中國(guó)擁有悠久的家鴨飼養(yǎng)歷史,是馴養(yǎng)野鴨為家鴨最早的國(guó)家之一。野鴨在經(jīng)過遷移、馴化和適應(yīng)后,逐漸形成體型外貌特征、行為特點(diǎn)、繁殖和生長(zhǎng)性狀各異的地方家鴨品種,為鴨育種提供了豐富的素材。但是關(guān)于鴨馴化所導(dǎo)致的表型和生產(chǎn)繁殖性狀改變的遺傳機(jī)制尚未研究清楚。因此,本研究以斑嘴野鴨、綠頭野鴨、奉化水鴨、紹興鴨、山麻鴨和櫻桃谷鴨為實(shí)驗(yàn)對(duì)象,利用全基因組重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和生物信息分析等方法對(duì)鴨馴化的遺傳機(jī)制進(jìn)行相關(guān)研究,分析人工選擇和氣候變遷對(duì)鴨種群遺傳結(jié)構(gòu)和種群歷史的影響,鑒定鴨在馴化過程中受到選擇的基因組區(qū)域。主要研究結(jié)果如下:1、鴨種群基因組遺傳多態(tài)性位點(diǎn)的鑒定本研究對(duì)斑嘴野鴨(Anas poecilorhyncha)、綠頭野鴨(Anas platyrhnchos)、奉化水鴨、紹興鴨、山麻鴨和櫻桃谷鴨六個(gè)種群共60個(gè)個(gè)體進(jìn)行基因組重測(cè)序,共獲得397.788 Gb的clean data,平均每個(gè)個(gè)體6.63 Gb,平均比對(duì)率為95.09%,樣本平均測(cè)序深度為6.52×,樣品平均覆蓋度為96.41%。經(jīng)過比對(duì)和過濾,60個(gè)個(gè)體最終得到2,809,077個(gè)高質(zhì)量SNPs,六個(gè)種群共享838,41...

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖1-1動(dòng)物馴化的三種主要方式（Larsonetal.,2013）

驢、水牛、駱駝等哺乳動(dòng)物（Mignon-Grasteauetal.,2005）。家禽的馴化開始時(shí)間較晚，有研究指出，中國(guó)北方大約在10000年前開始馴化雞（Xiangetal.,2014）。魚類的馴化則仍在進(jìn)行。顯而易見，并不是所有動(dòng)物都能被馴化。Diamond（....

圖1-2正選擇的信號(hào)（藍(lán)色遠(yuǎn)點(diǎn)圓點(diǎn)表示中性位點(diǎn)，紅色圓點(diǎn)表示有利突變

圖1-2正選擇的信號(hào)（藍(lán)色遠(yuǎn)點(diǎn)圓點(diǎn)表示中性位點(diǎn)，紅色圓點(diǎn)表示有利突變。在正選擇的作用下，有利突變及與其連鎖的單倍型的頻率提高。）（Biswasetal.,2006）Figure1-2Signaturesofpositiveselection.Bluecir....

圖2-1六個(gè)群體間私有和共有SNPsFigure2-1ThenumberofuniqueandsharedSNPsamongsixduckgroupsshownbyavenndiagram

29圖2-1六個(gè)群體間私有和共有SNPsFigure2-1ThenumberofuniqueandsharedSNPsamongsixduckgroupsshownbyavenndiagram

圖3-1主成分分析圖

36圖3-1主成分分析圖Figure3-1Principalcomponentsanalysis2.2群體遺傳結(jié)構(gòu)本研究利用Frappe軟件對(duì)60個(gè)個(gè)體進(jìn)行了群體遺傳結(jié)構(gòu)分析，如圖3-2所示圖片中每列表示個(gè)個(gè)體，其中不同顏色片段的長(zhǎng)度表示該個(gè)體基因組....

本文編號(hào)：3905451