產(chǎn)奶性狀是奶牛重要的經(jīng)濟(jì)性狀,乳腺是合成乳成分的直接器官,而肝臟做為機(jī)體另一大新陳代謝的重要器官,其對(duì)奶牛乳成分的影響機(jī)制仍需探索。近幾年,組學(xué)技術(shù)的迅猛發(fā)展為人類和畜禽的復(fù)雜性狀的功能基因組學(xué)研究提供了更廣闊的平臺(tái)。本研究旨在利用轉(zhuǎn)錄組學(xué)、生物信息學(xué)等技術(shù),鑒定肝臟在不同泌乳階段與奶牛產(chǎn)奶性狀相關(guān)的功能基因和非編碼RNAs,及其潛在的調(diào)控機(jī)制。本研究以3頭中國(guó)荷斯坦牛三個(gè)泌乳階段（干奶期,泌乳初期,泌乳高峰期）的肝臟組織為試驗(yàn)材料,對(duì)其進(jìn)行RNA-seq和small RNA-seq測(cè)序分析,鑒定影響奶牛產(chǎn)奶性狀的重要功能基因和非編碼RNAs。試驗(yàn)1:基于肝臟RNA-seq鑒定奶牛產(chǎn)奶性狀功能基因本研究采用Cuffdiff軟件鑒定到泌乳初期vs.干奶期,泌乳高峰期vs.干奶期和泌乳高峰期vs.泌乳初期差異表達(dá)基因共計(jì)665個(gè),其中具有可變剪切的已知差異表達(dá)基因270個(gè),時(shí)期特異可變剪切差異表達(dá)基因160個(gè)。通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因與產(chǎn)奶性狀QTL數(shù)據(jù)庫(kù)、GWAS顯著SNP及功能富集分析,最終得到15個(gè)與產(chǎn)奶性狀相關(guān)的重要功能基因:ABCG5、ABCG8、ACADVL、APQM、CYP2C87... 

【文章來(lái)源】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：152 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖１－５?ｍｉＲＮＡ生物合成途徑模式圖（Ｆａｒａｚｉ等，２０１０）??Ｆｉｇｕｒｅ?１－５?Ｍｏｄｅｌ?ｆｏｒ?ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｃｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｍｉＲＮＡｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓ?（Ｆａｒａｚｉ?ｅｔ?ａｌ．，?２０１０）??

ｒＳ？?．，．＾，ｌ．＂ｒ???’?Ｇｌｕｃｏｇｏｎ，?，??ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ，?１－＾—１?＼?Ｃｏｎｉｃ＾ｉｅｒｏｌｄｓ，?ＡＣＴＨ，?／??ｉｏｎｏｐｈｏｒｅｓ，?／?Ｖｅｒｙ?Ｌｏｗ?＼?（―娜?／??＼?ｍａ？ａｇｃｍ賦?ｅｔｃ．?／?｜?以ｎｓｉｔｙ?＼?ＩｎＥＦＡ?ＲＥＬＥＡＳＥ：?／??＼?／?８?Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ：?＼?ｉｎｓｕｌｉｎ?／??＼?／?ＶＸＤＬ?＼?／??ｖｖ＾＜ｚ＿＾??ＵＤＤＥＨ?＇＇＇＇＾??ｕｕ?ｕｕ?Ｊ??圖１－７器官組織間的代謝關(guān)系（Ｏｓｐｉｎａ等，２０１３）??Ｆｉｇｕｒｅ?１－７?Ｔｈｅ?ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｔｈｅ?ｍｅｔａｂｏｌｉｃ?ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ?ｂｅｔｗｅｅｎ?ｏｒｇａｎｓ?ａｎｄ?ｔｉｓｓｕｅｓ?（Ｏｓｐｉｎａ?ｅｔ?ａｌ．，?２０１３）??１．２．２奶牛肝代謝與其泌乳關(guān)系??根據(jù)奶牛的生理特性，將整個(gè)泌乳期劃分為干奶期、泌乳初期、泌乳高峰期、泌乳中期和泌??乳后期。圍產(chǎn)期是奶牛一生中最為關(guān)鍵的階段，機(jī)體會(huì)經(jīng)歷從懷孕末期到分娩時(shí)期一系列的內(nèi)分??泌調(diào)節(jié)和營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)的需求的急劇的變化［２Ｍ］，能量負(fù)平衡是圍產(chǎn)期奶牛主要代謝變化特征。肝臟，??作為奶牛能量和物質(zhì)代謝的重要器官，在這一時(shí)刻扮演著不可替代的角色，是葡萄糖、脂肪酸和??氨基酸代謝的主要場(chǎng)所［２％２（）９］。??在泌乳期奶牛的乳腺中，葡萄糖是合成乳糖的前體物，其合成量與合成效率是影響產(chǎn)奶量的??主要因素［２１（）’２１１１。合成乳糖所需的葡萄糖絕大部分來(lái)源于肝臟糖異生［２１２］，在泌乳初期，奶牛葡萄??糖代謝變化主要表現(xiàn)在減少肝糖異生和周?chē)M織中的糖氧

