寧夏釀酒葡萄卷葉伴隨病毒多重RT-PCR檢測及變異群體的SSCP分析
本文選題:寧夏賀蘭山東麓 切入點(diǎn):葡萄卷葉伴隨病毒 出處:《寧夏大學(xué)》2017年碩士論文 論文類型:學(xué)位論文
【摘要】:葡萄卷葉伴隨病毒(Grapevine Leafroll associated virus,簡稱GLRaVs)是世界范圍內(nèi)分布最廣,造成損失最嚴(yán)重的一種葡萄病毒病,已成為世界葡萄栽培地區(qū)中的一個嚴(yán)重問題。寧夏賀蘭山東麓地區(qū)是國內(nèi)重要的釀酒葡萄栽培基地之一,有關(guān)GLRaVs在寧夏釀酒葡萄植株中的感染情況、GLRaVs的分子檢測、株系變異及其與分子特性關(guān)系的研究報道較少。本研究在對寧夏釀酒葡萄病毒病田間自然發(fā)病情況調(diào)查的基礎(chǔ)上,建立了 GLRaVs多重RT-PCR檢測體系,并對GLRaVs寧夏分離物的分子變異及群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行PCR-SSCP分析,從而為寧夏GLRaVs群體結(jié)構(gòu)變化監(jiān)控及病害控制奠定基礎(chǔ)。研究結(jié)果如下:1、對寧夏賀蘭山東麓8個種植地區(qū)8個釀酒葡萄品種的病毒病田間自然發(fā)病情況進(jìn)行調(diào)查,采用RT-PCR方法,檢測了共40份樣品中GLRaV-1~5這5種葡萄卷葉伴隨病毒的感染率。結(jié)果表明:寧夏賀蘭山東麓釀酒葡萄主要病毒病有葡萄卷葉病、扇葉病和栓皮病,其中葡萄卷葉病尤為嚴(yán)重;不同種植區(qū)和品種間葡萄卷葉病的感染存在著差異,老葡萄種植區(qū)中品種間葡萄卷葉病發(fā)病率明顯高于新葡萄種植區(qū)的品種;“蛇龍珠”和“黑比諾”是感染葡萄卷葉病毒的主要品種,發(fā)病率高達(dá)85.1%和52.7%;利用5種葡萄卷葉伴隨病毒特異性引物進(jìn)行RT-PCR檢測,僅檢出3種病毒類型,且GLRaV-3的檢出率最高,為87.5%。2、對寧夏賀蘭山東麓釀酒葡萄卷葉病進(jìn)行RT-PCR檢測,在單一RT-PCR檢測的基礎(chǔ)上,對2種卷葉伴隨病毒的多重RT-PCR模板濃度、引物濃度、退火溫度和TaqDNA聚合酶濃度進(jìn)行了優(yōu)化,建立了同時檢測GLRaV-1和GLRaV-3的多重RT-PCR技術(shù)體系。模板濃度、引物濃度和TaqDNA聚合酶量對多重RT-PCR的擴(kuò)增有很大的影響,而退火溫度對檢測結(jié)果的影響相對較小。對2種葡萄卷葉伴隨病毒的PCR產(chǎn)物進(jìn)行克隆和測序,擴(kuò)增基因片段與GenBank中登錄的基因序列同源性為96%-99%。所建立的多重RT-PCR技術(shù)檢測田間樣品效果良好。3、采用SSCP技術(shù)對所檢測到的8個GLRaV-1寧夏分離物和13個GLRaV-3寧夏分離物進(jìn)行遺傳變異分析。經(jīng)SSCP分析可知,8個GLRaV-1寧夏分離物之間有明顯差異,可歸為3類;13個GLRaV-3寧夏分離物之間也有明顯差異,GLRaV-3-CP和GLRaV-3-HSP70分離物均歸為2類,而GLRaV-3-RdRp分離物歸為3類。分離物在不同種植區(qū)間和不同品種間均表現(xiàn)差異性。4、對獲得的陽性樣品進(jìn)行GLRaVs的CP、HSP70和RdRp基因組的克隆和測序分析。結(jié)果表明,GLRaV-1寧夏分離物GLRaV-1-NX1和GLRaV-1-NX2的CP基因序列為232bp,其兩種分離物間的核苷酸序列同源率為90%,與已報道的國內(nèi)外其它分離物CP基因序列相比,核苷酸序列同源率為 90%-99%;GLRaV-3 寧夏分離物 GLRaV-3-CP-NX1 和 GLRaV-3-CP-NX2 的 CP 基因序列為942bp,其兩種分離物間的核苷酸序列同源率為40%,與已報道的國內(nèi)外其它分離物CP基因序列相比,核苷酸序列同源率為40%-99%;GLRaV-3寧夏分離物GLRaV-3-NX的RdRp基因序列為683bp,其各分離物間的核苷酸序列同源率為90%以上,與已報道的國內(nèi)外其它分離物RdRp基因序列相比,核苷酸序列同源率為90%-99%;GLRaV-3寧夏分離物GLRaV-3-NX的HSP70基因序列為546bp,其兩種分離物間的核苷酸序列同源率為96%,與已報道的國內(nèi)外其它分離物HSP70基因序列相比,核苷酸序列同源率為96%-99%。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】:寧夏大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號】:S436.631
【參考文獻(xiàn)】
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,本文編號:1597625
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