綿羊痘病毒與山羊痘病毒感染細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和蛋白組差異及K3L在羊痘病毒宿主范圍差異中的作用研究
發(fā)布時(shí)間：2021-11-16 23:06
山羊痘病毒屬（CPV）病毒是重要的動(dòng)物痘病毒之一,其成員包括綿羊痘病毒（SPV）、山羊痘病毒（GPV）和牛的結(jié)節(jié)性疹病毒（LSDV）。在自然狀態(tài)下,GPV可感染綿羊和山羊,大多數(shù)SPV毒株僅感染綿羊,LSDV僅感染牛,三者間的宿主范圍差異機(jī)制目前尚不清楚。本研究以Vero細(xì)胞為模型,以高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)和SILAC結(jié)合MS/MS定量蛋白組技術(shù)為手段,從宿主角度系統(tǒng)地分析SPV和GPV感染后Vero細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組和蛋白組差異。然后從病毒角度,通過(guò)分子生物學(xué)試驗(yàn)和生物信息學(xué)技術(shù),分析SPV感染對(duì)宿主PKR信號(hào)通路的影響,以及K3L在SPV和GPV宿主范圍差異中的作用。主要研究結(jié)果如下:1.采用Affymetrix全轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜芯片,開(kāi)展SPV與GPV感染Vero細(xì)胞后細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄本表達(dá)譜芯片的分析。在總共45763個(gè)分子被測(cè)到信號(hào)中,GPV與SPV在感染早期均引起細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組發(fā)生了明顯的變化,但是二者之間引起的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組差異并不明顯。與陰性對(duì)照組相比,病毒感染組差異分子的信號(hào)有明顯的不同,而且感染后隨著時(shí)間的增加差異分子逐漸增多。GPV感染組和SPV感染組差異分子之間也有不同,并隨著感染時(shí)間的...
【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁(yè)數(shù)】：159 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
GPV和SPV在Vero細(xì)胞中的病毒感染動(dòng)力學(xué)Figure2.1.ViralinfectionkineticsofGPVandSPVinVerocells用GPV和SPV感染Vero細(xì)胞，MOI=1，感染后不同時(shí)間進(jìn)行顯微鏡觀察細(xì)胞病變情況
科學(xué)院博士學(xué)位論文 第二章 SPV 與 GPV 感染 Vero 細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄NA 提取及檢測(cè)別在感染后 24 h、48 h、72 h 和 96 h 用預(yù)冷的 PBS 洗滌細(xì)胞后，加入 TRIzol 進(jìn)入解并收集全細(xì)胞提取 RNA，通過(guò)測(cè)定所提取的 RNA 的濃度并進(jìn)行甲醛變性膠電完整性。結(jié)果（表 2.13）顯示所測(cè)得到的全部樣品的 RNA 總量均大于 10 μg，可試驗(yàn)的求；RNA 純度顯示 A260/280≥1.90，也達(dá)到了試驗(yàn)的要求。經(jīng)甲醛變性膠（圖 2.2）表明，提取的 RNA 樣品的電泳條帶清晰，28 S 和 18 S rRNA 的條帶亮度近 2：1，說(shuō)明 RNA 的質(zhì)量達(dá)到了表達(dá)譜芯片試驗(yàn)的要求，可進(jìn)行下一步試驗(yàn)。
國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院博士學(xué)位論文 第二章 SPV 與 GPV 感染 Vero2.3.3 SPV 感染宿主轉(zhuǎn)錄組變化經(jīng)對(duì) SPV 感染后細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息分析發(fā)現(xiàn)，總共有 45763 個(gè)分子被測(cè)到組 C24 相比，在 24h 時(shí)感染組上調(diào)（≥2 倍）的分子 235 個(gè)，下調(diào)（≤0.5 倍見(jiàn)附表 1）。45763 個(gè)被測(cè)到信號(hào)的分子中，所有樣品的信號(hào)值歸一化后進(jìn)行了聚類分析示，與對(duì)照組相比，差異分子感染組的信號(hào)與對(duì)照組有明顯的不同，而且隨著呈明顯變化。