本文選題：蘋果品質(zhì)　切入點(diǎn)：RAD測(cè)序　出處：《中國農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年博士論文

【摘要】：分子標(biāo)記和遺傳連鎖圖譜是蘋果等多年生木本植物進(jìn)行分子育種的有力工具,本試驗(yàn)以‘紅玉’、‘金冠’以及‘紅玉’ב金冠’F1雜交群體為試材,利用RAD測(cè)序和重測(cè)序分子生物技術(shù)手段,進(jìn)行了蘋果高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建和SNP標(biāo)記的開發(fā)。 RAD測(cè)序采用EcoRI和HindⅢ分別進(jìn)行酶切。構(gòu)圖時(shí),分群LOD閾值設(shè)置為6.0,采用回歸算法和Kosambi's函數(shù)計(jì)算遺傳距離。最終,得到了一張由3441個(gè)SNP標(biāo)記和297個(gè)單株組成的遺傳連鎖圖譜。其中,有2017個(gè)標(biāo)記定位在了‘紅玉’的連鎖圖譜上,圖譜總長(zhǎng)為1343.4cM,標(biāo)記密度為0.67cM/標(biāo)記；有1932個(gè)標(biāo)記定位在了‘金冠’的連鎖圖譜上,圖譜總長(zhǎng)為1516.0cM,標(biāo)記密度為0.78cM/標(biāo)記。利用該連鎖圖譜,對(duì)蘋果重要的品質(zhì)性狀進(jìn)行了QTL定位。共得到12個(gè)顯著的QTL位點(diǎn),其中與果實(shí)酸度相關(guān)的QTL有6個(gè),定位在J08(3個(gè)),G08(1個(gè)),J07和J15上；2個(gè)與單果重相關(guān)的QTL分別位于J03和J05；硬度相關(guān)的2個(gè)QTL均在J11上；而與糖含量相關(guān)的2個(gè)QTL位點(diǎn)定位在J01和G01上。 在上述12個(gè)QTL中,貢獻(xiàn)率大于20%的主效QTL有8個(gè)。位于J08上與蘋果酸,檸檬酸和總酸相關(guān)的QTL,均與標(biāo)記emC08.14121899緊密連鎖。qtlma.j8和qtlta.j8的LOD峰值均為7.7,貢獻(xiàn)率為39.1%和39.2%,而qtlcj8的LOD峰值為5.5,貢獻(xiàn)率為27.2%。qtlc.j15與檸檬酸相關(guān),定位在J15,峰值標(biāo)記為huC15.29186826,LOD=3.6,可以解釋20.2%的表型變異。與乙酸相關(guān)的QTL位點(diǎn)qtla.j7,LOD=3.7,貢獻(xiàn)率為20.1%,連鎖標(biāo)記為euLG07_014。 qtlfj1(LOD=4.3,28.8%)與果糖相關(guān),位于J01,距離其最近的標(biāo)記為huC01.18233570。qtlff.j11a和qtlffj11b與果實(shí)硬度相關(guān),其中qtlff.j11a的LOD值為4.4,可解釋的表型變異為27.5%,連鎖標(biāo)記為euC11.7408490和huC11.10309880。 qtlff.j11b位于標(biāo)記hmC11.4173064和euC11.5719084之間,LOD=3.9,貢獻(xiàn)率為21.6%。 隨后對(duì)其中5個(gè)區(qū)間5cM并能夠?qū)?yīng)到參考基因組上的QTL進(jìn)行了候選基因篩選。最終,得到果實(shí)酸度候選基因17個(gè),單果重候選基因80個(gè)以及硬度候選基因64個(gè)。對(duì)果實(shí)酸度候選基因進(jìn)行表達(dá)分析,發(fā)現(xiàn)MDP0000582174(MYB4)的基因表達(dá)變化與蘋果果實(shí)酸度變化相一致。 為了深入挖掘雙親的SNP變異,分別對(duì)‘紅玉’和‘金冠’進(jìn)行全基因組重測(cè)序。測(cè)序采用Illumina Hiseq2000測(cè)序平臺(tái),pair-end雙端測(cè)序,讀長(zhǎng)為100bp,插入片段約為500bp。在‘紅玉’中共得到了4950346個(gè)SNP位點(diǎn),約210bp即有一個(gè)標(biāo)記；在‘金冠’中得到了2222816個(gè)SNP位點(diǎn),約293bp一個(gè)標(biāo)記。雜合度分析顯示,‘紅玉’的雜合度較高,為每206bp一個(gè)雜合位點(diǎn),而‘金冠’則為237一個(gè)雜合位點(diǎn)。 對(duì)遺傳圖譜和重測(cè)序數(shù)據(jù)綜合分析,利用PCR手段,初步證明了‘紅玉’Chr09和Chr13之間的染色體重排為Chrl3的片段復(fù)制后插入了Chr09。此外,還分析了雙親候選基因的序列差異,為基因驗(yàn)證打下了基礎(chǔ)。
[Abstract]:Molecular markers and genetic linkage maps are powerful tools for molecular breeding of perennial woody plants such as apple.The construction of high density genetic linkage map of apple and the development of SNP markers were carried out by means of RAD sequencing and resequencing molecular biotechnology.RAD sequencing was performed by EcoRI and Hind 鈪，

本文編號(hào)：1728408