?shù)睦脧?fù)干進行繁殖等工作提供理論指導(dǎo)。目前在銀杏復(fù)干方面的研究多集中在地理分布、復(fù)干存在意義、復(fù)干代替母干過程及復(fù)干利用等方面,缺乏對復(fù)干發(fā)生機理方面的研究。本研究通過生長指標(biāo)測定及解剖觀察,了解銀杏復(fù)干的生長特性及其發(fā)端的解剖結(jié)構(gòu);通過植物生理學(xué)的研究,測定兩個不同發(fā)育時期復(fù)干和同株側(cè)枝的內(nèi)源激素含量指標(biāo),明確復(fù)干形成的生理機制及其與正常側(cè)枝的區(qū)別;最后,選用兩個不同發(fā)育時期的銀杏復(fù)干和同株樹干上相同位置未發(fā)育復(fù)干的部位作對照,利用第二代高通量測序和生物信息學(xué)分析方法,探討調(diào)控銀...
【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】：80 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
轉(zhuǎn)錄組試驗樣品Fig.2Experimentalsamplesoftranscriptome注：TF：萌芽期復(fù)干；TS：伸長生長時期復(fù)干；CF、CS：復(fù)干周圍正常組織Notes:TF:SecondarytrunkatstageofTF
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文15采用NanoPhotometer分光光度計檢驗樣品的純度（IMPLEN，CA，USA）。Qubit3.0Flurometer（LifeTechnologies，CA，USA）檢驗樣品的濃度。安捷倫2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechnologies，CA，USA）檢測樣品完整性。以保證使用合格樣品來進行轉(zhuǎn)錄組的測序。（2）RNA文庫的構(gòu)建樣品檢驗合格后，每個樣品取3ug的RNA為起始原料，即可進行文庫構(gòu)建。根據(jù)NEBNextUltraRNALibraryPrepKitforIllumina（#E7530L，NEB）說明，分別選用不同的index標(biāo)簽進行建庫。合格后的總RNA樣品，用帶有Oligo（dT）的磁珠進行富集樣品mRNA。然后向得到的mRNA中添加fragmentationbuffer，使mRNA被打斷為短片段。再以片段后的mRNA為模板，再用六堿基隨機引物合成cDNA第一鏈。并加入緩沖液、DNApolymeraseI、RNaseH和、dNTPs合成cDNA第二鏈。經(jīng)過QiaQuickPCR試劑盒對雙鏈cDNA進行純化并加EB緩沖液洗脫。洗脫純化后的雙鏈cDNA再采取末端修復(fù)、加堿基A和測序接頭。最后選擇不同大小的片段，進行PCR擴增，從而完成整個文庫制備工作。構(gòu)建好的文庫用Illumina平臺進行測序。測序策略為PE150。圖3轉(zhuǎn)錄組試驗流程Fig.3TheExperimentalprocedureoftranscriptome
利用 HiSeq PE Cluster Kit v4-cBot-HS（Illumia）試劑在 c Bot 上生成簇。隨后在測序平臺進行雙端測序程序（PE），得到大小為 150bp 的雙端測序 reads（圖 4）。 2.3.5.5 生物信息學(xué)分析 對原始數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)過濾，通過去除低質(zhì)量序列和去接頭污染等過程，得到高質(zhì)量的Clean Data。將 Clean Data 與參考基因組進行比對，獲得 Mapped Data，然后進行測序文庫質(zhì)量評估，主要通過插入片段長度檢驗、隨機性檢驗的方法。也可對表達量、新基因發(fā)掘、可變剪接分析、基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化。根據(jù)基因在不同樣品中的表達量差異進行差異基因表達分析，以及差異基因的功能注釋、功能富集分析（圖 4）。
本文編號：2919251
【文章來源】：山東農(nóng)業(yè)大學(xué)山東省
【文章頁數(shù)】：80 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
轉(zhuǎn)錄組試驗樣品Fig.2Experimentalsamplesoftranscriptome注：TF：萌芽期復(fù)干；TS：伸長生長時期復(fù)干；CF、CS：復(fù)干周圍正常組織Notes:TF:SecondarytrunkatstageofTF
山東農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文15采用NanoPhotometer分光光度計檢驗樣品的純度（IMPLEN，CA，USA）。Qubit3.0Flurometer（LifeTechnologies，CA，USA）檢驗樣品的濃度。安捷倫2100RNANano6000AssayKit（AgilentTechnologies，CA，USA）檢測樣品完整性。以保證使用合格樣品來進行轉(zhuǎn)錄組的測序。（2）RNA文庫的構(gòu)建樣品檢驗合格后，每個樣品取3ug的RNA為起始原料，即可進行文庫構(gòu)建。根據(jù)NEBNextUltraRNALibraryPrepKitforIllumina（#E7530L，NEB）說明，分別選用不同的index標(biāo)簽進行建庫。合格后的總RNA樣品，用帶有Oligo（dT）的磁珠進行富集樣品mRNA。然后向得到的mRNA中添加fragmentationbuffer，使mRNA被打斷為短片段。再以片段后的mRNA為模板，再用六堿基隨機引物合成cDNA第一鏈。并加入緩沖液、DNApolymeraseI、RNaseH和、dNTPs合成cDNA第二鏈。經(jīng)過QiaQuickPCR試劑盒對雙鏈cDNA進行純化并加EB緩沖液洗脫。洗脫純化后的雙鏈cDNA再采取末端修復(fù)、加堿基A和測序接頭。最后選擇不同大小的片段，進行PCR擴增，從而完成整個文庫制備工作。構(gòu)建好的文庫用Illumina平臺進行測序。測序策略為PE150。圖3轉(zhuǎn)錄組試驗流程Fig.3TheExperimentalprocedureoftranscriptome
利用 HiSeq PE Cluster Kit v4-cBot-HS（Illumia）試劑在 c Bot 上生成簇。隨后在測序平臺進行雙端測序程序（PE），得到大小為 150bp 的雙端測序 reads（圖 4）。 2.3.5.5 生物信息學(xué)分析 對原始數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)過濾，通過去除低質(zhì)量序列和去接頭污染等過程，得到高質(zhì)量的Clean Data。將 Clean Data 與參考基因組進行比對，獲得 Mapped Data，然后進行測序文庫質(zhì)量評估，主要通過插入片段長度檢驗、隨機性檢驗的方法。也可對表達量、新基因發(fā)掘、可變剪接分析、基因結(jié)構(gòu)優(yōu)化。根據(jù)基因在不同樣品中的表達量差異進行差異基因表達分析，以及差異基因的功能注釋、功能富集分析（圖 4）。
本文編號：2919251
本文鏈接：http://sikaile.net/shoufeilunwen/zaizhiyanjiusheng/2919251.html
最近更新
教材專著
