本文關(guān)鍵詞：主要外來豬種基于SNP標記的遺傳身份證構(gòu)建

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【摘要】：豬肉是我國居民生活中消費量最大的肉類。近年來,國內(nèi)食品安全事故時有發(fā)生,特別是瘦肉精、二VA英、三聚氰胺等事件對人們的日常生活安全構(gòu)成了巨大威脅。確保豬肉及其產(chǎn)品的質(zhì)量和安全具有重大的社會現(xiàn)實意義,基于傳統(tǒng)條形碼和射頻技術(shù)的豬肉食品安全追蹤溯源技術(shù)已經(jīng)得到了廣泛的應(yīng)用,但是存在追溯鏈過長、肉品分割和使用后難以進行回溯等缺點,基于全基因組的DNA追蹤溯源技術(shù)則有可能彌補這些不足,發(fā)展基于基因組DNA的豬肉及其制品的安全的追溯系統(tǒng)成為研究追溯技術(shù)的熱點。本研究主要利用純種的杜洛克、大白、長白3個品種共1176個個體作為研究對象,對上述3個品種的全部樣本進行全基因組SNP 60K芯片掃描判型。對所有數(shù)據(jù)按要求進行質(zhì)控后,篩選出可以用于杜洛克品種特異位點鑒別的1165個個體及58028個SNP標記位點,并結(jié)合計算SNP位點Fst值以及主成分分析和聚類分析,篩選出37個用于鑒定杜洛克品種特異性的SNP位點,準確率達到了100%,并且在本研究之外的DLY(杜長大三元雜)和中國地方豬種中得到了驗證;然后,篩選出了可以用于長白和大白的品種特異位點鑒別的984個個體和58016個位點,采用基于case-control的全基因組的關(guān)聯(lián)分析的方法結(jié)合主成分分析和聚類分析,篩選出了136個用于長白、大白的品種特異性的位點,準確率達到了99.9%,也在本研究之外的DLY(杜長大三元雜)和2個中國地方豬種中得到了驗證;最后,利用包含杜洛克、長白、大白3個品種的數(shù)據(jù)經(jīng)過數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制,篩選出了用于個體ID標記篩選的1165個個體和58028個位點,經(jīng)過雜合度、多態(tài)性、次等位基因頻率等分析結(jié)合主成分分析,篩選出99個可用于個個體識別的候選SNP標記位點,個體區(qū)分的準確率達到了99.83%,并在本研究之外的杜洛克和大白群體中得到了驗證,為今后使用SNP標記建立豬產(chǎn)品的追溯體系奠定基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S828

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本文編號：1181270