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豬流行性腹瀉病毒遺傳變異分析及S1蛋白N端區(qū)域?qū)Σ《緩椭频挠绊?/H1>
發(fā)布時間:2022-02-27 07:50
  豬流行性腹瀉(Porcine epidemic diarrhea,PED)是由豬流行性腹瀉病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的,主要癥狀以嘔吐、腹瀉和脫水為主的急性腸道傳染病。各年齡豬均可感染PEDV,但主要在仔豬中有較高的死亡率。近年來,PEDV的不斷變異給PED的防控帶來了許多問題。本研究圍繞PEDV的分子流行病學和新出現(xiàn)的S1基因N端區(qū)域大片段缺失毒株展開研究,分析了PEDV的遺傳變異特征、建立了鑒別檢測PEDV經(jīng)典株和變異株的雙重TaqMan RT-qPCR方法并探究了PEDV S1蛋白N端區(qū)域的致病機制,取得了以下結(jié)果:1.檢測了從2014年7月至2015年7月收集的129份來自中國中部地區(qū)17個城市的仔豬腹瀉樣本;赟糖蛋白[Spike,1-789個氨基酸(aa)]的S1亞基和ORF3基因,我們對來自11個城市21個豬場的21個代表性PEDV毒株進行了遺傳變異分析。通過RT-PCR方法進行PEDV的檢測,通過DNAMAN 8軟件Clustal W方法分析S1和ORF3基因序列,并使用MEGA 6軟件鄰近法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)... 

【文章來源】:西北農(nóng)林科技大學陜西省211工程院校985工程院校教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】:115 頁

【學位級別】:博士

【部分圖文】:

