水牛是一種大型的馴化哺乳動(dòng)物,分為沼澤型水牛和河流型水牛。沼澤型水牛主要分布在東亞和東南亞,幾千年來(lái)一直作為稻田中主要的勞動(dòng)力,擁有強(qiáng)壯的身體、較長(zhǎng)使用年限與溫順的性格。河流型水牛主要分布在南亞,其他地區(qū)如歐洲、美洲也有養(yǎng)殖,是重要的奶肉品種,生產(chǎn)的水牛奶營(yíng)養(yǎng)價(jià)值大大高與黃牛奶。兩種水牛截然不同的特性是千百年來(lái)人們長(zhǎng)期選育的結(jié)果,然而到底是對(duì)哪些基因的選擇造成了這樣不同的特性目前研究還相當(dāng)缺乏。另一方面這兩種水牛沒有明顯的生殖隔離,但無(wú)論是體型、習(xí)性還是分布區(qū)域都有很大不同,進(jìn)化上系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系一直存有爭(zhēng)議,主要爭(zhēng)論在于它們的分化時(shí)間和馴化地點(diǎn),解決這個(gè)問(wèn)題有助于更深刻理解水牛進(jìn)化。隨著農(nóng)業(yè)機(jī)械化的發(fā)展,沼澤型水牛稻田役用地位降低,如何通過(guò)育種對(duì)其進(jìn)行品種改良越來(lái)越重要。用基因組學(xué)研究來(lái)解決馴化物種的育種和進(jìn)化問(wèn)題是不可或缺的方法,近年在NCBI上也相繼推出多個(gè)版本河流型水牛參考基因組序列,但是沒有沼澤型水�；蚪M序列,并且已發(fā)表的組裝質(zhì)量有限,無(wú)法滿足沼澤型水牛和河流型水牛更深層次的細(xì)致分析,本文通過(guò)對(duì)兩種水牛全基因組測(cè)序,構(gòu)建染色體級(jí)別高質(zhì)量基因,運(yùn)用比較基因組學(xué)手段,找到兩種水�；�... 

【文章頁(yè)數(shù)】：120 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 引言
        1.1 水�；咎卣�
            1.1.1 中國(guó)沼澤型水牛
            1.1.2 南亞河流型水牛
            1.1.3 地中海河流型水牛
        1.2 基因組學(xué)研究進(jìn)展
            1.2.1 牛亞科基因組學(xué)進(jìn)展
            1.2.2 基因組學(xué)在育種中的運(yùn)用
        1.3 測(cè)序技術(shù)與組裝算法的發(fā)展
            1.3.1 三代測(cè)序技術(shù)
            1.3.2 三代序列的組裝算法
        1.4 比較基因組學(xué)
            1.4.1 種內(nèi)比較
            1.4.2 種間比較
        1.5 有效群體大小相關(guān)研究
            1.5.1 遺傳多樣性相關(guān)概念
            1.5.2 有效群體大小的計(jì)算
            1.5.3 歷史有效群體大小
            1.5.4 選擇對(duì)有效群體大小的影響
        1.6 水牛生物學(xué)相關(guān)問(wèn)題研究背景
            1.6.1 多胺在肌肉生長(zhǎng)中的作用
            1.6.2 熱休克蛋白在熱應(yīng)激下的作用
        1.7 研究目的和意義
第二章 水牛全基因組測(cè)序與組裝
    前言
    2.1 實(shí)驗(yàn)分析方法
        2.1.1 采樣與數(shù)據(jù)產(chǎn)生
        2.1.2 K-mer分析
        2.1.3 三代測(cè)序組裝、糾錯(cuò)以及輔助組裝
        2.1.4 組裝結(jié)果評(píng)估
        2.1.5 沼澤型水牛、河流型水牛和黃牛共線性
    2.2 分析結(jié)果
        2.2.1 測(cè)序結(jié)果
        2.2.2 應(yīng)用K-mer分析評(píng)估水�；蚪M大小
        2.2.3 基因組組裝
        2.2.4 水牛基因組組裝效果評(píng)估結(jié)果
        2.2.5 基因組共線性研究
    2.3 討論
    2.4 小結(jié)
第三章 基因組注釋以及近源物種基因家族比較分析
    前言
    3.1 分析方法
        3.1.1 重復(fù)序列注釋
        3.1.2 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組注釋
        3.1.3 基因預(yù)測(cè)
        3.1.4 基因功能注釋
        3.1.5 非編碼RNA注釋
        3.1.6 基因家族分析
    3.2 分析結(jié)果
        3.2.1 重復(fù)序列注釋
        3.2.2 蛋白注釋結(jié)果
        3.2.3 水牛屬基因家族擴(kuò)張
        3.2.4 沼澤型水牛和河流型水�；蚣易鍞U(kuò)張
    3.3 討論
    3.4 小結(jié)
第四章 水牛屬分化以及正選擇
    前言
    4.1 分析方法
        4.1.1 哺乳動(dòng)物系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建
        4.1.2 沼澤型水牛和河流型水牛分化時(shí)間估計(jì)
        4.1.3 沼澤型水牛和河流型水牛雜合度計(jì)算
        4.1.4 水牛歷史有效群體大小估計(jì)
        4.1.5 水�？焖龠M(jìn)化基因
    4.2 分析結(jié)果
        4.2.1 哺乳動(dòng)物系統(tǒng)發(fā)生樹
        4.2.2 沼澤型水牛和河流型水牛分化時(shí)間估計(jì)
        4.2.3 沼澤型水牛和河流型水牛雜合度
        4.2.4 沼澤型水牛和河流型水牛歷史有效群體大小
        4.2.5 沼澤型水牛和河流型水�？焖龠M(jìn)化基因
    4.3 討論
    4.4 小結(jié)
結(jié)論以及創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
縮寫
附錄
致謝
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本文編號(hào)：3683600