本文關(guān)鍵詞：中國荷斯坦牛種公牛精液性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因分析　出處：《中國農(nóng)業(yè)大學(xué)》2016年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 種公牛 中國荷斯坦牛 精液性狀 全基因組關(guān)聯(lián)分析 候選基因

【摘要】：本研究利用國內(nèi)8個公牛站的692頭中國荷斯坦牛種公牛的129207條采精記錄為試驗材料,利用Bovine50K芯片的41888個SNIPs,應(yīng)用GAPIT軟件,首次對中國荷斯坦牛種公牛的5個精液性狀進行了全基因組關(guān)聯(lián)分析;并基于全基因組關(guān)聯(lián)分析結(jié)果,選取2個候選基因,進行SNPs篩查及與種公牛精液性狀的關(guān)聯(lián)分析。研究結(jié)果如下：1、應(yīng)用GAPIT軟件在線分析模塊,基于41188個SNPs,對中國荷斯坦牛種公牛的5個精液性狀進行了全基因組關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示,19個影響精液性狀的SNPs達到經(jīng)驗閾值顯著性水平,這些SNPs位于20個已知基因內(nèi)部或附近。并且,綜合全基因關(guān)聯(lián)分析結(jié)果和基因的生物學(xué)功能,ETNK1, PDE3A, PDGFRB, CSF1R, WT1,RUNX2, SOD1 和 DSCAML1等8個新發(fā)現(xiàn)的基因可作為影響公牛精液性狀的候選基因,該研究結(jié)果可作為深入研究中國荷斯坦牛種公牛精液性狀的遺傳機制及標(biāo)記輔助選擇的基礎(chǔ)。2、基于全基因組關(guān)聯(lián)分析的結(jié)果,利用混池DNA直接測序技術(shù),本研究選取CSF1R基因和ETNK1基因,對中國荷斯坦牛種公牛進行了SNPs篩查。結(jié)果,在試驗群體中,CSF1R基因共篩查出8個SNPs,與NCBI結(jié)果一致；ETNK1基因篩查出2個SNPs,其中1個為新發(fā)現(xiàn)SNIP。3、利用SNaPshot分型技術(shù)對所發(fā)現(xiàn)的10個SNPs進行了分型,采用SAS軟件(9.3)的MIXED程序進行了SNPs與5個公牛精液性狀(育種值)的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示,CSF1R和ETNK1的10個SNPs至少與2個公牛精液性狀相關(guān)聯(lián),且均與單次采精總精子數(shù)、單次采精總活精子數(shù)極顯著關(guān)聯(lián)(P0.01)。同時CSF1R基因單倍型分析的結(jié)果與單標(biāo)記分析的結(jié)果一致。4、經(jīng)等位基因的加性效應(yīng)、顯性效應(yīng)及替代效應(yīng)分析后,CSF1R基因的rs210296215、rs43518642、rs 137825682及ETNK1基因的rs208064031與單次采精總精子數(shù)(NSPE)和單次采精總活精子數(shù)(NMSPE)顯著關(guān)聯(lián)(P0.05)或極顯著關(guān)聯(lián)(P0.01),其優(yōu)勢等位基因分別為C、G、A和G,這4個SNPs位點可作為NSPE和NMSPE的分子標(biāo)記,經(jīng)過進一步研究可用于種公牛分子標(biāo)記輔助選擇的育種方案中。
【學(xué)位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S823

【相似文獻】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 ;中國荷斯坦牛[J];農(nóng)業(yè)知識;2007年03期

2 白文林,鄭玉才,王杰,楊易;中國荷斯坦牛牛乳生化組成及乳蛋白遺傳多態(tài)性[J];四川畜牧獸醫(yī);2002年03期

3 王存國,殷元虎,白虹;中國荷斯坦牛飼養(yǎng)管理技術(shù)規(guī)程[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2003年05期

4 陳海燕,傅衍;中國荷斯坦牛發(fā)情周期中孕酮、雌二醇含量的變化規(guī)律[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)科學(xué)版);2005年02期

5 任忠偉;張文志;;對當(dāng)前中國荷斯坦牛育種工作的建議[J];中國奶牛;2006年02期

6 鄭玉才;彭先文;金素鈺;毛永江;;中國荷斯坦牛和藏黃牛乳上皮黏蛋白的遺傳多態(tài)性[J];黑龍江畜牧獸醫(yī);2006年05期

7 嚴(yán)林俊;陳宏;房興堂;張潤鋒;鮑斌;張海軍;;中國荷斯坦牛微衛(wèi)星基因座遺傳多態(tài)性研究[J];西北農(nóng)林科技大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2007年07期

8 李秋玲;李建斌;張爭鋒;王洪梅;高運東;侯明海;仲躋峰;;中國荷斯坦牛紅毛基因變異及其編碼蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測[J];中國農(nóng)業(yè)科學(xué);2008年08期