經(jīng)對(duì) SPV 感染后的細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息分析發(fā)現(xiàn)，與對(duì)照組 C24 相比，24h子 235 個(gè)，下調(diào)（≤0.5 倍）的分子 242 個(gè)；48h 上調(diào)（≥2 倍）的分子 683）的分子 1073 個(gè)；72h 上調(diào)（≥2 倍）的分子 1051 個(gè)，下調(diào)（≤0.5 倍）的些分子進(jìn)行信號(hào)散點(diǎn)圖分析（圖 2.4）也發(fā)現(xiàn)，與 C24 相比，SPV 感染后隨著子逐漸增多。
【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]PKR抗羊痘病毒作用及與K3L蛋白作用關(guān)系的研究[D]. 吳娜.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
本文編號(hào)：3499736
【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市
【文章頁(yè)數(shù)】：159 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【部分圖文】：
GPV和SPV在Vero細(xì)胞中的病毒感染動(dòng)力學(xué)Figure2.1.ViralinfectionkineticsofGPVandSPVinVerocells用GPV和SPV感染Vero細(xì)胞，MOI=1，感染后不同時(shí)間進(jìn)行顯微鏡觀察細(xì)胞病變情況
科學(xué)院博士學(xué)位論文 第二章 SPV 與 GPV 感染 Vero 細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄NA 提取及檢測(cè)別在感染后 24 h、48 h、72 h 和 96 h 用預(yù)冷的 PBS 洗滌細(xì)胞后，加入 TRIzol 進(jìn)入解并收集全細(xì)胞提取 RNA，通過(guò)測(cè)定所提取的 RNA 的濃度并進(jìn)行甲醛變性膠電完整性。結(jié)果（表 2.13）顯示所測(cè)得到的全部樣品的 RNA 總量均大于 10 μg，可試驗(yàn)的求；RNA 純度顯示 A260/280≥1.90，也達(dá)到了試驗(yàn)的要求。經(jīng)甲醛變性膠（圖 2.2）表明，提取的 RNA 樣品的電泳條帶清晰，28 S 和 18 S rRNA 的條帶亮度近 2：1，說(shuō)明 RNA 的質(zhì)量達(dá)到了表達(dá)譜芯片試驗(yàn)的要求，可進(jìn)行下一步試驗(yàn)。
國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院博士學(xué)位論文 第二章 SPV 與 GPV 感染 Vero2.3.3 SPV 感染宿主轉(zhuǎn)錄組變化經(jīng)對(duì) SPV 感染后細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息分析發(fā)現(xiàn)，總共有 45763 個(gè)分子被測(cè)到組 C24 相比，在 24h 時(shí)感染組上調(diào)（≥2 倍）的分子 235 個(gè)，下調(diào)（≤0.5 倍見(jiàn)附表 1）。45763 個(gè)被測(cè)到信號(hào)的分子中，所有樣品的信號(hào)值歸一化后進(jìn)行了聚類分析示，與對(duì)照組相比，差異分子感染組的信號(hào)與對(duì)照組有明顯的不同，而且隨著呈明顯變化。經(jīng)對(duì) SPV 感染后的細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組信息分析發(fā)現(xiàn)，與對(duì)照組 C24 相比，24h子 235 個(gè)，下調(diào)（≤0.5 倍）的分子 242 個(gè)；48h 上調(diào)（≥2 倍）的分子 683）的分子 1073 個(gè)；72h 上調(diào)（≥2 倍）的分子 1051 個(gè)，下調(diào)（≤0.5 倍）的些分子進(jìn)行信號(hào)散點(diǎn)圖分析（圖 2.4）也發(fā)現(xiàn)，與 C24 相比，SPV 感染后隨著子逐漸增多。
【參考文獻(xiàn)】：
碩士論文
[1]PKR抗羊痘病毒作用及與K3L蛋白作用關(guān)系的研究[D]. 吳娜.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2016
本文編號(hào)：3499736
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