本文關鍵詞：優(yōu)質肉雞基因組選擇方案的優(yōu)化研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：基因組選擇(genomic selection, GS)是新一代畜禽遺傳評估方法,具有早期選擇準確性高和縮短世代間隔等優(yōu)勢。對于優(yōu)質肉雞育種,基因組選擇的優(yōu)勢在于提高估計育種值準確性,特別是對那些難以測量或者測量費用較高的性狀。本論文圍繞基因組選擇在優(yōu)質肉雞育種中的應用進行一系列研究：優(yōu)質肉雞基因組育種值估計模型準確性評估研究；優(yōu)質肉雞基因組育種值估計模型優(yōu)化研究；優(yōu)質肉雞基因組選擇三系雜交繁育體系經濟效益評估,得出以下結果和結論：(1)本研究基于系譜信息對優(yōu)質肉雞群體6周齡體重和12周齡體重2個生長性狀,全凈膛率、胸肌率和腿肌率等3個屠體性狀進行遺傳參數估計,6周齡體重和12周齡體重是中低等遺傳力,遺傳力分別是0.26和0.13；全凈膛率、胸肌率和腿肌率等屠體性狀是中高等遺傳力,遺傳力分別是0.44、0.39和0.39。論文使用Illumina雞60K SNP芯片,針對優(yōu)質肉雞的2個生長性狀和3個屠體性狀采用基因組最佳線性無偏預測模型(GBLUP)、貝葉斯LASSO模型和貝葉斯Mixture模型等3種基因組育種值估計模型與傳統育種值估計模型進行比較研究。群體數據采用家系分組和隨機分組兩種分組方式分組,并采用交叉驗證法進行驗證。在家系分組中,使用3種基因組育種值估計模型,生長性狀的基因組估計育種值準確性為0.448-0.468,屠體性狀的基因組估計育種值準確性為0.176-0.255,平均基因組估計育種值準確性為0.319,而傳統模型估計育種準確性平均值僅有0.034；在隨機分組中,生長性狀的基因組估計育種值準確性為0.487-0.536,屠體性狀的基因組估計育種值準確性為0.312-0.430,平均基因組估計育種值準確性為0.433,而傳統模型估計育種值準確性平均值僅有0.236。以上結果表明,相比傳統方法,基因組選擇可以大幅提高育種值估計準確性。(2)本研究基于系譜信息對優(yōu)質肉雞新城疫和禽流感病毒抗體免疫水平等兩個免疫性狀進行遺傳參數估計,新城疫病毒抗體免疫水平是中高等遺傳力,遺傳力是0.478；禽流感病毒抗體免疫水平是中等遺傳力,遺傳力是0.301。論文采用多性狀模型用于提高免疫性狀育種值估計準確性進行研究,群體數據采用家系分組和隨機分組兩種分組方式,并采用交叉驗證法進行驗證。新城疫和禽流感病毒抗體免疫應答水平遺傳相關是0.438。在家系分組中,相比傳統基于系譜的育種值估計模型,采用多性狀基因組育種值估計模型,新城疫病毒抗體免疫應答水平估計育種值準確性從0.086提高到0.237,禽沛感病毒抗體免疫應答水平估計育種值準確性從0.080提高到0.347；在隨機分組中,相比基于系譜的育種值估計模型,新城疫病毒抗體免疫應答水平估計育種值準確性從0.385提高到0.427,禽流感病毒抗體免疫應答水平估計育種值準確性從0.281提高到0.367。結果表明,多性狀基因組育種值估計模型可以利用性狀之間的相互聯系提高基因組估計育種值準確性。(3)論文使用蒙特卡羅計算機模擬對優(yōu)質肉雞中三系雜交繁育體系實施基因組選擇的經濟效益進行了評估。A系、B系和C系經過10個世代的基因組選擇平均每個世代分別可以獲得0.356、0.341和0.356個標準差的額外遺傳進展,折合可獲得利潤0.401、0.414和4.141億元。研究結果表明,相比傳統選擇方法,基因組選擇方法可取得了一定的額外遺傳進展和利潤,在優(yōu)質肉雞中實施基因組選擇具有提高遺傳進展和增加利潤的潛力。
【關鍵詞】：優(yōu)質肉雞 基因組選擇 交叉驗證 估計育種值 經濟性狀
【學位授予單位】：四川農業(yè)大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S831
【目錄】：

