本研究的目的是探討隨母哺乳和人工飼喂兩種不同飼喂方式對新生羔羊腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)的影響,并研究在這兩種飼喂方式下早期腸道菌群的母體和環(huán)境來源以及相應比例。試驗選取6只妊娠母羊和它們的雙胞胎羔羊為研究對象,雙胞胎羔羊出生后隨機分為隨母哺乳組和人工飼喂組,每組6只羔羊,采集母羊身體部位、羊舍環(huán)境和第3日齡時羔羊的腸道食糜樣品,檢測這些樣品的微生物組成。結(jié)果如下:不同飼喂方式對新生羔羊腸道微生物菌群結(jié)構(gòu)的影響采用16SrDNA基因測序和qPCR方法,研究隨母哺乳組和人工飼喂組兩組羔羊腸道微生物組成。結(jié)果發(fā)現(xiàn)新生羔羊腸道微生物在門水平上以擬桿菌門、厚壁菌門和變形菌門為主,在屬水平上以擬桿菌屬為主。不同飼喂方式顯著影響羔羊早期腸道微生物的組成,人工飼喂組羔羊腸道微生物的物種豐富度顯著高于隨母哺乳組羔羊,人工飼喂顯著增加了羔羊腸道中大腸桿菌/志賀氏菌,丁酸弧菌和梭菌XlVa的豐度,顯著降低了羔羊腸道中梭菌XI的豐度。新生羔羊腸道微生物菌群的來源和比例分析采用16S rDNA基因測序方法研究母羊身體部位—母體口腔、生殖道、糞便、母乳、腹部皮膚、乳房皮膚、乳頭皮膚,和羊舍環(huán)境—羊舍墻壁、羊舍地板、羊舍...

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【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖２－１信息分析流程圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｄａｔａ?ａｎａｌｙｓｉｓ??（２）測序數(shù)據(jù)處理及統(tǒng)計??

基于聚類結(jié)果，可以進行物種注釋、ａｌｐｈａ多樣性分析和ｂｅｔａ多樣性分析；??基于注釋結(jié)果，可以得到各水平的分類信息，從而進行樣本組成及樣本間群落結(jié)??構(gòu)差異相關(guān)分析。整個分析流程如圖２－１所示：??８??

圖２－２樣品稀釋曲線

物種累積曲線用于描述隨著樣本量的加大物種增加的狀況，是調(diào)查樣本的物??種組成和預測樣本中物種豐富度的有效工具，被廣泛用于樣本量是否充分性的判??斷以及物種豐富度的估計。本試驗中，我們共采集了?８３個樣品，從圖２－３可以??看出，當樣本量為８３時，物種累積曲線趨于平坦，再增加樣本量....

圖２－３物種累積曲線??Ｆｉｇｕｒｅ?２－３?Ｓｐｅｃｉｅｓ?Ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ?Ｃｕｒｖｅｓ??

２．２．２腸道微生物ａｌｐｈａ多樣性分析結(jié)果??在以下結(jié)果中，除非特別說明，所有數(shù)據(jù)都用中位數(shù)的形式呈現(xiàn)。??如下圖２－４所示，隨母哺乳組和人工詞喂組中ＯＴＵｓ數(shù)量（Ｐ?＝０．０２５）和Ｃｈａｏｌ??指數(shù)（Ｐ＝０．０１１）存在顯著差異，人工飼喂組羔羊腸道微生物的ＯＴＵｓ數(shù)量和Ｃｈ....

圖２－４隨母哺乳組和人工飼喂組羔羊腸道微生物菌群ａｌｐｈａ多樣性指數(shù)（ＯＴＵｓ，??Ｃｈａｏｌ，Ｓｈａｎｎｏｎ和Ｓｉｍｐｓｏｎ）

其中１０個門的細菌相對豐度２０．１％，這１０個門水平的細菌是這兩組羔羊??腸道中的核心菌群。擬桿菌門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ），厚壁菌門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）和變形??菌門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）是這兩組黑羊腸道的優(yōu)勢菌（表２－４，圖２－５?ａ），擬桿菌??門，厚壁....

本文編號：3914398