本文關(guān)鍵詞：牦牛和普通牛基因組的密碼子使用分析

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【摘要】：遺傳密碼和密碼子的發(fā)現(xiàn)加深了人們對(duì)生命本質(zhì)的認(rèn)識(shí),促進(jìn)了分子生物學(xué)、分子遺傳學(xué)等學(xué)科的飛速發(fā)展。為了解牦牛和普通牛的基因組、基因和密碼子使用的特性,本研究以牦牛和普通牛的全基因組數(shù)據(jù)為材料,首次對(duì)牦牛、普通�；蚪M的密碼子使用特征和影響因素以及牛亞科動(dòng)物線粒體基因的密碼子偏好性進(jìn)行了分析研究。結(jié)果表明:1、牦牛基因組編碼區(qū)的G+C含量為0.53±0.08,GC3s含量為0.59±0.16;牦�；虻拿艽a子偏好性更多地受到堿基突變的影響,少數(shù)基因的密碼子偏好性受到選擇的影響;在牦牛基因組中有18個(gè)主要偏愛密碼子和5個(gè)高頻密碼子;在牦牛與普通牛、人、小鼠、果蠅、斑馬魚、酵母、水稻、擬南芥和大腸桿菌的1/1000比值中大于等于2或小于等于0.5的密碼子分別有0、0、1、8、0、20、3、10、12個(gè)。2、普通牛基因組編碼區(qū)的G+C含量為0.53±0.09,GC3s含量為0.60±0.16;普通�；蚪M密碼子偏好性更多地受到堿基突變的影響,少數(shù)基因的密碼子偏好性受到選擇的影響;在普通牛基因組中有20個(gè)主要偏愛密碼子和5個(gè)高頻密碼子。第一軸(Axis1)是解釋基因密碼子使用偏好性的主要參考軸,對(duì)應(yīng)分析表明普通牛的Axis1軸與G+C含量、GC3s、T3s、C3s、A3s、G3s、ENC、CAI、Seqlen有較強(qiáng)的相關(guān)性,與Gravy、Aromo的相關(guān)性較弱;CAI值與ENC值呈極顯著負(fù)相關(guān),與G+C含量、GC3s呈極顯著正相關(guān),與G+C含量、GC3s呈極顯著負(fù)相關(guān);長(zhǎng)度為1000~2000bp的蛋白編碼基因表達(dá)水平較高,密碼子偏好性較強(qiáng);長(zhǎng)度為300~1000bp或大于2000bp的蛋白編碼基因表達(dá)水平較低,密碼子偏好性也較低。3、牛亞科動(dòng)物線粒體基因的ENC值都小于40.50,顯示出明顯的密碼子偏好性。CUA、GUA、UCA等13個(gè)密碼子的RSCU值均大于1,為牛亞科動(dòng)物使用相對(duì)較多的密碼子;在聚類分析中,基于線粒體基因密碼子偏好性的聚類結(jié)果與基于線粒體基因序列的聚類結(jié)果基本一致;聚類分析表明美洲野牛與牦牛聚為一類,爪哇野牛、普通牛、原始牛和瘤牛聚為一類,這與以往的動(dòng)物學(xué)分類結(jié)果一致。綜上所述,由于受基因突變、選擇等多種因素的影響,牦牛、普通牛的基因均有一定的密碼子使用偏好性,這些研究結(jié)果在今后研究牦牛、普通牛的基因組結(jié)構(gòu)和基因功能,以及與適應(yīng)性的分析中均值得重視,為進(jìn)一步的研究提供了基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：西南民族大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S823

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本文編號(hào)：1218317