疫霉屬包含多種破壞性植物病原菌,其中寄生疫霉（Phytophthora parasitica,又名煙草疫霉）寄主范圍廣,可以為害多種作物,每年給農(nóng)業(yè)生產(chǎn)帶來(lái)嚴(yán)重危害。本氏煙（Nicotiana benthamiana）對(duì)寄生疫霉等多種疫霉菌敏感,易于進(jìn)行病毒誘導(dǎo)的基因沉默和蛋白瞬時(shí)表達(dá)等操作,是研究植物與疫霉互作的一個(gè)優(yōu)良模式植物。前期研究表明在寄生疫霉侵染本氏煙的過(guò)程中,大量的轉(zhuǎn)錄因子被病原菌誘導(dǎo),然而這些轉(zhuǎn)錄因子在植物與疫霉互作中的作用和機(jī)制尚不清楚。例如,哪些轉(zhuǎn)錄因子在互作過(guò)程中發(fā)揮重要作用?它們參與調(diào)控的信號(hào)通路和代謝途徑是什么?又是如何發(fā)揮作用的?本研究以本氏煙與寄生疫霉互作體系為體系,綜合利用RNA-Seq、qRT-PCR、VIGS、酵母單雜交和ChIP-Seq等技術(shù),較為系統(tǒng)地分析了本氏煙轉(zhuǎn)錄因子的生物信息學(xué)特征,鑒定了參與抗病的重要轉(zhuǎn)錄因子,并初步闡述了其中3個(gè)轉(zhuǎn)錄因子的作用機(jī)制。主要研究?jī)?nèi)容與結(jié)果如下:本氏煙與疫霉互作過(guò)程中的生物信息學(xué)分析。通過(guò)分析寄生疫霉侵染本氏煙葉片的RNA-Seq數(shù)據(jù),鑒定獲得了 1016個(gè)差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄因子。通過(guò)熒光定量和半定量技術(shù)對(duì)其中300... 

【文章來(lái)源】：南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

圖３－３植物ｂＨＬＨ轉(zhuǎn)錄因子的全基因組鑒定

?下篇研宄內(nèi)容第一章本氏煙與疫霉互作過(guò)程中的生物信息學(xué)分析???４－??ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ?ａａ?＞５０?：?ＥＲＲＲ?ＬＬＰ?Ｋ?Ｄ?Ａ?Ｌ?ＥＡＩ?Ｙ?Ｌ??Ｃ〇ｎｓｅｎｓｕｓ（°／ｏ）?：?６０６８?７６７５?９１?６９?８４?６８?５４?６２?７４?５０５１５２?７４?９０??，?Ｂａｓｉｃ?，?Ｈｅｌｉｘ?．?Ｌｏｏｐ?，?Ｈｅｌｉｘ?．??圖３－６?ｂＨＬＨ結(jié)構(gòu)域在本氏煙ｂＨＬＨ蛋白中高度保守。??Ｆｉｇ．?３－６?Ｔｈｅ?ｂＨＬＨ?ｄｏｍａｉｎ?ｉｓ?ｈｉｇｈｌｙ?ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ?ａｃｒｏｓｓ?ａｌｌ?Ｎｉｃｏｔｉａｎａ?ｂｅｎｔｈａｍｉａｎａ?ｂＨＬＨ??ｐｒｏｔｅｉｎｓ．?Ｔｈｅ?ｈｅｉｇｈｔ?ｏｆ?ｅａｃｈ?ｓｔａｃｋ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ?ｒａｔｅ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ａｔ?ｅａｃｈ?ｉｎｄｉｃａｔｅｄ??ｐｏｓｉｔｉｏｎ．?Ｔｈｅ?ｒｅｓｉｄｕｅｓ?ｗｉｔｈ?＞５０％?ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ?ａｒｅ?ｉｎｄｉｃａｔｅｄ?ｂｅｌｏｗ?ｔｈｅ?ｘ－ａｘｉｓ．??２．８基因復(fù)制促進(jìn)本氏煙ｂＨＬＨ轉(zhuǎn)錄因子家族的擴(kuò)張??為了研究本氏煙中ＮｂｂＨＬＨ家族的擴(kuò)張機(jī)制，我們分析了這些蛋白質(zhì)之間的序列??相似性。結(jié)果表明，２２５個(gè)本氏煙ｂＨＬＨ轉(zhuǎn)錄因子中與其他蛋白質(zhì)相似的超過(guò)了??８０．０％，但其中僅有６９．４％與其他三個(gè)種中的成員具有高度序列相似性（＞８０％）（圖??３－７－Ａ）。這些結(jié)果表明基因復(fù)制是本氏煙中的主要擴(kuò)張機(jī)制。我們進(jìn)一步調(diào)查了這些??假定的重復(fù)基因在整個(gè)基因組中的分布。所有３２４本氏煙ｂＨＬＨ轉(zhuǎn)錄因子分布在３００??個(gè)ｓｃａｆｆｏｌｄ

