本文關(guān)鍵詞：中國(guó)荷斯坦牛種公牛精液性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因分析　出處：《中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年博士論文　論文類(lèi)型：學(xué)位論文

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【摘要】：本研究利用國(guó)內(nèi)8個(gè)公牛站的692頭中國(guó)荷斯坦牛種公牛的129207條采精記錄為試驗(yàn)材料,利用Bovine50K芯片的41888個(gè)SNIPs,應(yīng)用GAPIT軟件,首次對(duì)中國(guó)荷斯坦牛種公牛的5個(gè)精液性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析;并基于全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,選取2個(gè)候選基因,進(jìn)行SNPs篩查及與種公牛精液性狀的關(guān)聯(lián)分析。研究結(jié)果如下：1、應(yīng)用GAPIT軟件在線分析模塊,基于41188個(gè)SNPs,對(duì)中國(guó)荷斯坦牛種公牛的5個(gè)精液性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示,19個(gè)影響精液性狀的SNPs達(dá)到經(jīng)驗(yàn)閾值顯著性水平,這些SNPs位于20個(gè)已知基因內(nèi)部或附近。并且,綜合全基因關(guān)聯(lián)分析結(jié)果和基因的生物學(xué)功能,ETNK1, PDE3A, PDGFRB, CSF1R, WT1,RUNX2, SOD1 和 DSCAML1等8個(gè)新發(fā)現(xiàn)的基因可作為影響公牛精液性狀的候選基因,該研究結(jié)果可作為深入研究中國(guó)荷斯坦牛種公牛精液性狀的遺傳機(jī)制及標(biāo)記輔助選擇的基礎(chǔ)。2、基于全基因組關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果,利用混池DNA直接測(cè)序技術(shù),本研究選取CSF1R基因和ETNK1基因,對(duì)中國(guó)荷斯坦牛種公牛進(jìn)行了SNPs篩查。結(jié)果,在試驗(yàn)群體中,CSF1R基因共篩查出8個(gè)SNPs,與NCBI結(jié)果一致；ETNK1基因篩查出2個(gè)SNPs,其中1個(gè)為新發(fā)現(xiàn)SNIP。3、利用SNaPshot分型技術(shù)對(duì)所發(fā)現(xiàn)的10個(gè)SNPs進(jìn)行了分型,采用SAS軟件(9.3)的MIXED程序進(jìn)行了SNPs與5個(gè)公牛精液性狀(育種值)的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示,CSF1R和ETNK1的10個(gè)SNPs至少與2個(gè)公牛精液性狀相關(guān)聯(lián),且均與單次采精總精子數(shù)、單次采精總活精子數(shù)極顯著關(guān)聯(lián)(P0.01)。同時(shí)CSF1R基因單倍型分析的結(jié)果與單標(biāo)記分析的結(jié)果一致。4、經(jīng)等位基因的加性效應(yīng)、顯性效應(yīng)及替代效應(yīng)分析后,CSF1R基因的rs210296215、rs43518642、rs 137825682及ETNK1基因的rs208064031與單次采精總精子數(shù)(NSPE)和單次采精總活精子數(shù)(NMSPE)顯著關(guān)聯(lián)(P0.05)或極顯著關(guān)聯(lián)(P0.01),其優(yōu)勢(shì)等位基因分別為C、G、A和G,這4個(gè)SNPs位點(diǎn)可作為NSPE和NMSPE的分子標(biāo)記,經(jīng)過(guò)進(jìn)一步研究可用于種公牛分子標(biāo)記輔助選擇的育種方案中。
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S823

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本文編號(hào)：1321142