本文關(guān)鍵詞：牦牛幾種腹瀉相關(guān)因素研究及其呼吸道疾病血清學(xué)調(diào)查　出處：《華中農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

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【摘要】：牦牛因?qū)η嗖馗咴貛?yán)寒、缺氧、缺草等惡劣條件具有良好的適應(yīng)能力而成為高寒牧區(qū)最重要的生產(chǎn)生活資料,其生態(tài)、社會、經(jīng)濟(jì)地位不可替代。但由于農(nóng)牧民粗放的掠奪式經(jīng)營管理,牦牛嚴(yán)重的近親繁殖,致使草場退化,沙化嚴(yán)重,畜群結(jié)構(gòu)不合理以及牦牛品種退化,所以近年來牦牛尤其是犢牦牛各種疾病的發(fā)病率逐年升高。犢牦牛腹瀉是臨床上最為常見的多發(fā)病,也是影響犢牦牛繁活率的主要因素之一。引起犢牦牛腹瀉的因素比較復(fù)雜,主要與犢牦牛生理功能、營養(yǎng)、應(yīng)激、及病原微生物的侵襲等有關(guān)。該病的發(fā)生嚴(yán)重影響著犢牦牛的生長發(fā)育以及成年后的生產(chǎn)性能,給高原地區(qū)牦牛養(yǎng)殖業(yè)造成了不容忽視的經(jīng)濟(jì)損失。故本實驗主要在微量元素及犢牦牛腸道菌群與腹瀉的關(guān)系、引起犢牦牛腹瀉的主要病原及牦牛主要呼吸道疾病血清流行病學(xué)等方面展開研究和調(diào)查,并取得如下結(jié)果:1.牦牛腹瀉與微量元素銅、鐵、鋅、硒、錳關(guān)系的研究選擇10頭健康牦牛和25頭腹瀉牦牛,采用電感耦合等離子體質(zhì)譜法(ICP-MS)測定每頭牦牛血清中Cu、Fe、Mn、Zn、Se微量元素含量。比較健康組和腹瀉組牦牛血清中Cu、Fe、Mn、Zn、Se元素含量的水平;比較牦牛腹瀉組不同年齡階段血清中Cu、Fe、Mn、Zn、Se元素含量的水平。結(jié)果腹瀉組Fe、Mn、Zn水平均顯著低于健康對照組(p㩳0.05),Cu水平顯著高于健康對照組(p㩳0.05),Se水平差異不顯著(p㧐0.05);腹瀉組中≤1月齡牦牛血清中Zn,Mn元素水平顯著高于≥2年齡牦牛(p㩳0.05),Cu、Fe、Se含量不顯著(p㧐0.05)。腹瀉牦牛血清Fe、Mn、Zn微量元素水平偏低,且與年齡有相關(guān)性。2.腹瀉犢牦牛與健康犢牦牛腸道菌群的差異研究本試驗以健康犢牦牛和腹瀉犢牦牛新鮮糞樣為研究對象,通過對細(xì)菌16S r DNA V3-V4區(qū)高通量測序比較了腹瀉犢牦牛和健康犢牦牛腸道菌群數(shù)量差異及菌群結(jié)構(gòu)變化。結(jié)果共獲得了272071條優(yōu)化序列,經(jīng)鑒定細(xì)菌來源9個門,13個綱,17個目,36個科,72個屬。腹瀉犢牦牛腸道菌群的菌種數(shù)目低于健康組,但多樣性比較沒有顯著性差異(P0.05);但兩組菌群結(jié)構(gòu)比較,在門、綱、目、科及屬水平上皆有顯著性(P0.05)。本研究表明犢牦牛腹瀉與腸道菌群結(jié)構(gòu)改變存在一定的相關(guān)性。3.牦牛源大腸桿菌的分離鑒定及其相關(guān)毒力基因檢測本研究于2014年6月到8月從紅原地區(qū)無菌采集50頭臨床腹瀉犢牦牛肛拭子,對其分離純化培養(yǎng)、生化鑒定,并對大腸桿菌分離株進(jìn)行O血清型測定、小鼠致病性實驗、16Sr RNA測序及毒力基因檢測。試驗結(jié)果顯示,通過分離培養(yǎng)及生化試驗共鑒定出47株大腸桿菌;通過玻片凝集鑒定出12種O血清型,覆蓋37株分離株,另有10株未定型,其優(yōu)勢血清為O125、O145和O91;分離菌株腹腔注射小鼠均致病,剖檢可見明顯病變;隨機(jī)挑選12株分離株進(jìn)行16Sr RNA測序,經(jīng)系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn)分離菌株組內(nèi)同源性為99.7%~100%,與Genbank中其他菌株的同源性為94%~98%;通過PCR方法檢測犢牦牛源大腸桿菌毒力基因,其中iss、fim H、Omp A、pap C、tra Ta、tsh、iuc D和ETT2在犢牦牛源大腸桿菌的檢出率分別為65.2%、21.7%、91.3%、34.8%、8.7%、34.8%、30.4%、65.2%,KspⅡ、cva均為4.3%,STa、irp2均未檢出。表明,犢牦牛源大腸桿菌血清型比較復(fù)雜,并攜帶多種毒力基因。4.犢牦牛源致病性大腸桿菌全基因組測序分析本實驗測序結(jié)果原始數(shù)據(jù)為6.92 G,過濾數(shù)據(jù)后數(shù)據(jù)量為6.89 G,測序深度分別為1384 X和1378 X,測序質(zhì)量滿足后續(xù)分析要求;使用velvet進(jìn)行不同kmer的基因組組裝,最優(yōu)組裝結(jié)果的contig n50為52203 bp,使用SSPACE_Standard進(jìn)一步構(gòu)建scaffold以及Gap Closer局部組裝補(bǔ)洞之后得到的contig和scaffold的n50達(dá)到了130308 bp和354007 bp,最后得到的基因組大小為5.3 M,預(yù)測的基因模型為5438個,數(shù)量級上符合大腸桿菌全基因組5M左右的背景預(yù)期。以大腸桿菌參考基因組序列(NCBI下載的完成圖)為依據(jù),使用Mauve Contig Mover軟件對velvet組裝的scaffold進(jìn)行定位,得到每條scaffold之間的order信息之后,使用200個n將scaffold連接成一條完整的線性染色體。并對線性染色體進(jìn)行基因預(yù)測,找到了5543個蛋白編碼基因,10個r RNA和92個t RNA,接著對大腸桿菌基因組進(jìn)行了重復(fù)序列、基因島、前噬菌體預(yù)測,并對蛋白編碼基因進(jìn)行了NR、Swiss-prot、COG、KEGG、GO功能注釋。