ａｍｉｌｙ?１１???■?■?■?Ｂ－ＮｂｂＨＬＨ１７６｜？?．．??？■Ｊ?發(fā)?ＮｂｂＨＬＨ１７５?｜Ｓｕｂｆａｍｌｌｙ?１４???■??ＮｂｂＨＬＨｌ８６１?Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ?２１??■?ＮｂｂＨＬＨ３０?Ｉ?Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ?２３??■?ＴＣ－ｒｉｃｈ?ｒｅｐｅａｔｓ?ＴＧＡＣＣ－ａｏｔｉｆ?■?ＳＵＮ－ａｏｔｉｆ?鼸?ＣＧＴＣＡ－ａｏｔｉｆ?？?ＥＩＲＥ??雄?Ｂｏｘ－寶?１?豳?ＥＬＩ－ｂｏｘ３?■?ＴＣＡ－ｃｌｃｎｃｎｔ?鐵?ＥＫＥ??圖３－９候選轉(zhuǎn)錄因子啟動(dòng)子的順式元件分析??Ｆｉｇ．?３－９?Ｃｉｓ－ｅｌｅｍｅｎｔ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｓｅｌｅｃｔｅｄ?ＮｂｂＨＬＨｓ?ｐｒｏｍｏｔｅｒｓ．?Ｃｉｓ－ｅｌｅｍｅｎｔ?ａｎａｌｙｓｉｓ?ｏｆ?ｔｈｅ??ｉｎｄｉｃａｔｅｄ?ｇｅｎｅｓ?ｆｒｏｍ?１５００?－ｂｐ?ｕｐｓｔｒｅａｍ?ｔｏ?ｔｈｅ?ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ?ｓｔａｒｔ?ｓｉｔｅ．?Ｔｈｅ?ｌｉｎｅ?ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ?ｔｈｅ?ｆｏｒｗａｒｄ??ｓｅｑｕｅｎｃｅ?ｏｆ?ＮｂｂＨＬＨｓ．??表３－２?２８?jìng)�(gè)上調(diào)表達(dá)的ｂＨＬＨ轉(zhuǎn)錄因子的順式作用元件???Ｔａｂ．?３－２?Ｔｈｅ?ｃｉｓ－ｅｌｅｍｅｎｔ?ｏｆ?２８?ｕｐ－ｒｅｇｕｌａｔｅｄ?ｂＨＬＨ?ＴＦｓ???Ｍｏｔｉｆｓ?Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ?Ｎｕｍｂｅｒｓ?Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ?ａｎｎｏｔａｔｉｏｎｓ??‘．ｒ?ｉ〇?ｃ／ｓ－ａｃｔｉｎｇ?ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ?ｅｌｅｍｅｎｔ?ｉｎｖｏｌｖｅｄ?ｉｎ??ＴＧＡＣＧ?ＭｅＪＡ－ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ??Ｂｏｘ－Ｗｌ?ＴＴＧＡＣＣ

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]CRISPR/Cas9系統(tǒng)在本氏煙草基因敲除中的應(yīng)用[J]. 楊學(xué)飛,劉亞娟,高原,孫貝貝,馬利納,于興海,哈達(dá).  分子植物育種. 2017(01)
[2]煙草黑脛病及其抗性鑒定方法研究進(jìn)展[J]. 孫計(jì)平,李雪君,朱景偉.  河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2011(08)
[3]植物逆境抗性相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的研究進(jìn)展[J]. 桑新華,吳忠義,黃叢林,張潞生.  植物學(xué)通報(bào). 2004(06)
[4]煙草黑脛病的綜合防治及其研究進(jìn)展[J]. 王萬(wàn)能,肖崇剛.  廣西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2003(02)
[5]植物的基因?qū)蚩共⌒詫W(xué)說(shuō)[J]. 王慶華,尹小燕,張舉仁.  生命的化學(xué). 2003(01)
[6]植物轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)構(gòu)與調(diào)控作用[J]. 劉強(qiáng),張貴友,陳受宜.  科學(xué)通報(bào). 2000(14)

博士論文
[1]寄生疫霉菌與寄主植物特異性互作的初步研究[D]. 孟玉玲.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3096374