騾子為馬和驢的雜交后代,屬于種間雜交和遠(yuǎn)緣雜交后代。遠(yuǎn)緣雜種同近緣雜種相比,除了具有綜合父、母雙親的遺傳特性外,還能產(chǎn)生重組類型及出現(xiàn)后代性狀分離等雜種的基本特征。雜交后代正反交外表和生理特征也存在很多差異,驢騾和馬騾也如此。驢騾和馬騾外表、性格和生理特征有很大差異,如馬騾身高比驢騾高,馬騾尾長(zhǎng)驢騾短,馬騾耳短驢騾長(zhǎng)。驢騾力氣與耐力不如馬騾。驢騾和馬騾共有的雜種優(yōu)勢(shì)有抗病力強(qiáng),耐粗飼,長(zhǎng)壽等。本研究通過對(duì)分析驢騾和馬騾基因組遺傳變異差異與相同,試圖從基因組水平解釋驢騾和馬騾生理特征差異和雜種優(yōu)勢(shì)可能的關(guān)聯(lián)性。本研究為遠(yuǎn)緣雜交后代的基因組研究及正反交模型提供理論基礎(chǔ)和實(shí)驗(yàn)依據(jù)。結(jié)果如下:1.對(duì)2頭母驢騾和2頭母馬騾進(jìn)行基因組進(jìn)行二代測(cè)序,過濾后共獲得380Gb的騾子基因組數(shù)據(jù),每個(gè)個(gè)體獲得89.9-104Gb Clean bases。四個(gè)個(gè)體GC含量平均43.54%。以馬為參考基因組時(shí),四個(gè)個(gè)體clean reads與馬基因組平均比對(duì)率為97.91%,唯一比對(duì)率平均86.89%。以驢為參考基因組時(shí),四個(gè)個(gè)體clean reads與驢基因組總比對(duì)率平均為92.30%,唯一比對(duì)率平均85.8... 

