【摘要】：microRNA (miRNA)對(duì)于哺乳動(dòng)物骨骼肌的發(fā)育及表型差異具有重要的調(diào)控作用,它可以在轉(zhuǎn)錄后水平,通過阻止翻譯或降解mRNA來(lái)抑制基因的表達(dá)。為了了解決定豬骨骼肌不同表型的分子機(jī)制,利用高通量測(cè)序技術(shù),針對(duì)長(zhǎng)白豬(瘦肉型)、通城豬(脂肪型)以及五指山豬(小型豬)三個(gè)不同豬種解析其miRNA的表達(dá)特征。在長(zhǎng)白與通城豬的比較組中,共得到106個(gè)差異表達(dá)miRNA;在通城及五指山豬的比較組中,共得到151個(gè)差異表達(dá)miRNA;在長(zhǎng)白與五指山豬的比較組中,共得到156個(gè)差異表達(dá)miRNA。通過靶標(biāo)預(yù)測(cè),并結(jié)合已有差異表達(dá)mRNA數(shù)據(jù),將差異miRNA與差異mRNA進(jìn)行整合分析,以闡述差異miRNA及相關(guān)基因決定肉質(zhì)性狀多樣性的分子機(jī)制。此外,為了研究骨骼肌發(fā)育的分子調(diào)控機(jī)制,利用高通量測(cè)序技術(shù),鑒定并比較分析了出生后0天及成年小鼠骨骼肌miRNA。共得到422個(gè)(出生后0天)及336個(gè)(成年)已知niRNA。選取log2≥1、p≤0.05的miRNA作為兩時(shí)期差異表達(dá)miRNAo針對(duì)差異表達(dá)lniRNA,結(jié)合已有兩時(shí)期小鼠骨骼肌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)及靶標(biāo)預(yù)測(cè)結(jié)果,得到648及892個(gè)靶標(biāo)基因可被差異上調(diào)及下調(diào)的高豐度miRNA所調(diào)控。GO分析的結(jié)果表明,候選靶標(biāo)基因參與細(xì)胞周期、黏著、增殖、肌肉發(fā)育、血管發(fā)育、細(xì)胞外基質(zhì)、Wnt信號(hào)通路、p53信號(hào)通路、1mTOR信號(hào)通路以及VEGF信號(hào)通路等生物學(xué)過程和信號(hào)通路。將與骨骼肌發(fā)育及功能相關(guān)的生物學(xué)過程,結(jié)合差異表達(dá)miRNA及候選靶標(biāo)基因繪制網(wǎng)絡(luò)互作圖,解析miRNA調(diào)控骨骼肌發(fā)育的分子機(jī)制。本研究為miRNA對(duì)于豬肉質(zhì)性狀與骨骼肌發(fā)育的分子調(diào)控,以及相關(guān)肉質(zhì)及生長(zhǎng)發(fā)育的分子標(biāo)記鑒定提供了重要參考。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：博士后
