本文關(guān)鍵詞：中國(guó)地方綠殼蛋雞蛋殼色素沉著的分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：蛋殼顏色是蛋品質(zhì)的一個(gè)重要方面,消費(fèi)者也常常對(duì)某種顏色的蛋有所偏好。此前的研究中,己發(fā)現(xiàn)決定雞綠殼蛋的基因(SLC01B3)及其致因突變(EAV-HP插入)。雖然綠殼蛋基因已經(jīng)克隆,我們認(rèn)為關(guān)于綠殼蛋雞還有許多問(wèn)題值得研究。 首先是綠殼蛋雞群體的遺傳多樣性問(wèn)題。綠殼蛋雞在中國(guó)、歐洲、美洲都有報(bào)道。特別是在中國(guó),人們各地發(fā)現(xiàn)了許多的綠殼蛋雞群體,而且都聲稱(chēng)是當(dāng)?shù)氐摹霸肌钡胤劫Y源。本研究通過(guò)對(duì)SLC01B3基因內(nèi)的21個(gè)SNP和1AV-HP插入序列的檢測(cè),對(duì)國(guó)內(nèi)6個(gè)綠殼蛋雞群體,包括沂蒙綠殼蛋雞、武隆綠殼蛋雞、林甸綠殼蛋雞、東鄉(xiāng)綠殼蛋雞、盧氏綠殼蛋雞、荊門(mén)綠殼蛋雞；2個(gè)褐殼蛋雞群體,東鄉(xiāng)褐殼蛋雞和盧氏褐殼蛋雞的遺傳關(guān)系進(jìn)行了分析,并將白來(lái)航雞作為外群。在中國(guó)綠殼蛋雞群體中觀(guān)察到SNP的高度多態(tài)性。UPGMA關(guān)系樹(shù)和STRUCTURE分析呈現(xiàn)出清晰的聚類(lèi)關(guān)系,綠殼蛋雞與褐殼蛋雞被明顯分開(kāi),6個(gè)綠殼蛋雞群體被分成了兩個(gè)主要分支。結(jié)果顯示了中國(guó)綠殼蛋雞群體之間在SLC01B3基因區(qū)域變異程度較低,應(yīng)屬于同一變異來(lái)源,我們推測(cè)這些群體的聚類(lèi)關(guān)系與相近地理環(huán)境之間的資源流動(dòng)和人類(lèi)的有組織遷移有關(guān)。各群體間EAV-HP插入序列沒(méi)有表現(xiàn)出明顯的多態(tài)。 另一個(gè)有趣的問(wèn)題是,在綠殼蛋雞群體中,即使所有的雞在綠殼基因SLC01B3上都是顯性純合基因型,蛋殼顏色都是綠色,其顏色的深淺變化仍然很大。例如,經(jīng)過(guò)人工選擇,東鄉(xiāng)綠殼蛋雞在綠殼基因上已經(jīng)固定,但是該群體所產(chǎn)的蛋仍然有深有淺。我們用600K高密度芯片對(duì)139只SLC01B3基因純合的東鄉(xiāng)綠殼蛋雞進(jìn)行了全基因組標(biāo)記分型,并測(cè)定了每只雞蛋殼膽綠素含量(QB)、原卟啉含量(QP),兩種色素(QT)的總量,以及蛋殼表面的遮光度(CD),作為該群體綠殼色素的表型。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,共檢測(cè)到49個(gè)關(guān)聯(lián)的SNP,其中有3個(gè)達(dá)到全基因組顯著性水平(P5.130E-07),分別與QT和QB相關(guān)聯(lián),有46個(gè)SNP達(dá)到潛在的顯著性或染色體顯著性水平(P1.027E-05),分別與QT, QB, QP和CD相關(guān)聯(lián)。兩個(gè)基因組水平顯著的SNP與QT和QB有關(guān),位置接近或處在21號(hào)染色體AJAP1和Clorf174基因區(qū)域。大多數(shù)潛在的顯著SNP也位于21號(hào)染色體上,接近或位于一些已知基因的內(nèi)含子或外顯子區(qū)域。這些基因在雞中的功能還不確定,需要進(jìn)一步的研究。這些基因或標(biāo)記有望應(yīng)用與綠殼蛋雞蛋殼深淺程度的選擇。 最后,我們?cè)谇捌谘芯恐邪l(fā)現(xiàn),EAV-HP插入提高了SLC01B3基因在綠殼蛋雞蛋殼腺的表達(dá),同時(shí)卻減弱了其在肝臟中的表達(dá)。我們因此認(rèn)為,應(yīng)該了解綠殼蛋相關(guān)基因在各個(gè)組織的表達(dá)譜,以認(rèn)識(shí)相關(guān)基因在其它組織中潛在功能。我們根據(jù)雞綠殼蛋基因定位的區(qū)間和膽綠素的代謝途徑選擇了6個(gè)候選基因,SLC01B3, SLC01C1, SLCO1A2, L0C418189, PDE3A和HMOX1在11個(gè)母雞組織和11個(gè)公雞組織中(包括心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟、十二指腸,空腸,回腸,盲腸,結(jié)腸,直腸,卵巢、蛋殼腺和睪丸)的表達(dá)情況。結(jié)果表明,SLC01B3基因的顯性純合型和雜合型在母雞的蛋殼腺和公雞的睪丸中都顯著高表達(dá)。而在肝臟中,不論公雞還是母雞,都與性腺組織相反,SLC01B3基因的顯性純合型和雜合型的表達(dá)都低于隱性純合型。SLC01B3基因在肝臟中的這種反向表達(dá)模式,暗示了SLC01B3基因在肝臟中受到不同的調(diào)控,也可能具有不同的功能。我們發(fā)現(xiàn)SLC01C1, SLC01A2和HM0X1基因在含有綠殼蛋基因(SLC01B3)突變的個(gè)體的部分組織中高表達(dá),沒(méi)有發(fā)現(xiàn)L0C418189和PDE3A基因的高表達(dá)。推測(cè)可能SLC01C1和HMOX1基因與綠殼蛋的形成有一定關(guān)系,這些基因在綠殼蛋與非綠殼蛋雞中的上調(diào)或下調(diào)表達(dá)可能與膽綠素代謝的促進(jìn)或抑制有關(guān)。相關(guān)機(jī)制還需進(jìn)一步研究。
【關(guān)鍵詞】：綠殼蛋雞 SLC01B3基因 EAV-HP插入 系統(tǒng)發(fā)育分析 GWAS
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類(lèi)號(hào)】：S831
【目錄】：