【文章頁(yè)數(shù)】：236 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 馬,驢及其雜交后代基因組研究進(jìn)展
    1.1 引言
    1.2 自然界動(dòng)物雜交后代
        1.2.1 雜交后代遺傳優(yōu)勢(shì)與劣勢(shì)
        1.2.2 雜交后代生殖障礙的解釋
        1.2.3 雜種優(yōu)勢(shì)的解釋
    1.3 騾子與親本外貌和生理特征
        1.3.1 馬和驢外貌和生理特征
        1.3.2 騾子外貌和生理特征
    1.4 騾子親本基因組結(jié)構(gòu)特征
        1.4.1 馬基因組研究現(xiàn)狀
        1.4.2 驢基因組研究現(xiàn)狀
        1.4.3 馬和驢基因組比較研究
    1.5 表型與遺傳變異的關(guān)聯(lián)性
        1.5.1 遺傳變異定義與研究現(xiàn)狀
        1.5.2 身高相關(guān)基因與變異
        1.5.3 運(yùn)動(dòng)、肌肉耐力相關(guān)基因與變異
        1.5.4 長(zhǎng)壽相關(guān)基因與變異
        1.5.5 SV與表型研究
第二章 騾子基因組遺傳變異分析
    2.1 引言
    2.2 材料與方法
        2.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
        2.2.2 試劑與儀器
        2.2.3 主要數(shù)據(jù)庫(kù)及分析軟件
        2.2.4 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.5 數(shù)據(jù)處理及比對(duì)
        2.2.6 變異檢測(cè)及注釋
        2.2.7 功能富集分析
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 數(shù)據(jù)處理及比對(duì)的結(jié)果與分析
        2.3.2 與馬參考基因組比對(duì)時(shí)遺傳變異分析
        2.3.3 SNP,INDEL和 CNVR在騾子染色體上的分布
        2.3.4 以驢為參考基因組時(shí)騾子遺傳變異分析
        2.3.5 以馬和驢基因組為參考基因組時(shí)騾子變異基因比較
    2.4 討論
        2.4.1 騾子與馬和驢參考基因組比對(duì)分析
        2.4.2 馬和驢參考基因組比對(duì)時(shí)SNP,INDEL和 CNVR比較
        2.4.3 騾子中馬染色體上SNP,INDEL和 CNVR分布
        2.4.4 馬和驢為參考基因組時(shí)變異基因比較
        2.4.5 代謝相關(guān)基因分析
        2.4.6 免疫相關(guān)基因分析
        2.4.7 長(zhǎng)壽相關(guān)基因分析
第三章 騾子基因組結(jié)構(gòu)變異
    3.1 引言
    3.2 材料與方法
        3.2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物、試劑、儀器和耗材
        3.2.2 主要數(shù)據(jù)庫(kù)
        3.2.3 相關(guān)分析軟件
        3.2.4 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.5 數(shù)據(jù)處理與比對(duì)
        3.2.6 結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)
        3.2.7 結(jié)構(gòu)變異注釋
        3.2.8 PCR驗(yàn)證
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 結(jié)構(gòu)變異種類與統(tǒng)計(jì)
        3.3.2 馬和驢跨物種染色體間易位的分布
        3.3.3 CTXR相關(guān)基因及功能富集分析
        3.3.4 PCR驗(yàn)證結(jié)果
    3.4 討論
        3.4.1 騾子結(jié)構(gòu)變異分析方法
        3.4.2 騾子CTXR分布
        3.4.3 CTX相關(guān)基因分析
第四章 騾子轉(zhuǎn)錄組研究
    4.1 引言
    4.2 材料與方法
        4.2.1 主要數(shù)據(jù)庫(kù)及分析軟件
        4.2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.3 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)來(lái)源
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 候選基因與三代數(shù)據(jù)比對(duì)
        4.3.2 轉(zhuǎn)錄組分析
        4.3.3 驢騾和馬騾特有變異基因蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析
    4.4 討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
攻讀博士期間發(fā)表及待發(fā)表的論文


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Allele-specific expression and alternative splicing in horse×donkey and cattle×yak hybrids[J]. Yu Wang,Shan Gao,Yue Zhao,Wei-Huang Chen,Jun-Jie Shao,Ni-Ni Wang,Ming Li,Guang-Xian Zhou,Lei Wang,Wen-Jing Shen,Jing-Tao Xu,Wei-Dong Deng,Wen Wang,Yu-Lin Chen,Yu Jiang.  Zoological Research. 2019(04)
[2]華北野豬與家豬雜交后的品質(zhì)評(píng)定[J]. 馬儷珍,王永輝,韓俊文.  食品研究與開發(fā). 2007(08)
[3]東北馬鹿和東北梅花鹿染色體核型的比較觀察及其五種雜交組合后代的組型分析[J]. 俞秀璋.  遺傳學(xué)報(bào). 1986(02)
[4]大鼠（Rattus norvegicus）微量血培養(yǎng)和染色體標(biāo)本制作的方法[J]. 羅麗華,陳宜峰,單祥年,曹筱梅.  動(dòng)物學(xué)研究. 1980(03)
[5]家畜遠(yuǎn)緣雜交不育機(jī)制的探討[J]. 常洪.  國(guó)外畜牧科技. 1980(04)
[6]關(guān)于山羊間性的遺傳學(xué)分析[J]. 常洪.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 1980(04)

博士論文
[1]基于高通量測(cè)序的貴州地方豬種基因組結(jié)構(gòu)變異研究[D]. 劉暢.貴州大學(xué) 2018
[2]人類基因組indel與結(jié)構(gòu)變異的檢測(cè)和分析方法的研究[D]. 姜玥.哈爾濱工業(yè)大學(xué) 2013

碩士論文
[1]基于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序探究騾子雜種優(yōu)勢(shì)的遺傳機(jī)制[D]. 高山.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2019



本文編號(hào)：3649261