本文關(guān)鍵詞：優(yōu)質(zhì)肉雞基因組選擇方案的優(yōu)化研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：基因組選擇(genomic selection, GS)是新一代畜禽遺傳評(píng)估方法,具有早期選擇準(zhǔn)確性高和縮短世代間隔等優(yōu)勢(shì)。對(duì)于優(yōu)質(zhì)肉雞育種,基因組選擇的優(yōu)勢(shì)在于提高估計(jì)育種值準(zhǔn)確性,特別是對(duì)那些難以測(cè)量或者測(cè)量費(fèi)用較高的性狀。本論文圍繞基因組選擇在優(yōu)質(zhì)肉雞育種中的應(yīng)用進(jìn)行一系列研究：優(yōu)質(zhì)肉雞基因組育種值估計(jì)模型準(zhǔn)確性評(píng)估研究；優(yōu)質(zhì)肉雞基因組育種值估計(jì)模型優(yōu)化研究；優(yōu)質(zhì)肉雞基因組選擇三系雜交繁育體系經(jīng)濟(jì)效益評(píng)估,得出以下結(jié)果和結(jié)論：(1)本研究基于系譜信息對(duì)優(yōu)質(zhì)肉雞群體6周齡體重和12周齡體重2個(gè)生長(zhǎng)性狀,全凈膛率、胸肌率和腿肌率等3個(gè)屠體性狀進(jìn)行遺傳參數(shù)估計(jì),6周齡體重和12周齡體重是中低等遺傳力,遺傳力分別是0.26和0.13；全凈膛率、胸肌率和腿肌率等屠體性狀是中高等遺傳力,遺傳力分別是0.44、0.39和0.39。論文使用Illumina雞60K SNP芯片,針對(duì)優(yōu)質(zhì)肉雞的2個(gè)生長(zhǎng)性狀和3個(gè)屠體性狀采用基因組最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)模型(GBLUP)、貝葉斯LASSO模型和貝葉斯Mixture模型等3種基因組育種值估計(jì)模型與傳統(tǒng)育種值估計(jì)模型進(jìn)行比較研究。群體數(shù)據(jù)采用家系分組和隨機(jī)分組兩種分組方式分組,并采用交叉驗(yàn)證法進(jìn)行驗(yàn)證。在家系分組中,使用3種基因組育種值估計(jì)模型,生長(zhǎng)性狀的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性為0.448-0.468,屠體性狀的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性為0.176-0.255,平均基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性為0.319,而傳統(tǒng)模型估計(jì)育種準(zhǔn)確性平均值僅有0.034；在隨機(jī)分組中,生長(zhǎng)性狀的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性為0.487-0.536,屠體性狀的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性為0.312-0.430,平均基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性為0.433,而傳統(tǒng)模型估計(jì)育種值準(zhǔn)確性平均值僅有0.236。以上結(jié)果表明,相比傳統(tǒng)方法,基因組選擇可以大幅提高育種值估計(jì)準(zhǔn)確性。(2)本研究基于系譜信息對(duì)優(yōu)質(zhì)肉雞新城疫和禽流感病毒抗體免疫水平等兩個(gè)免疫性狀進(jìn)行遺傳參數(shù)估計(jì),新城疫病毒抗體免疫水平是中高等遺傳力,遺傳力是0.478；禽流感病毒抗體免疫水平是中等遺傳力,遺傳力是0.301。論文采用多性狀模型用于提高免疫性狀育種值估計(jì)準(zhǔn)確性進(jìn)行研究,群體數(shù)據(jù)采用家系分組和隨機(jī)分組兩種分組方式,并采用交叉驗(yàn)證法進(jìn)行驗(yàn)證。新城疫和禽流感病毒抗體免疫應(yīng)答水平遺傳相關(guān)是0.438。在家系分組中,相比傳統(tǒng)基于系譜的育種值估計(jì)模型,采用多性狀基因組育種值估計(jì)模型,新城疫病毒抗體免疫應(yīng)答水平估計(jì)育種值準(zhǔn)確性從0.086提高到0.237,禽沛感病毒抗體免疫應(yīng)答水平估計(jì)育種值準(zhǔn)確性從0.080提高到0.347；在隨機(jī)分組中,相比基于系譜的育種值估計(jì)模型,新城疫病毒抗體免疫應(yīng)答水平估計(jì)育種值準(zhǔn)確性從0.385提高到0.427,禽流感病毒抗體免疫應(yīng)答水平估計(jì)育種值準(zhǔn)確性從0.281提高到0.367。結(jié)果表明,多性狀基因組育種值估計(jì)模型可以利用性狀之間的相互聯(lián)系提高基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性。(3)論文使用蒙特卡羅計(jì)算機(jī)模擬對(duì)優(yōu)質(zhì)肉雞中三系雜交繁育體系實(shí)施基因組選擇的經(jīng)濟(jì)效益進(jìn)行了評(píng)估。A系、B系和C系經(jīng)過(guò)10個(gè)世代的基因組選擇平均每個(gè)世代分別可以獲得0.356、0.341和0.356個(gè)標(biāo)準(zhǔn)差的額外遺傳進(jìn)展,折合可獲得利潤(rùn)0.401、0.414和4.141億元。研究結(jié)果表明,相比傳統(tǒng)選擇方法,基因組選擇方法可取得了一定的額外遺傳進(jìn)展和利潤(rùn),在優(yōu)質(zhì)肉雞中實(shí)施基因組選擇具有提高遺傳進(jìn)展和增加利潤(rùn)的潛力。