5.牦牛主要呼吸道疾病的血清學(xué)調(diào)查應(yīng)用酶聯(lián)免疫吸附試驗(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)對在2011年間采自西藏的938份和青海的206份共1144份牦牛血清進(jìn)行結(jié)核桿菌抗體檢測,同時對采自西藏988份、青海475份和四川377份共1840份牦牛血清進(jìn)行牛傳染性鼻氣管炎病毒抗體檢測。結(jié)果檢出結(jié)核桿菌陽性血清樣品西藏陽性率2.56%,青海陽性率0.98%;檢出牛傳染性鼻氣管炎陽性血清樣品西藏陽性率38.6%;青海陽性率44.6%及四川陽性率27.9%。統(tǒng)計數(shù)據(jù)表明牛結(jié)核桿菌和牛傳染性鼻氣管炎病毒在青藏高原部分地區(qū)牦牛群中均流行。綜上所述,本實驗通過對腹瀉相關(guān)的因素及主要呼吸道疾病的流行病學(xué)調(diào)查的研究,較全面的了解引起犢牦牛腹瀉疾病的原因及兩種流行病的感染情況,并通過對致病性大腸桿菌的分離鑒定及全基因測序,進(jìn)一步明確了主要病原體的生物學(xué)特性。本研究的結(jié)果將為犢牦牛腹瀉性疾病及主要的呼吸道疾病防治提供數(shù)據(jù)參考,同時為進(jìn)一步犢牦牛腹瀉疾病疫苗的研發(fā)提供理論依據(jù)。
[Abstract]:Yak due to hypoxia on the zone of the Tibetan Plateau, the cold, harsh conditions such as lack of grass has a good ability to adapt and become the most important production in alpine pastoral life, its ecological, social and economic status can not be replaced. But because of the predatory management of farmers and herdsmen extensive, yak serious inbreeding coefficient, causing grassland degradation, desertification the herd, and the irrational structure of yak breeds degeneration, so in recent years, especially the yak yak diseases incidence rate increased year by year. Yak calf diarrhea is for common disease clinically, but also affect the yak propagation rate of one of the main factors. The factors causing diarrhea of yak is complex, mainly with Yak Calves physiological function, nutrition, stress, and pathogen invasion. This disease seriously affects the growth and performance of yak production in adulthood, for plateau yak Cattle breeding caused important economic losses. Therefore this experiment mainly in the group with diarrhea intestinal bacteria and trace elements in Yak Calves, caused by the research and investigation of the main pathogen and yak yak calf diarrhea mainly respiratory disease serum epidemiology, and results are as follows: 1. yak diarrhea and trace elements of copper, iron, zinc, selenium, manganese of choice between 10 healthy yak and 25 yak diarrhea, by inductively coupled plasma mass spectrometry (ICP-MS) determination per yak serum Cu, Fe, Mn, Zn, Se content of trace elements. Compared with the healthy group and the diarrhea group yak serum Cu, Fe, Mn, Zn the content of Se, the level of comparison; Yak diarrhea group at different ages in serum Cu, Fe, Mn, Zn, Se content level. The diarrhea group Fe, Mn, Zn levels were significantly lower than the healthy control group (P? 0.05), the level of Cu was significantly higher than that of the control group (P? 0.05) ,Se姘村鉤宸紓涓嶆樉钁，

本文編號：1413689