目的:口腔黏膜惡性黑色素瘤(Oral Mucosal Melanoma,OMM)是口腔頜面部惡性程度極高的一類腫瘤,患者的五年生存率只有20-25%。與皮膚惡性黑色素瘤相比,系統(tǒng)的OMM遺傳學(xué)特征研究相對匱乏,這嚴重制約了個體化治療在OMM患者中的應(yīng)用。因此,本研究計劃利用高通量測序技術(shù),進一步描繪OMM的基因組圖譜并揭示與患者預(yù)后或治療相關(guān)的遺傳學(xué)事件,從而推動精準醫(yī)療在OMM患者中的臨床應(yīng)用。方法:1.通過全基因組測序(Whole-genome sequencing,WGS)技術(shù)對收集到的65組OMM樣本(包括63例腫瘤樣本及2例配對淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移灶樣本)進行測序。利用相關(guān)生物信息學(xué)方法和流程對OMM進行遺傳學(xué)特征描繪,獲得腫瘤全基因組范圍內(nèi)的體細胞單堿基變異(Single-Nucleotide Variant,SNV)、插入缺失(In/Del)、拷貝數(shù)變異(Copy Number Variant,CNV)、染色體結(jié)構(gòu)變異(Structural Variation,SV)等信息;2.收集80例OMM患者的石蠟包埋腫瘤組織樣本,運用微滴式數(shù)字PCR技術(shù)進一步驗證WGS分析得到的CDK4、...

【文章頁數(shù)】：97 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
前言
第一部分:口腔黏膜惡性黑色素瘤的全基因組測序與分析
    1.1 引言
    1.2 對象與方法
        1.2.1 OMM腫瘤組織樣本采集和患者臨床信息記錄
        1.2.2 全基因組測序
        1.2.3 生物信息學(xué)分析
    1.3 結(jié)果
        1.3.1 用于WGS測序的OMM樣本信息描述。
        1.3.2 原始數(shù)據(jù)質(zhì)量評估(QC)
        1.3.3 OMM基因組圖譜總體特征描繪
        1.3.4 OMM腫瘤關(guān)鍵信號通路及節(jié)點基因改變分析
        1.3.5 OMM顯著突變基因(SMG,Significantly Mutated Gene)分析
        1.3.6 OMM染色體結(jié)構(gòu)變異(SV)特征圖譜
        1.3.7 OMM拷貝數(shù)目改變(CNV)特征圖譜
        1.3.8 OMM拷貝數(shù)目改變(CNV)和染色體結(jié)構(gòu)變異(SV)相關(guān)性分析
        1.3.9 OMM CNV和 SV特征性改變遺傳學(xué)機制探討
    1.4 討論
    1.5 附件表格
第二部分:WGS測序結(jié)果及OMM“特征性基因組改變模式”驗證
    2.1 引言
    2.2 對象與方法
        2.2.1 OMM腫瘤樣本收集及臨床信息記錄
        2.2.2 主要試劑和耗材
        2.2.3 主要設(shè)備和儀器
        2.2.4 OMM腫瘤樣本處理設(shè)計
        2.2.5 Sanger一代測序
        2.2.6 腫瘤樣本切片制備
        2.2.7 常規(guī)H&E染色法
        2.2.8 免疫組織化學(xué)染色法(IHC)
        2.2.9 熒光原位雜交技術(shù)(FISH)檢測
        2.2.10 改良H&E染色和顯微切割術(shù)
        2.2.11 微滴式數(shù)字PCR(dd PCR)檢測
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 POM121 基因突變的可視化分析與Sanger測序驗證
        2.3.2 5號與12 號染色體之間的SV改變的可視化分析與驗證
        2.3.3 5號和12 號染色體CNV改變區(qū)域基因擴增驗證
        2.3.4 OMM特征性基因組模式驗證
    2.4 討論
    2.5 附加表格
第三部分:OMM靶點選擇及PDX模型臨床替代性試驗
    3.1 引言
    3.2 對象與方法
        3.2.1 材料及設(shè)備
        3.2.2 臨床腫瘤樣本組織取材及臨床信息記錄
        3.2.3 PDX建立及序列傳代
        3.2.4 Palbociclib的藥效評估實驗
        3.2.5 蛋白質(zhì)免疫印跡(WB)方法
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 PDX Trial靶向藥物選擇和預(yù)實驗
        3.3.2 OMM PDX模型隊列的遺傳學(xué)信息鑒定
        3.3.3 利用OMM PDX隊列開展Palbociclib的 PDX Trial。
        3.3.4 Palbociclib的 PDX Trial結(jié)果驗證
        3.3.5 PDX Trial中 Palbociclib藥物反應(yīng)預(yù)測性生物標志物鑒定
    3.4 討論
全文總結(jié)
參考文獻
致謝
學(xué)術(shù)論文發(fā)表情況



本文編號：3745705