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S852.2
【圖文】：

隨機(jī)選取邋８邋個(gè)差異表達(dá)邋ｍｉＲＮＡＣｍｉ民－１００、ｍｉＲ－１２７、ｍｉＲ－１３３ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１４９、ｍｉＲ－８８５－：３ｐ、逡逑ｍｉＲ－ｌＯｂ、ｍｉＲ－１４８ａ及ｍｉＲ－１４３）進(jìn)行定量ＰＣ民分化驗(yàn)證測(cè)序數(shù)據(jù)。結(jié)果表明，選取的逡逑差異ｍｉＲＮＡ測(cè)序豐度及定量表達(dá)趨勢(shì)一致，證明測(cè)序數(shù)據(jù)可靠（圖２．３）。逡逑巧邋ｃ－ｍｉＲ－１００邐ｓｓｃ－ｍｌｆＭ２７邐ｓｓｃ－ｍｌＲ－ｔＳＳａ＾ｑ）邋＿逡逑＜邋５邋１邐６邋１邐１，２邋－ｊ逡逑！重屒；邐Ｉ：邐Ｉ，邋ｊ－邋ｉｉ逡逑呂，邐批邐ｓｓＲＮＡ＾ａｑ邐柋邋ｊ邐？＃ＮＡ￣ｓｅｑ邐Ｓ0．６．邐？？ＲＨＡｒＳ？ｑ逡逑１，＾＇邐ａｑｐｃＢ邐５邐ｇ邋３邐Ｉ邐＊ｎＰＣＢ逡逑Ｌａｎ邋曲ｓ扣邐Ｔｏｎｇｃｈ訊邋ｇ邐Ｗｕｚｈｉｓｌ＊ａｒｉ邐Ｌｍ邋出ａｃｅ邐Ｔｏｎｇ邋化邋ｅｎｇ邐Ｗｕｚｈｉｓｈａｎ邐Ｌｓｎｄｒａｃａ邐Ｔｏｎｇｃｈｅｎｇ邐Ｗｕｚｈｉｓｈａｎ逡逑ｓｓｃ－ｉｒｔＲ－１４９邐ｓｓｃ－ｍｉＲ－８＾＾邐ｓ邋化邋ｈｔ—ｉＲＯ邋化逡逑ＩＩ邐ｉ—爵１－邋Ｉ’邋Ｉ－逡逑\b邐？ｓＲＮＡ＾ｅｑ邐弓邐Ｓ？ｉ邐ｉ邐？巧邋ＮＡ？？ｑ邐Ｓ邐？？ＲＮＡ－？ｅｑ逡逑Ｉ邐，於Ｒ邐ｓ邐ｆｔ邐■邐＊ｑＰＣＲ邐Ｓｔ．邐—Ｘ邐‘ｑＰＣＲ逡逑ｉ：：：邋－邐３？‘邐１邋W 逡逑邐邋Ｉ邋~s．邐０１邋法’邋娭‘邋國(guó)醒邐。Ｉ邐＿邋娭－逡逑Ｌａｒｔｄｒａｃ＊邐Ｔｏｎｇｃｈｅｎｇ邐ＷｕｚｈｉｓＡａｎ邐Ｌａｎｄｒａｃ＊邐Ｔｏｉ＾ｃｈｅｎｇ邐Ｗｕｚｈｔｈｉｎ邐Ｌａｘｔｒａｃｅ邐ＴｏｎｇｅｉＷＱ邐

ｉｉ＂ｉｉｉｉｉｌｌｉｌｉＬ�。剩椋欤欤欤欤椋殄澹В欤爝姡椋欤欤椋椋椋欤校掊义蠄D２．２不同豬種間差異ｍｉＲＮＡ的數(shù)目統(tǒng)計(jì)逡逑２．２．３測(cè)序數(shù)據(jù)的驗(yàn)證逡逑隨機(jī)選取邋８邋個(gè)差異表達(dá)邋ｍｉＲＮＡＣｍｉ民－１００、ｍｉＲ－１２７、ｍｉＲ－１３３ａ－５ｐ、ｍｉＲ－１４９、ｍｉＲ－８８５－：３ｐ、逡逑ｍｉＲ－ｌＯｂ、ｍｉＲ－１４８ａ及ｍｉＲ－１４３）進(jìn)行定量ＰＣ民分化驗(yàn)證測(cè)序數(shù)據(jù)。結(jié)果表明，選取的逡逑差異ｍｉＲＮＡ測(cè)序豐度及定量表達(dá)趨勢(shì)一致，證明測(cè)序數(shù)據(jù)可靠（圖２．３）。逡逑巧邋ｃ－ｍｉＲ－１００邐ｓｓｃ－ｍｌｆＭ２７邐ｓｓｃ－ｍｌＲ－ｔＳＳａ＾ｑ）邋＿逡逑＜邋５邋１邐６邋１邐１，２邋－ｊ逡逑！