蛋白質(zhì)是一種十分重要的生物分子。生物學(xué)研究表明,蛋白質(zhì)很少單獨(dú)參與生命活動(dòng),而是通過(guò)多個(gè)蛋白質(zhì)之間的物理相互作用形成多分子聚合體——蛋白質(zhì)復(fù)合體。復(fù)合體是蛋白質(zhì)執(zhí)行其功能的主要形式。在細(xì)胞中很多重要的生物過(guò)程都是由蛋白質(zhì)復(fù)合體參與執(zhí)行的。因此,準(zhǔn)確識(shí)別細(xì)胞中蛋白質(zhì)復(fù)合體對(duì)于揭示蛋白質(zhì)活動(dòng)規(guī)律、理解蛋白質(zhì)的功能具有十分重要的意義。蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)是一種用來(lái)刻畫細(xì)胞中蛋白質(zhì)之間相互作用的生物網(wǎng)絡(luò)。利用計(jì)算方法從蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中識(shí)別蛋白質(zhì)復(fù)合體,是當(dāng)前生物信息學(xué)領(lǐng)域的研究熱點(diǎn)之一。本課題即圍繞以蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)為基礎(chǔ)的復(fù)合體識(shí)別問(wèn)題,針對(duì)局部搜索、離散和連續(xù)優(yōu)化以及采用時(shí)序蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)等不同類型識(shí)別方法分別展開研究。具體研究?jī)?nèi)容包括以下四個(gè)方面:（1）研究基于標(biāo)簽傳播思想的復(fù)合體識(shí)別方法。在局部搜索類方法方面,本文提出了一種基于多標(biāo)簽傳播的識(shí)別算法。該算法中引入了標(biāo)簽傳播機(jī)制,利用標(biāo)簽表示蛋白質(zhì)所屬?gòu)?fù)合體類別,并通過(guò)蛋白質(zhì)之間相互傳播標(biāo)簽的過(guò)程識(shí)別蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中復(fù)合體對(duì)應(yīng)的模塊。具體來(lái)講,本文針對(duì)蛋白質(zhì)復(fù)合體的特點(diǎn),對(duì)傳統(tǒng)標(biāo)簽傳播算法進(jìn)行了相應(yīng)的改進(jìn)與拓展,主要體現(xiàn)在如下幾方面:采用蛋白質(zhì)的多標(biāo)簽存儲(chǔ)與傳播機(jī)制... 

【文章來(lái)源】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

基于蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的復(fù)合體識(shí)別示例

該方法假設(shè)網(wǎng)絡(luò)模塊是由一組重疊的 clique que 得到重疊模塊劃分，如圖 1-2 所示[70]。并以該er[71]軟件用于識(shí)別蛋白質(zhì)復(fù)合體對(duì)應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)模塊。人將 CPM 方法用于酵母蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)中模塊

終識(shí)別得到模塊結(jié)構(gòu)，其過(guò)程如圖 1-3 示意[79]。按照聚類過(guò)程不同，一分凝聚和分裂兩類。前者是一個(gè)自下而上的過(guò)程，將每個(gè)對(duì)象視為一個(gè)簇，并按照某種規(guī)則逐級(jí)合并簇，最終得到理想的聚類結(jié)果；與前者不裂方法則采用自上而下的策略，算法首先從一個(gè)包含所有對(duì)象的簇出發(fā)級(jí)將其分割為較小的簇，直到達(dá)到終止條件。在蛋白質(zhì)復(fù)合體識(shí)別領(lǐng)域聚層次聚類方法（以下簡(jiǎn)稱為層次聚類）被廣泛采用。目前多種層次聚法的區(qū)別主要在于簇合并依據(jù)的差異。簇合并依據(jù)一般可分為全局性及性兩類。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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