發(fā)布時(shí)間：2019-11-21 08:34

【摘要】：半夏Pinellia ternata(Thunb.)Breit,為天南星科多年生草本植物。作為我國傳統(tǒng)中藥,半夏始載于《神農(nóng)草本經(jīng)》,性溫,味辛,有小毒,歸脾、胃、肺經(jīng),具有燥濕化痰、降逆止嘔、消痞散結(jié)的功效,為祛痰、止吐之藥。半夏是一種獨(dú)特的植物,其繁殖有三種方式:種子繁殖、珠芽繁殖和塊莖繁殖。在自然界和農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中,由于珠芽繁殖速度快,所以大部分半夏都通過珠芽繁殖。因此,珠芽是構(gòu)成半夏產(chǎn)量的重要因素,也對半夏的種質(zhì)資源起決定性作用。本論文以半夏為材料,利用高通量測序?yàn)榧夹g(shù)手段,來研究半夏珠芽和莖基因表達(dá)的差異,尋找一些半夏珠芽形成相關(guān)的基因,為闡明半夏珠芽形成的分子機(jī)制做基礎(chǔ),也為半夏種植的研究提供一點(diǎn)參考。本實(shí)驗(yàn)所取樣本經(jīng)Illumina Hiseq2500高通量測序平臺測序,共獲得了7.1Gb原始數(shù)據(jù),149825428條Raw Reads,經(jīng)Trinity軟件組裝,獲得90175個unigenes,平均長度為751bp。將unigenes通過BLAST程序比對到NR、KOG、Swiss-prot、Pfam和KEGG等數(shù)據(jù)庫(E值1e-5),分別獲得了55197、46237、35616、38967和22961條注釋信息。經(jīng)過進(jìn)一步分析,在半夏轉(zhuǎn)錄組中找到了28種共17 894個SSR位點(diǎn)和205613個SNP。通過分析兩個樣本的基因表達(dá)量,篩選出85884個基因存在差異表達(dá),其中有5869個上調(diào)表達(dá),9615個下調(diào)表達(dá)。根據(jù)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法,篩選出了1214個顯著差異表達(dá)的基因,其中687個上調(diào)表達(dá),527個下調(diào)表達(dá)。對差異表達(dá)的基因做GO富集分析,結(jié)果顯示有18766個基因富集到細(xì)胞組分,11628個基因富集到生物學(xué)過程,8285個基因富集到分子功能。將差異表達(dá)基因做KEGG Pathway富集分析,共有30833條差異基因被富集到246條KEGG Pathway,其中有5627條顯著差異表達(dá)基因被富集到246條KEGG Pathway。通過GO富集分析和Pathway富集分析,有5個差異表達(dá)基因富集到了玉米素生物合成途徑中,分析結(jié)果顯示,樣本珠芽中玉米素合成途徑的基因表達(dá)要高于樣本莖中,樣本莖中玉米素分解途徑的基因表達(dá)要高于樣本珠芽;有12條差異表達(dá)基因被富集到吲哚乙酸的生物合成途徑中,樣本珠芽中吲哚乙酸合成途徑的基因表達(dá)要高于樣本珠芽;有8條差異表基因被富集到茉莉酸的生物合成途徑中,樣本珠芽中茉莉酸合成途徑的基因表達(dá)量要高于樣本莖。有3條基因被GO富集到脫落酸的生物合成中,在樣本珠芽當(dāng)中的表達(dá)量大于在樣本莖中的表達(dá)量;有一條基因被富集到赤霉素的生物合成中,此基因在樣本莖中的表達(dá)量大于在樣本珠芽中的表達(dá)量。
【學(xué)位授予單位】：浙江理工大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S567.239

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本文編號：2563926