【關(guān)鍵詞】：優(yōu)質(zhì)肉雞 基因組選擇 交叉驗(yàn)證 估計(jì)育種值 經(jīng)濟(jì)性狀
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S831
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-9
• 縮略語(yǔ)表9-14
• 第1章 文獻(xiàn)綜述14-32
• 1.1 畜禽遺傳評(píng)定方法的發(fā)展概述14-15
• 1.2 基因組選擇概述15-16
• 1.3 基因組選擇實(shí)施步驟16-18
• 1.4 基因組育種值估計(jì)的可靠性18
• 1.5 基因組育種值估計(jì)模型18-26
• 1.5.1 BLUP類模型19-20
• 1.5.2 貝葉斯類模型20-24
• 1.5.3 其他模型24-26
• 1.6 影響基因組選擇實(shí)施的因素26-29
• 1.6.1 參考群體26-27
• 1.6.2 遺傳標(biāo)記密度27
• 1.6.3 標(biāo)記填充(Genotype imputation)27-28
• 1.6.4 雜交群體28-29
• 1.7 實(shí)施基因組選擇成本29-30
• 1.8 本研究的目的和意義30-32
• 第2章 生長(zhǎng)和屠體性狀基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性研究32-55
• 2.1 引言32-33
• 2.2 材料和方法33-39
• 2.2.1 實(shí)驗(yàn)群體33-36
• 2.2.2 統(tǒng)計(jì)方法36-38
• 2.2.3 交叉驗(yàn)證法38-39
• 2.3 結(jié)果與分析39-51
• 2.3.1 遺傳參數(shù)39-40
• 2.3.2 育種值估計(jì)準(zhǔn)確性40-48
• 2.3.3 統(tǒng)計(jì)功效與差異顯著性分析48-49
• 2.3.4 基因組估計(jì)育種值無(wú)偏性49-51
• 2.4 討論51-54
• 2.4.1 基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性51-52
• 2.4.2 參考群體和候選群體之間的關(guān)系52-53
• 2.4.3 基因組育種值估計(jì)模型53-54
• 2.5 小結(jié)54-55
• 第3章 抗體免疫水平基因組育種值估計(jì)研究55-76
• 3.1 引言55-56
• 3.2 材料和方法56-59
• 3.2.1 實(shí)驗(yàn)群體56-57
• 3.2.2 統(tǒng)計(jì)模型57-58
• 3.2.3 交叉驗(yàn)證58-59
• 3.3 結(jié)果與分析59-62
• 3.3.1 方差組分和遺傳力估計(jì)59-60
• 3.3.2 基因組育種值估計(jì)模型準(zhǔn)確性60-62
• 3.4 討論62-75
• 3.4.1 遺傳力和遺傳相關(guān)62-63
• 3.4.2 免疫應(yīng)答水平的基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性63-74
• 3.4.3 單性狀和多性狀基因組育種值估計(jì)模型74-75
• 3.5 小結(jié)75-76
• 第4章 基因組選擇在優(yōu)質(zhì)肉雞中經(jīng)濟(jì)效益評(píng)估76-93
• 4.1 引言76-77
• 4.2 材料與方法77-81
• 4.2.1 雜交配套模式77-78
• 4.2.2 群體參數(shù)設(shè)置78-79
• 4.2.3 基因組參數(shù)設(shè)置79
• 4.2.4 模擬軟件79-80
• 4.2.5 育種值估計(jì)方法80
• 4.2.6 遺傳進(jìn)展估計(jì)80-81
• 4.2.7 經(jīng)濟(jì)參數(shù)設(shè)置81
• 4.3 結(jié)果與分析81-90
• 4.3.1 定向選擇表型變化趨勢(shì)81-84
• 4.3.2 基因組選擇與傳統(tǒng)方法遺傳進(jìn)展比較84-86
• 4.3.3 經(jīng)濟(jì)效益評(píng)估86-90
• 4.4 討論90-92
• 4.4.1 影響基因組估計(jì)育種值準(zhǔn)確性的因素90-91
• 4.4.2 雜種優(yōu)勢(shì)91
• 4.4.3 經(jīng)濟(jì)效益91-92
• 4.5 小結(jié)92-93
• 第5章 結(jié)論與展望93-96
• 5.1 結(jié)論93
• 5.2 本文創(chuàng)新之處93-94
• 5.3 基因組選擇方法在中國(guó)肉雞育種中的展望94-96
• 5.3.1 基因組選擇給中國(guó)肉雞育種突破帶來(lái)希望94
• 5.3.2 基因組選擇在中國(guó)肉雞育種中的實(shí)施建議94-96
• 參考文獻(xiàn)96-108
• 致謝108-110
• 攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文目錄110-112

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本文編號(hào)：377840