• ABSTRACT7-9
• 摘要9-11
• ACKNOWLEDGEMENTS11-14
• LIST OF TABLES14-16
• LIST OF FIGURES16-18
• LIST OF SUPPLEMENTARY TABLES18-19
• TABLE OF CONTENTS19-21
• LIST OF ABBREVIATIONS21-24
• CHAPTER 1 General Introductiion24-36
• 1.1 BACKGROUND OF THE RESEARCH25-26
• 1.2 REVIEW OF LITERATURE26-33
• 1.3 JUSTIFICATION OF THE STUDY33-34
• 1.4 Rationale of the study34-35
• 1.5 Scope of the thesis35-36
• CHAPTER 2 Molecular Phylogenetic Analysis of Chinese Indigenous Blue-Shelled Chickens Inferredfrom Whole Genomic Region of the SLCO1B3 Gene36-65
• 2.1 Introduction37-38
• 2.2 Materials and Methods38-46
• 2.3 Results46-59
• 2.4 Discussion59-65
• CHAPTER 3 A Genome Wide Association Study of Egg Shell Pigmentation Traits in Blue ShelledChicken Population with Homozygous EAV-HP Insertion of SLCO1B3 Gene65-101
• 3.1 Introduction66-67
• 3.2 Materials and Methods67-73
• 3.3 Results73-88
• 3.4 Discussion88-101
• CHAPTER 4 Gene Expression Analysis of Six Candidate Genes Associated with the Blue Eggshell Traitin Chicken101-123
• 4.1 Introduction102-103
• 4.2 Materials and Methods103-106
• 4.3 Results106-117
• 4.4 Discussion117-123
• CHAPTER 5 Conclusions123-126
• 5.0 Conclusions124
• 5.1 Phylogenetic analysis124
• 5.2 Genome-wide association study124
• 5.3 Gene expression analysis124-126
• REFERENCES126-144
• SUPPLEMENTARY TABLES144-146
• Curriculum vitae146-150

【參考文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前1條

1 ;Evaluation of genetic diversity in Chinese indigenous chicken breeds using microsatellite markers[J];Science in China(Series C:Life Sciences);2006年04期

  本文關(guān)鍵詞：中國(guó)地方綠殼蛋雞蛋殼色素沉著的分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：488277