• 摘要5-7
• Abstract7-9
• 縮略語表9-14
• 第1章 文獻綜述14-32
• 1.1 畜禽遺傳評定方法的發(fā)展概述14-15
• 1.2 基因組選擇概述15-16
• 1.3 基因組選擇實施步驟16-18
• 1.4 基因組育種值估計的可靠性18
• 1.5 基因組育種值估計模型18-26
• 1.5.1 BLUP類模型19-20
• 1.5.2 貝葉斯類模型20-24
• 1.5.3 其他模型24-26
• 1.6 影響基因組選擇實施的因素26-29
• 1.6.1 參考群體26-27
• 1.6.2 遺傳標記密度27
• 1.6.3 標記填充(Genotype imputation)27-28
• 1.6.4 雜交群體28-29
• 1.7 實施基因組選擇成本29-30
• 1.8 本研究的目的和意義30-32
• 第2章 生長和屠體性狀基因組估計育種值準確性研究32-55
• 2.1 引言32-33
• 2.2 材料和方法33-39
• 2.2.1 實驗群體33-36
• 2.2.2 統計方法36-38
• 2.2.3 交叉驗證法38-39
• 2.3 結果與分析39-51
• 2.3.1 遺傳參數39-40
• 2.3.2 育種值估計準確性40-48
• 2.3.3 統計功效與差異顯著性分析48-49
• 2.3.4 基因組估計育種值無偏性49-51
• 2.4 討論51-54
• 2.4.1 基因組估計育種值準確性51-52
• 2.4.2 參考群體和候選群體之間的關系52-53
• 2.4.3 基因組育種值估計模型53-54
• 2.5 小結54-55
• 第3章 抗體免疫水平基因組育種值估計研究55-76
• 3.1 引言55-56
• 3.2 材料和方法56-59
• 3.2.1 實驗群體56-57
• 3.2.2 統計模型57-58
• 3.2.3 交叉驗證58-59
• 3.3 結果與分析59-62
• 3.3.1 方差組分和遺傳力估計59-60
• 3.3.2 基因組育種值估計模型準確性60-62
• 3.4 討論62-75
• 3.4.1 遺傳力和遺傳相關62-63
• 3.4.2 免疫應答水平的基因組估計育種值準確性63-74
• 3.4.3 單性狀和多性狀基因組育種值估計模型74-75
• 3.5 小結75-76
• 第4章 基因組選擇在優(yōu)質肉雞中經濟效益評估76-93
• 4.1 引言76-77
• 4.2 材料與方法77-81
• 4.2.1 雜交配套模式77-78
• 4.2.2 群體參數設置78-79
• 4.2.3 基因組參數設置79
• 4.2.4 模擬軟件79-80
• 4.2.5 育種值估計方法80
• 4.2.6 遺傳進展估計80-81
• 4.2.7 經濟參數設置81
• 4.3 結果與分析81-90
• 4.3.1 定向選擇表型變化趨勢81-84
• 4.3.2 基因組選擇與傳統方法遺傳進展比較84-86
• 4.3.3 經濟效益評估86-90
• 4.4 討論90-92
• 4.4.1 影響基因組估計育種值準確性的因素90-91
• 4.4.2 雜種優(yōu)勢91
• 4.4.3 經濟效益91-92
• 4.5 小結92-93
• 第5章 結論與展望93-96
• 5.1 結論93
• 5.2 本文創(chuàng)新之處93-94
• 5.3 基因組選擇方法在中國肉雞育種中的展望94-96
• 5.3.1 基因組選擇給中國肉雞育種突破帶來希望94
• 5.3.2 基因組選擇在中國肉雞育種中的實施建議94-96
• 參考文獻96-108
• 致謝108-110
• 攻讀博士學位期間發(fā)表的學術論文目錄110-112

