馬是對(duì)人類歷史影響最大的家畜之一。人們通過對(duì)馬的馴化,大幅提高了各國和地區(qū)間經(jīng)濟(jì)與文化的交流,同時(shí)也對(duì)人類社會(huì)的政治與軍事產(chǎn)生深遠(yuǎn)的影響。人類對(duì)家馬的選育和培養(yǎng),在產(chǎn)生數(shù)百家馬品種的同時(shí),也在很大程度上改變了馬的遺傳結(jié)構(gòu)。探究馬的馴化起源,對(duì)于了解人類早期畜牧業(yè)的產(chǎn)生與發(fā)展具有很大的幫助。本研究對(duì)全球13個(gè)品種共104個(gè)家馬進(jìn)行全基因組重測(cè)序和群體基因組進(jìn)化分析,為揭示馬的進(jìn)化史和家畜起源提供了廣泛的遺傳基礎(chǔ)。本研究采用Illumina Hi Seq X ten測(cè)序平臺(tái),對(duì)這104個(gè)現(xiàn)代家馬個(gè)體進(jìn)行全基因組高覆蓋度重測(cè)序,對(duì)測(cè)序后的數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控,獲得104個(gè)現(xiàn)代家馬的高質(zhì)量基因組序列,平均測(cè)序深度為17.59x。結(jié)合前人研究中已經(jīng)公布的來自14個(gè)品種的62個(gè)馬屬動(dòng)物的數(shù)據(jù),我們對(duì)22個(gè)品種共166個(gè)個(gè)體進(jìn)行SNP檢測(cè),獲得9,626,234個(gè)高質(zhì)量的SNPs位點(diǎn),作為后續(xù)群體結(jié)構(gòu)分析的標(biāo)記。本研究利用生物信息學(xué)方法和軟件,對(duì)馬屬動(dòng)物進(jìn)行群體歷史、群體結(jié)構(gòu)和群體多態(tài)性分析。對(duì)馬群體遺傳結(jié)構(gòu)的分析中發(fā)現(xiàn)東亞的群體與歐亞中部和西歐的群體有明顯的區(qū)域劃分。各品種馬在遺傳結(jié)構(gòu)分析中的分布趨勢(shì)與其... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁數(shù)】：111 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

馬屬動(dòng)物的進(jìn)化分支圖

內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)博士學(xué)位論文 11的SNPs位點(diǎn)，作為后續(xù)群體結(jié)構(gòu)分析的標(biāo)記。并且隨機(jī)篩選300個(gè)SNPs位點(diǎn)，應(yīng)用Sanger DNA測(cè)序方法，驗(yàn)證SNP位點(diǎn)的準(zhǔn)確性。（3）利用大量生物信息學(xué)方法和軟件，對(duì)全球范圍內(nèi)主要類群的馬進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)、群體歷史和群體多態(tài)性分析，重構(gòu)馬的進(jìn)化歷程，揭示馬的馴化史。（4）為了研究馴化過程對(duì)馬基因組產(chǎn)生的影響，選取了蒙古馬的兩個(gè)選育品種——速度較快的阿巴嘎馬和速度較慢的烏審馬為代表，對(duì)其基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行比較分析，尋找阿巴嘎馬不同于烏審馬的正向選擇基因，發(fā)掘與蒙古馬速度的相關(guān)的候選基因。1.3.2 技術(shù)路線

圖 3 馬血液 DNA 樣本電泳檢測(cè)結(jié)果Fig.3 Electrophoresis DNA test results of blood samples for Horses注：Marker 為 DNA Maker 3，片段從下到上分別為 200bp，500bp，800bp，1200bp，2000bp，3000bp，4500bp。其中 TB 為純血馬，AB 為阿巴嘎馬，MG 為外蒙馬，UJ 為烏珠穆沁馬，XG 為錫尼河馬，BC 為百岔馬，WS 為烏審馬，HQ 為河曲馬，KZ 為哈薩克馬，AT 為阿哈-捷金馬，AR 為阿拉伯馬，DB 為德保矮馬，QT 為夸特馬。Note：The Maker is DNA Maker 3, Strips from bottom to top are 200bp, 500bp, 800bp, 1200bp, 2000bp, 3000bp and4500b；The abbreviations in the figure mean: Thoroughbred Horse (TB), Abag Horse (AB), Mongolian horse (MG),Ujimqin Banner Horse (UJ), Xinihe Horse (XG), Baicha Horse (BC), Wushen Horse (WS), Hequ Horse (HQ), KazakhHorse (KZ), Akhal-Teke Horse (AT), Arabian Horse (AR), Debao Pony (DB) and Quarter Horse (QT).2.2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)出及質(zhì)控結(jié)果分別 105 個(gè)現(xiàn)代家馬 DNA 文庫進(jìn)行測(cè)序獲得其原始測(cè)序數(shù)據(jù)共 5T。經(jīng)過數(shù)據(jù)質(zhì)控，去掉低質(zhì)量 Reads 后，得到 4.88 T Clean Data，數(shù)據(jù)有效率為 97.3%，平均每個(gè)樣本產(chǎn)出 46.9 G Clean Data（圖 4）。數(shù)據(jù)錯(cuò)誤率為 0.04%，平均 Q20 為 94.32%，平均 Q30 為 88.64%，測(cè)序質(zhì)量較好。每個(gè)樣本的測(cè)序信息見附表 2。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]中國蒙古馬遺傳多樣性和分子系統(tǒng)進(jìn)化研究[D]. 李金蓮.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006



本文編號(hào)：3254993