中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)博丄學(xué)位論文?第二章基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技術(shù)鑒定奶牛產(chǎn)奶性狀功能基因??２．３．５庫(kù)檢??使用Ｑｕｂｉｔ２．０對(duì)文庫(kù)進(jìn)行定量分析，并調(diào)節(jié)終濃度為丨ｎｇ／ｕｌ；隨后使用Ａｇｉｌｅｎｔ２１００對(duì)文庫(kù)??的ｉｎｓｅｒｔｓｉｚｅ進(jìn)行檢測(cè)，達(dá)標(biāo)后，使用ｑＰＣＲ方法對(duì)文庫(kù)的有效濃度（＞２ｎＭ）進(jìn)行準(zhǔn)確定量。???Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ??Ｉ?ｒｅｍｏｖｅ?ｒＲＮＡ??５，??ｔｈｅ?ｒＲＮＡ－ｄｅｐｌｅｔｅｄ?ＲＮＡ??＾?ｆｒａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ??＾?Ｒｅｖｅｒｓｅ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ??５＇???Ｉ?＋?ｄＡＴＰ?ｄＧＴＰ?ｄＣＴＰ??▼?Ｓｅｃｏｎｄ?ｓｔｒａｎｄ?ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ??５；???ｎ?ｏ?ｏ—??Ｉ?Ｅｎｄ?ｒｅｐａｉｒ，?Ａ?ｔａｉｌｉｎｇ?ａｎｄ??▼?ｌｉｇａｔｅ?ｔｏ?ｗＵ－ａｄａｐｔｏｒ＊??－Ｃ＾－－?ｔＪ?Ａ??丄?Ｕ?ｅｘｃｉｓｉｏｎ?ｗｉｔｈ?ＵＳＥＲ?ｅｎｚｙｍｅ??５；???丨ＰＣＲ??５，???１?７???？??二?１??圖２－１?ｃＤＮＡ文庫(kù)構(gòu)建原理??Ｆｉｇｕｒｅ２－１?Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ?ｏｆｃＤＮＡ?ｌｉｂｒａｒｙ?ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ??２３??

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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[7]泌乳奶牛陰外動(dòng)脈灌注脂肪酸和氨基酸對(duì)乳腺脂肪酸代謝的影響[D]. 張福全.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[8]細(xì)毛羊次級(jí)毛囊形態(tài)發(fā)生誘導(dǎo)期轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)分析[D]. 趙帥.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[9]家蠶i-lem突變體的轉(zhuǎn)錄組分析與基因定位克隆[D]. 舒蕊.安徽農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015
[10]中國(guó)荷斯坦奶牛血液乳成分前體物及相關(guān)激素的變化規(guī)律及其與乳成分的關(guān)聯(lián)分析[D]. 韓英東.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2015



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