目的:苦玄參(Picria felterrae Lour.)為廣西道地藥材,也是重要的壯藥,壯族稱之為“棵兜”,也屬“桂藥”、“南藥”,為廣西“十三五”期間重點扶持的十大中藥材之一。由于苦玄參生長環(huán)境惡化,野生資源日益匱乏,苦玄參市場供應主要來源于人工種植。人工種植品種未經選育,種質混雜,且長期的種植使品種不斷退化,出現藥用活性成分含量降低等質量問題,迫切需要選育出高質量的苦玄參新品種。隨著生物技術和信息學的快速發(fā)展,基因組學理論和方法不斷深入到種質資源研究的多個層次和方面,使人們能夠客觀準確地檢測出種質基因組水平上的差異。本研究以不同地理來源的苦玄參居群和形態(tài)差異較顯著的株系為研究材料,以苦玄參主要藥用活性成分苦玄參苷的組成和含量為優(yōu)質種質標準,基于轉錄組SSR、SNP分子標記,對收集的苦玄參種質資源進行系統(tǒng)的遺傳多樣性和群體結構分析,并挖掘苦玄參苷關聯基因,其結果可為苦玄參優(yōu)良種質的篩選、鑒定及品種改良等提供科學依據和技術支持。方法:(1)采集廣西、云南兩省野生居群種質13份,廣西龍州、梧州兩地栽培種質50份,在南寧擴繁后,參照《中國藥典》2015版高效液相色譜法(附錄VID),按...

【文章頁數】：204 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
中英文對照及英文縮寫詞表
引言
第一章 綜述
    第一節(jié) 藥用植物種質資源研究動態(tài)
        一、藥用植物種質資源及保護現狀
        二、藥用植物遺傳多樣性研究
        三、藥用植物分子育種研究
    第二節(jié) 壯藥藥用資源研究動態(tài)
        一、壯藥藥用資源概況
        二、壯藥資源利用歷史及現狀
        三、壯藥藥用資源保護現狀
    第三節(jié) 苦玄參研究動態(tài)
        一、苦玄參藥用資源地理分布及資源利用現狀
        二、苦玄參生物學特性
        三、苦玄參人工繁育及栽培
        四、苦玄參化學成分及主要活性成分含置測定
    第四節(jié) 分子標記技術研究動態(tài)
        一、RFLP標記發(fā)展及應用
        二、RAPD標記發(fā)展及應用
        三、ISSR標記發(fā)展及應用
        四、SSR標記發(fā)展及應用
        五、SNP標記發(fā)展及應用
第二章 苦玄參有效成分含量分析
    一、材料與方法
    二、結果與分析
        1. 不同省份群體樣含量差異分析
        2. 群體苦玄參苷含量差異
        3. 單株樣苦玄參苷含量差異比較
    三、討論
    四、小結
第三章 苦玄參轉錄組測序及功能注釋
    第一節(jié) 苦玄參轉錄組測序
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. 測序數據量統(tǒng)計
            2. 轉錄組文庫質量評估
                2.1 mRNA片段化隨機性檢驗
                2.2 插入片段長度檢驗
                2.3 轉錄組測序數據飽和度檢驗
            3. 組裝結果統(tǒng)計
            4. 不同樣品總體表達量比對
        三、討論
        四、小結
    第二節(jié) 苦玄參轉錄組功能注釋及CDS預測
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. 組裝結果Unigene功能注釋
                1.1 苦玄參同源序列的物種分析
                1.2 Unigene的GO功能分類分析
                1.3 Unigene的COG功能分類
                1.4 Unigene的KOG統(tǒng)計分析
            2. 編碼蛋白框(CDS)的核苷酸和氨基酸序列分析
        三、討論
        四、小結
第四章 轉錄組SNP遺傳結構分析及有效成分關聯基因挖掘
    第一節(jié) 苦玄參轉錄組SNP位點挖掘
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. SNP位點統(tǒng)計
            2. 基因的SNP密度分布
        三、討論
        四、小結
    第二節(jié) 基于轉錄組SNP標記的苦玄參遺傳結構分析
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. 苦玄參群體遺傳結構分析
                1.1 進化分析
                1.2 群體結構分析
                1.3 PCA分析
            2. 單株遺傳親緣關系分析
                2.1 進化分析
                2.2 群體結構分析
                2.3 PCA分析
        三、討論
        四、小結
    第三節(jié) 苦玄參有效成分關聯轉錄組SNP基因位點分析
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. 基因表達量分析
            2. 關聯分析
                2.1 SNP關聯分析結果
                2.2 GEM關聯分析結果
                2.3 聯合分析結果
        三、討論
        四、小結
第五章 苦玄參EST-SSR遺傳多樣性及品質基因關聯分析
    第一節(jié) 苦玄參轉錄組SSR位點挖掘
        一、材料與方法
        二、結果與分析
        三、討論
        四、小結
    第二節(jié) EST-SSR引物開發(fā)及群體遺傳多樣性分析
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. 引物開發(fā)和檢測
                1.1 轉錄組引物設計
                1.2 引物篩選和多態(tài)性驗證
            2. PCR擴增結果
            3. 遺傳多樣性分析
                3.1 各位點PIC值
                3.2 群體遺傳多樣性分析
                3.3 F統(tǒng)計值和基因流
                3.4 遺傳距離和聚類分析
        三、討論
        四、小結
    第三節(jié) 栽培單株苦玄參SSR遺傳多樣性及品質性狀相關標記分析
        一、材料與方法
        二、結果與分析
            1. 各位點PIC值及群體遺傳多樣性
            2. F統(tǒng)計檢驗結果及基因流
            3. 遺傳距離和聚類分析
            4. 苦玄參苷含量關聯標記相關分析
        三、討論
        四、小結
第六章 總結與展望
參考文獻
附錄
致謝
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本文編號：3866037