豬流行性腹瀉病毒遺傳變異分析及S1蛋白N端區(qū)域?qū)Σ《緩椭频挠绊? src='http://image.cnki.net/getimage.ashx?id=1019810233.nh0002'  style='max-width:500px'></p><br> PEDV在冠狀病毒中的分類地位Fig.1-1TaxonomicstatusofPEDVinCoronaviruses<br><p align='center'><img src='http://image.cnki.net/getimage.ashx?id=1019810233.nh0003' alt='示意圖,基因組,登錄號,毒株' style='max-width:500px'></p><br> 1-2 PEDV CV777 毒株(GenBank 登錄號 AF353511)基因組示意圖(引自 Song and Park, 20. 1-2 Schematic representation of the PEDV genome based on the CV777 (GenBank accessionAF353511) strain(Song and Park, 2012)DV 蛋白特征制酶蛋白聚合體DV 的復制酶基因位于 5′端,長度約占整個基因組的 2/3,含有兩個開放閱讀別為 ORF1a 和 ORF1b(Woo et al., 2010)。這兩個 ORFs 通過核糖體移位編碼兩制酶蛋白體 pp1a 和 pp1ab,進而通過編碼的 nsp3 和 nsp5 蛋白酶活性加工成構(gòu)蛋白(nsps)。在 nsp1-nsp16 中,nsp1 是N末端的第一個切割產(chǎn)物(Ziebuhr, 200結(jié)構(gòu)蛋白的功能是合成多種核糖核酸并對 PEDV 基因組所編碼的的蛋白進行其中 nsp3 蛋白中含有兩個木瓜樣蛋白酶肽段(PLP),nsp5 中含有 3C 樣蛋白RO),它們可以對 ORF1a/b 的翻譯產(chǎn)物進行自切割(Richard and Tulasne, 2012是 RNA 依賴的 RNA 聚合酶,nsp13 是解旋酶(Xu et al., 2011)。究發(fā)現(xiàn)(Zhang et al., 2016),在 16 種 nsps 中,nsp1、nsp3、nsp7、nsp14、ns <br><br><p align='center'><img src='http://www.bigengculture.com/uploads/allimg/20220227/1645919427.54935.jpeg' alt='示意圖,冠狀病毒,示意圖,融合肽' style='max-width:500px'></p><br> 第一章 豬流行性腹瀉病毒研究進展 合活性,而已知 S1B結(jié)構(gòu)域作為大多數(shù)冠狀病毒的蛋白質(zhì)受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域起hultze et al., 1991; Schultze et al., 1996; Hofmann et al., 2005; Walls et al., 2016a; Wa 2016b)。相對于 S1 亞基,S2 亞基在氨基酸序列中更保守,并且包含有 I 類病毒中發(fā)現(xiàn)的典型結(jié)構(gòu)特征,包括疏水性融合肽(FP),七肽重復區(qū)(HR1 和 HR2端跨膜的 TM 區(qū)域(圖 1-3 a)。對于所有 I 類融合蛋白,通過將 FP 暴露并插入開始膜融合,之后融合蛋白插入使得反平行的 HR1 和 HR2 區(qū)域形成穩(wěn)定的六構(gòu)。在這種轉(zhuǎn)變過程中,融合肽和跨膜結(jié)構(gòu)域緊密靠近,使病毒和細胞膜融合(E Kim, 2001)。 <br><br>【參考文獻】:<br>期刊論文<br>[1]規(guī);i場流行性腹瀉(PED)防控策略[J]. 劉從敏.  今日養(yǎng)豬業(yè). 2015(06)<br>
[2]豬流行性腹瀉病毒滅活疫苗的制備及攻毒保護研究[J]. 徐宏軍,楊鵬程,任麗,胡來根,何孔旺,劉文倩,代洪波.  動物醫(yī)學進展. 2015(01)<br>
[3]豬流行性腹瀉病毒主要結(jié)構(gòu)蛋白在桿狀病毒中的表達及免疫原性分析[J]. 譚博敏,蔣志瓊,余希堯,鐘澤民,黃毓茂.  畜牧與獸醫(yī). 2014(11)<br>
[4]豬流行性腹瀉病毒S蛋白部分抗原表位基因的原核表達及表達產(chǎn)物的免疫原性分析[J]. 畢玉敏,陳欣,李昌靜,劉永舉,朱豐龍,時超,尹燕博.  中國獸醫(yī)科學. 2014(07)<br>
[5]豬流行性腹瀉病毒S1基因在畢赤酵母中的表達[J]. 譚博敏,余希堯,鐘澤民,蔣志瓊,黃毓茂.  中國畜牧獸醫(yī). 2014(06)<br>
[6]豬流行性腹瀉病毒S1基因的克隆及在腺病毒中的表達[J]. 項林盛,鄭紅玉,唐麗云,黃毓茂.  黑龍江畜牧獸醫(yī). 2014(07)<br>
[7]攜帶豬流行性腹瀉病毒S基因的減毒鼠傷寒沙門菌的構(gòu)建與鑒定[J]. 梁恩濤,廖曉丹,黃小波,文心田,曹三杰,陽酉萍,段素芬,張丹,張小會.  中國獸醫(yī)科學. 2014(03)<br>
[8]豬流行性腹瀉病毒COE核酸疫苗的構(gòu)建及免疫原性[J]. 向敏,張潔,高其雙,盧順,陳志華,黃海軍,陶弼菲,彭霞,占才耀,夏瑜,童偉文,華娟,王連芳.  中國獸醫(yī)學報. 2013(11)<br>
[9]豬流行性腹瀉膠體金抗體檢測技術(shù)的建立及其應(yīng)用[J]. 張利勃,周鐵忠,王珅,高慎陽.  中國農(nóng)學通報. 2011(03)<br>
[10]表達豬流行性腹瀉病毒COE基因的重組乳酸菌的構(gòu)建與鑒定[J]. 董麗娜,高鳳山,許崇波,胡桂學,姜海龍.  畜牧獸醫(yī)學報. 2008(12)<br>
<br>博士論文<br>[1]減毒沙門氏菌遞呈PEDV/TGEV雙基因核酸疫苗研究[D]. 廖曉丹.四川農(nóng)業(yè)大學 2012<br>
[2]豬流行性腹瀉病毒主要結(jié)構(gòu)蛋白不同抗原片段在重組干酪乳桿菌中的表達及其免疫學評價[D]. 葛俊偉.東北農(nóng)業(yè)大學 2008<br>
<br>碩士論文<br>[1]豬傳染性胃腸炎和流行性腹瀉二聯(lián)核酸疫苗免疫效力研究[D]. 孟凡丹.東北農(nóng)業(yè)大學 2011<br>
<br><!--https://kns.cnki.net/kcms/detail/detail.aspx?dbcode=CDFD&dbname=CDFDLAST2019&filename=1019810233.nh&uniplatform=NZKPT&v=0sTZ3EDrNg-y7WOKvMOmoIa_xire-eByFQ3TuhT6boyGaA9KBpDyOxGrze6nYM0X-->
					<br/><br/>本文編號:<b>3645095</b><div style='float:right'>
					

			
				
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