【相似文獻】

中國期刊全文數據庫 前10條

1 劉建風,袁源;飼養(yǎng)優(yōu)質肉雞應特別注意的方面[J];河南畜牧獸醫(yī);2000年04期

2 張細權,梁少東,張德祥;優(yōu)質肉雞配套組合中各種性狀分配[J];中國家禽;2001年23期

3 ;關于召開第七屆兩岸三地“優(yōu)質肉雞改良、生產及發(fā)展”研討會(中國香港2003年)的通告[J];中國家禽;2003年04期

4 李桂榮;我校畢英佐研究員的“優(yōu)質肉雞產業(yè)化研究”獲國家科技進步二等獎[J];華南農業(yè)大學學報;2004年02期

5 甘有豪;優(yōu)質肉雞——靈山香雞[J];農技服務;2004年06期

6 ;2004年浙江優(yōu)質肉雞展評結果揭曉[J];北方牧業(yè);2004年19期

7 蔣小松,杜華銳,蘇毅,張小玲,朱慶,李小成,姜小雨,李晴云;關于優(yōu)質肉雞育種的幾點考慮[J];家禽科學;2005年11期

8 韓占兵;孫俊哲;;如何進行安全型優(yōu)質肉雞生產[J];河南畜牧獸醫(yī);2006年04期

9 謝金防;;淺談優(yōu)質肉雞的安全與生產[J];江西畜牧獸醫(yī)雜志;2006年02期

10 謝金防;;淺談優(yōu)質肉雞的安全與生產(續(xù)上期)[J];江西畜牧獸醫(yī)雜志;2006年03期

中國重要會議論文全文數據庫 前10條

1 李東;;優(yōu)質肉雞育種問題探討[A];畜牧獸醫(yī)事業(yè)的發(fā)展和人類健康——21世紀畜牧獸醫(yī)生產和科學技術論壇會文集[C];1999年

2 李婭蘭;瞿浩;楊純芬;舒鼎銘;;優(yōu)質肉雞育種管理系統設計[A];中國家禽業(yè)——機遇與挑戰(zhàn)——第十三次全國家禽學術討論會論文集[C];2007年

3 張細權;;優(yōu)質肉雞的分子育種[A];中國青年農業(yè)科學學術年報[C];2002年

4 黎壽豐;丁余榮;周新民;張學余;李慧芳;;不同日糧蛋白水平對優(yōu)質肉雞生長和肉質的影響[A];中國畜牧獸醫(yī)學會2004學術年會暨第五屆全國畜牧獸醫(yī)青年科技工作者學術研討會論文集（上冊）[C];2004年

5 蔣小松;朱慶;杜華銳;李晴云;劉益平;姜小雨;李小成;萬昭軍;劉嵐;夏波;李亮;張大江;趙小玲;;大恒優(yōu)質肉雞育種研究與應用[A];中國家禽業(yè)——機遇與挑戰(zhàn)——第十三次全國家禽學術討論會論文集[C];2007年

6 慎偉杰;金光鈞;宮桂芬;;關于優(yōu)質肉雞產業(yè)化的思考[A];綠鳥雞模式暨健康雞工程專家研討會論文集[C];2004年

7 逯巖;曹頂國;韓海霞;張學瑞;;“魯禽”系列青腿麻羽優(yōu)質肉雞A系的選育[A];家禽研究最新進展——第十一次全國家禽學術討論會論文集[C];2003年

8 溫志芬;;優(yōu)質肉雞產業(yè)化進程中核心競爭力的構建[A];中國禽業(yè)發(fā)展大會暨中國畜牧業(yè)協會禽業(yè)分會第二屆會員代表大會論文集[C];2007年

9 曾華;王謙;溫美燕;張德祥;張細權;;優(yōu)質肉雞早熟性狀的遺傳分析[A];中國家禽業(yè)——機遇與挑戰(zhàn)——第十三次全國家禽學術討論會論文集[C];2007年

10 劉天飛;瞿浩;羅成龍;王R，

本文編號：377840