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基于形態(tài)、葉綠體基因組及核基因組SSR的仁用杏分類地位研究

發(fā)布時間:2018-12-17 15:22
【摘要】:仁用杏是我國特有的生態(tài)經(jīng)濟型樹種,也是我國六大木本糧油樹種之一。仁用杏渾身是寶,被譽為“鐵桿莊家”。與其他杏相比,仁用杏具有適應(yīng)性強、豐產(chǎn)、出仁率高、營養(yǎng)和經(jīng)濟價值高等優(yōu)良特點,具有極高的生態(tài)維護功能和開發(fā)利用潛力。但目前關(guān)于仁用杏的分類地位在學術(shù)界尚有爭議,遺傳背景不清晰,阻礙了仁用杏長期育種工程研究的進展,從而制約了這一優(yōu)良遺傳資源的產(chǎn)業(yè)化開發(fā)。本研究選取仁用杏、普通杏和西伯利亞杏,分別采用形態(tài)學分類法、葉綠體全基因組序列比對分析及核基因組SSR分析技術(shù),對仁用杏的分類地位進行了系統(tǒng)研究。主要研究結(jié)果如下:1、基于形態(tài)特征的遺傳多樣性分析,發(fā)現(xiàn)仁用杏、普通杏和西伯利亞杏在葉片、花、果實、果核、核仁性狀上變異類型較多且變異幅度較大,其中,變異系數(shù)最大的性狀為果肉質(zhì)量(0.72),最小的為葉形指數(shù)(0.05);表明我國仁用杏、普通杏和西伯利亞杏資源具有豐富的遺傳變異,其中,普通杏表型變異最豐富,西伯利亞杏次之,而仁用杏遺傳多樣性最低。2、仁用杏、普通杏和西伯利亞杏葉綠體基因組的測定及分析,發(fā)現(xiàn)西伯利亞杏葉綠體基因組最長(158224 bp),仁用杏次之(157994 bp),而普通杏最小(157951 bp),這主要是由于杏屬葉綠體基因組LSC和SSC區(qū)長度差異造成;杏屬葉綠體基因組均由LSC、SSC、IRa和IRb四部分組成,共含有129個基因,包括85個蛋白編碼基因、36個tRNA、8個rRNA,其基因順序與桃、櫻桃、梨和煙草等一致,并未發(fā)生過重排事件。杏屬葉綠體基因組SSR、SNP、indel和IR/SC邊界區(qū)具有豐富的變異,可用于杏種質(zhì)鑒定、群體遺傳結(jié)構(gòu)和系統(tǒng)進化研究。3、基于核基因組SSR的遺傳多樣性分析,發(fā)現(xiàn)我國仁用杏、普通杏和西伯利亞杏資源具有豐富的遺傳多樣性(He=0.85,I=2.20),其中,普通杏遺傳多樣性最高(He=0.76,I=1.64),西伯利亞杏次之(He=0.76,I=1.59),仁用杏最低(He=0.72,I=1.45)。遺傳分化(Fst)和基因流(Nm)分析表明,種間Fst和Nm分別為0.07~0.12和2.14~3.18,說明種間存在中等程度的遺傳分化,但此時,基因流可以防止遺傳漂變引起的遺傳分化(Nm1)。分子方差分析表明,有12.41%的遺傳變異來自種間,而87.59%的遺傳變異來自種內(nèi)。4、通過形態(tài)指標的單因素方差分析和主成分分析,發(fā)現(xiàn)仁用杏絕大多數(shù)形態(tài)指標大于西伯利亞杏,偏向于普通杏;其中,仁用杏與西伯利亞杏的葉片長、葉片寬、葉柄長等27個性狀呈極顯著或顯著差異;仁用杏與普通杏的果實開裂與否、果實長、果實寬等17個性狀呈極顯著或顯著差異。利用形態(tài)特征進行聚類分析,發(fā)現(xiàn)仁用杏與普通杏親緣關(guān)系最近。5、基于葉綠體全基因組序列比對分析,發(fā)現(xiàn)仁用杏與普通杏、西伯利亞杏間SSR、SNP和indel等遺傳變異主要發(fā)生在非編碼區(qū),其中,仁用杏與西伯利亞杏共有的SSR位點為43個,而仁用杏與普通杏共有的SSR位點為53個;仁用杏與西伯利亞杏間檢測到683個SNP,而仁用杏與普通杏間檢測到346個SNP;仁用杏與普通杏、西伯利亞杏分別有22和66處發(fā)生indel事件;谌~綠體基因組77個共有蛋白編碼基因?qū)?8個物種進行系統(tǒng)進化分析顯示,杏屬植物中仁用杏與普通杏親緣關(guān)系最近。因此,無論是在葉綠體基因組非編碼序列還是在編碼序列,仁用杏均與普通杏較相似,親緣關(guān)系最近。6、核基因組SSR進行的Structure分析、UPGMA關(guān)系樹、NJ鄰接關(guān)系樹和PCoA分析結(jié)果均顯示,仁用杏與普通杏親緣關(guān)系最近;與華北地區(qū)(河北、陜西)、西北地區(qū)(陜西)、東北地區(qū)(遼寧)和華東地區(qū)(山東)普通杏具有相似的遺傳背景。綜上所述,仁用杏與普通杏親緣關(guān)系最近,但是仁用杏與普通杏也具有一定的穩(wěn)定差異。因此,基于表型特征、葉綠體基因組和核基因組SSR以及種下分類單元的概念,認為仁用杏可能是普通杏的一個變種。
[Abstract]:......
【學位授予單位】:中國林業(yè)科學研究院
【學位級別】:博士
【學位授予年份】:2017
【分類號】:S662.2

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本文編號:2384383

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