9 陳軍;孫東曉;王雅春;張毅;張沅;;中國荷斯坦牛不同群體間遺傳聯(lián)系性研究[J];畜牧獸醫(yī)學(xué)報;2009年01期

10 譚琪;曾凡一;;中國荷斯坦牛線粒體DNA全序列多態(tài)性分析和分型[J];生物技術(shù)通訊;2009年05期

相關(guān)會議論文 前10條

1 李艷華;張勝利;朱玉林;薛建華;趙鵬;孫鳳俊;;中國荷斯坦牛隱性紅毛基因攜帶者的快速分子鑒定及應(yīng)用[A];中國動物遺傳育種研究進展——第十五次全國動物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2009年

2 陳軍;王雅春;孫東曉;張毅;俞英;張沅;;中國荷斯坦牛育種目標(biāo)的經(jīng)濟評估研究[A];中國牛業(yè)健康發(fā)展與科技創(chuàng)新——中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會第七屆養(yǎng)牛學(xué)分會2009年學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2009年

3 施雪奎;楊章平;毛永江;周里根;王建勇;尹兆華;;中國荷斯坦牛體況評分與產(chǎn)奶量和繁殖性能的相關(guān)性分析[A];中國牛業(yè)健康發(fā)展與科技創(chuàng)新——中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會第七屆養(yǎng)牛學(xué)分會2009年學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2009年

4 張潤鋒;陳宏;張爭鋒;張永德;藍賢勇;;陜西地區(qū)中國荷斯坦牛4個微衛(wèi)星的遺傳多態(tài)性分析(英文)[A];全國首屆動物生物技術(shù)學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2004年

5 關(guān)龍;王雅春;孫東曉;俞英;張毅;張沅;;中國荷斯坦牛體型性狀遺傳參數(shù)估計[A];中國牛業(yè)健康發(fā)展與科技創(chuàng)新——中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會第七屆養(yǎng)牛學(xué)分會2009年學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2009年

6 田菲;孫東曉;張沅;;中國荷斯坦牛微衛(wèi)星親子鑒定體系的建立[A];中國牛業(yè)健康發(fā)展與科技創(chuàng)新——中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會第七屆養(yǎng)牛學(xué)分會2009年學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2009年

7 秦春華;宋玲;謝巖;初芹;孫東曉;張沅;;中國荷斯坦牛3號染色體16個微衛(wèi)星標(biāo)記群體遺傳學(xué)分析[A];中國動物遺傳育種研究進展——第十五次全國動物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2009年

8 陳軍;王雅春;孫東曉;張毅;俞英;張沅;;中國荷斯坦牛基因組選擇方案的經(jīng)濟評估[A];中國動物遺傳育種研究進展——第十五次全國動物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會論文集[C];2009年

9 翟少偉;;中國荷斯坦牛血液與乳液中尿素氮濃度的關(guān)系研究[A];福建省科協(xié)第八屆學(xué)術(shù)年會分會場“轉(zhuǎn)變飼養(yǎng)方式，促進海西畜牧業(yè)和諧發(fā)展”學(xué)術(shù)年會論文集[C];2008年

10 白德慶;毛允飛;張文斌;;內(nèi)蒙古自治區(qū)荷斯坦牛調(diào)查報告[A];第二屆中國奶業(yè)大會論文集(下冊)[C];2011年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前4條

1 秦春華;中國荷斯坦牛種公牛精液性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析及候選基因分析[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2016年

2 翟少偉;中國荷斯坦牛乳尿素氮與蛋白質(zhì)營養(yǎng)關(guān)系的研究[D];浙江大學(xué);2006年

3 陳慧勇;利用中國荷斯坦牛定位BTA6上影響產(chǎn)奶性狀的QTLs[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2005年

4 楊少華;中國荷斯坦牛TRIB3和SAA家族基因?qū)Ξa(chǎn)奶性狀的遺傳效應(yīng)分析及功能驗證[D];中國農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 李金霞;中國荷斯坦牛產(chǎn)奶性狀候選基因的遺傳效應(yīng)分析[D];新疆農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

2 蘇光華;南方中國荷斯坦牛耐熱性研究[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

3 何樺;中國荷斯坦牛和牦牛的三個功能基因多態(tài)性及其與生產(chǎn)性能的相關(guān)性分析[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2005年

4 劉彥;南方中國荷斯坦牛耐熱性狀分子標(biāo)記的研究[D];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué);2009年

5 常玲玲;中國荷斯坦牛乳中脂肪酸變化規(guī)律及其與脂肪酸合成相關(guān)基因的關(guān)聯(lián)分析[D];揚州大學(xué);2011年

6 孫宗國;中國荷斯坦牛AFLP分析體系的建立及其應(yīng)用[D];山東農(nóng)業(yè)大學(xué);2006年

7 付小波;中國荷斯坦牛和黃改奶牛CSN1S2基因多態(tài)性與產(chǎn)奶性狀之間的關(guān)系研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2006年

8 郭江汀;中國荷斯坦牛CCL3基因遺傳多態(tài)性與其耐熱性的關(guān)聯(lián)分析[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

9 翟瑞燕;C3基因多態(tài)性及其與中國荷斯坦牛生產(chǎn)性狀的相關(guān)性分析[D];山東師范大學(xué);2011年

10 胡海川;中國荷斯坦牛Nramp1基因部分序列分析及其與乳腺炎關(guān)聯(lián)研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

，

本文編號：1321142