自9,000年前野豬被人類馴化,在不同的自然和人工的選擇條件下,全世界范圍內(nèi)形成了 300多個(gè)具有不同特性的豬種。相較于野豬群體,家豬在耐熱/冷性、疾病抗性、繁殖、毛色、體型等性狀有較大差異。這些差異可能是在野豬進(jìn)化及馴化過(guò)程中,由于選擇的作用而成。這種選擇會(huì)在基因組上留下明顯的特征,即選擇信號(hào)。檢測(cè)馴養(yǎng)動(dòng)物的選擇信號(hào)對(duì)于闡明自然和人類技術(shù)在進(jìn)化過(guò)程中的參與及二者共同影響現(xiàn)代動(dòng)物基因組、進(jìn)而為改善家畜育種提供很重要的基礎(chǔ)。皖南黑豬作為中國(guó)地方豬種在安徽南部經(jīng)歷了長(zhǎng)期的選擇育種,以繁殖、抗逆性和耐粗飼方面特點(diǎn)著名,同時(shí),尤卡坦微型豬(YMP)是一種天然的小型品種,在炎熱干旱的尤卡坦半島馴化,具有溫和,智能,抗病,相對(duì)缺乏氣味等特點(diǎn)。尤卡坦豬作為醫(yī)學(xué)模型在世界范圍內(nèi)廣泛應(yīng)用,本研究旨在通過(guò)對(duì)這兩個(gè)豬種的遺傳變異檢測(cè)進(jìn)而探討其種質(zhì)特性的遺傳基礎(chǔ)。皖南黑豬全基因組遺傳變異及選擇信號(hào)檢測(cè):20頭皖南黑豬共得到501.52G原始數(shù)據(jù),平均每個(gè)個(gè)體測(cè)序深度達(dá)到9.43X,平均基因組覆蓋度達(dá)到84.74%。通過(guò)聯(lián)合兩種提取遺傳變異的軟件(GATK和Samtools)在全基因組范圍內(nèi)共檢測(cè)到21M SN...

【文章頁(yè)數(shù)】：112 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
致謝
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 豬的起源及馴化
    1.2 測(cè)序發(fā)展史
        1.2.1 第一代測(cè)序技術(shù)
        1.2.2 第二代測(cè)序技術(shù)
        1.2.3 第三代測(cè)序技術(shù)
    1.3 選擇和選擇信號(hào)
    1.4 選擇信號(hào)檢測(cè)方法及影響因素
        1.4.1 基于單點(diǎn)頻率的方法
        1.4.2 基于群體分化的方法
        1.4.3 基于連鎖不平衡的方法
    1.5 選擇信號(hào)的研究進(jìn)展
    1.6 本研究的目的與意義
第二章 皖南黑豬群體遺傳結(jié)構(gòu)和選擇信號(hào)分析
    2.1 前言
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.1 試驗(yàn)動(dòng)物倫理及道德說(shuō)明
        2.2.2 試驗(yàn)樣本及采集
        2.2.3 主要儀器、軟件、數(shù)據(jù)庫(kù)和網(wǎng)站
    2.3 試驗(yàn)方法
        2.3.1 DNA提取
        2.3.2 DNA濃度和純度檢測(cè)
        2.3.3 DNA文庫(kù)構(gòu)建與測(cè)序
        2.3.4 基因組內(nèi)遺傳變異檢測(cè)
        2.3.5 群體遺傳學(xué)分析
    2.4 結(jié)果分析
        2.4.1 皖南黑豬DNA質(zhì)量與濃度
        2.4.2 測(cè)序數(shù)據(jù)及遺傳變異
        2.4.3 群體結(jié)構(gòu)
        2.4.4 選擇信號(hào)
    2.5 討論
        2.5.1 試驗(yàn)群體的選擇
        2.5.2 試驗(yàn)策略的選擇
        2.5.3 選擇信號(hào)分析
    2.6 小結(jié)
第三章 尤卡坦豬X染色體的選擇信號(hào)研究
    3.1 前言
    3.2 材料方法
        3.2.1 數(shù)據(jù)來(lái)源
        3.2.2 數(shù)據(jù)處理
        3.2.3 結(jié)果分析
    3.3 討論
        3.3.1 試驗(yàn)群體的選擇
        3.3.2 試驗(yàn)策略的選擇
        3.3.3 選擇信號(hào)分析
    3.4 小結(jié)
全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
    附表
個(gè)人簡(jiǎn)介



本文編號(hào)：3841437