重屒；邐Ｉ：邐Ｉ，邋ｊ－邋ｉｉ逡逑呂，邐批邐ｓｓＲＮＡ＾ａｑ邐柋邋ｊ邐？＃ＮＡ￣ｓｅｑ邐Ｓ0．６．邐？？ＲＨＡｒＳ？ｑ逡逑１，＾＇邐ａｑｐｃＢ邐５邐ｇ邋３邐Ｉ邐＊ｎＰＣＢ逡逑Ｌａｎ邋曲ｓ扣邐Ｔｏｎｇｃｈ訊邋ｇ邐Ｗｕｚｈｉｓｌ＊ａｒｉ邐Ｌｍ邋出ａｃｅ邐Ｔｏｎｇ邋化邋ｅｎｇ邐Ｗｕｚｈｉｓｈａｎ邐Ｌｓｎｄｒａｃａ邐Ｔｏｎｇｃｈｅｎｇ邐Ｗｕｚｈｉｓｈａｎ逡逑ｓｓｃ－ｉｒｔＲ－１４９邐ｓｓｃ－ｍｉＲ－８＾＾邐ｓ邋化邋ｈｔ—ｉＲＯ邋化逡逑ＩＩ邐ｉ—爵１－邋Ｉ’邋Ｉ－逡逑\b邐？ｓＲＮＡ＾ｅｑ邐弓邐Ｓ？ｉ邐ｉ邐？巧邋ＮＡ？？ｑ邐Ｓ邐？？ＲＮＡ－？ｅｑ逡逑Ｉ邐

ｍｉＲＮＡ參與調(diào)控２１個(gè)差異基因；在通城與五指山豬中，共有５０個(gè)差異ｍｉＲＮＡ參與調(diào)控逡逑％個(gè)差異基岡；在長(zhǎng)白與／Ｉ指山豬中，共有５５個(gè)弟異ｍｉ民ＮＡ參與調(diào)控６５個(gè)差異基因（附逡逑表二）。差異ｍｉＲＮＡ與差異基巧的互作調(diào)控網(wǎng)絡(luò)見圖２．４。利用ＤＡＶＩＤ數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)差異基因逡逑進(jìn)行ＧＯ分析，利用ＳＴ民ＩＮＧ數(shù)據(jù)庫(kù)獲得差異基因互作信息，圍繞與肉質(zhì)性狀相關(guān)的逡逑ＧＯ＿Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ邋Ｐｒｏｃｅｓｓ邋（ｆａｔｔｙ邋ａｃｉｄ邋ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ、ｏｘｉｄａｔｉｖｅ邋ｓｔｒｅｓｓ、ｍｕｓｃｌｅ邋ｃｏｎｔｒａｃｔｉｏｎ邋Ｗ及邋ｍｕｓｃｌｅ逡逑ｏｒｇａｎ邋ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ），結(jié)合相應(yīng)的差異基因Ｗ義參與調(diào)控的ｍｉＲＮＡ進(jìn)ｆｒ整合分析，構(gòu)建不逡逑同豬種Ｉ旬差異基因－差異ｍｉＲＮＡ－生物學(xué)過程互作網(wǎng)絡(luò)（圖２．５）。圖２．４及２．５的結(jié)果表明，逡逑長(zhǎng)白與通城豬的互作網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單，而長(zhǎng)白與五指山豬的互作網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)相對(duì)復(fù)雜，逸逡逑一結(jié)果顯示，與五指山豬相比，長(zhǎng)巧豬與通城豬之間的差異較小。逡逑ｃ逡逑．．．．＜＃？邐ｒｎｍｔｍ逡逑策邀％逡逑ｒｎｉｉ＾ｔａ逡逑圖２．４差異ｍｉＲＮＡ與候選鞭標(biāo)基因互作網(wǎng)絡(luò)圖逡逑８逡逑

本文編號(hào)：2789975