乳腺癌是目前全球育齡女性最常見的一種惡性癌癥,近年來我國女性乳腺癌患者的死亡和發(fā)病率以3%的增長速度逐年遞增,嚴重威脅著女性的生命健康。我國乳腺癌的早期患者治愈率比較高,達到80%到90%以上,但早期患者病癥不明顯,很容易被忽視,很多乳腺癌患者確診時已經(jīng)是處于中晚期,治療的難度比較大,存活率比較低。因此,科學(xué)有效的預(yù)測方法對于乳腺癌的診斷有很大的作用,盡可能早地發(fā)現(xiàn)病情,及時配合醫(yī)生進行相應(yīng)的治療能夠有效提高生存幾率,減輕病人的痛苦。癌癥產(chǎn)生的主要原因是癌癥驅(qū)動基因發(fā)生突變,乳腺癌癥驅(qū)動基因的篩選對研究乳腺癌發(fā)病病理、找出有效治療方案、研制新型抗癌藥物有著重要的意義。本文依托高通量測序技術(shù)得到乳腺癌的基因表達數(shù)據(jù),對特征基因進行篩選并對乳腺癌進行有效預(yù)測。本文選擇從TCGA數(shù)據(jù)庫下載的乳腺癌癌癥基因和癌旁基因數(shù)據(jù)進行研究,對113個樣本,19754個基因數(shù)據(jù)進行預(yù)處理后,運用R軟件中的edgeR軟件包進行倍數(shù)變化篩選,以2倍作為調(diào)控閾值,p<0.05,得到上調(diào)基因1997個,下調(diào)基因12487個,接著對上下調(diào)基因進行卡方檢驗,設(shè)定閾值后篩選出61個基因,最后運用遞歸特征消除法選出差...

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1TCGA數(shù)據(jù)庫首頁

乳腺癌特征基因的篩選及預(yù)測11圖1-1TCGA數(shù)據(jù)庫首頁圖1-2乳腺癌基因下載頁面二、基因表達文庫（GEO）基因表達綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）隸屬于美國國立衛(wèi)生研究院的NCBI，是當今最大、最全面的公共基因表達數(shù)據(jù)資源。GEO作為公共基因數(shù)據(jù)庫平臺，最大的功能是公開高通量基因組數(shù)據(jù)以供....

圖1-2乳腺癌基因下載頁面

乳腺癌特征基因的篩選及預(yù)測11圖1-1TCGA數(shù)據(jù)庫首頁圖1-2乳腺癌基因下載頁面二、基因表達文庫（GEO）基因表達綜合數(shù)據(jù)庫（GEO）隸屬于美國國立衛(wèi)生研究院的NCBI，是當今最大、最全面的公共基因表達數(shù)據(jù)資源。GEO作為公共基因數(shù)據(jù)庫平臺，最大的功能是公開高通量基因組數(shù)據(jù)以供....

圖1-3GEO數(shù)據(jù)庫首頁

乳腺癌特征基因的篩選及預(yù)測12GEO的樣本數(shù)據(jù)，目前平臺上共有2439709個樣本。系列可以理解為一項研究中多個樣本構(gòu)成的數(shù)據(jù)集，同時呈現(xiàn)重要的一些基因信息和經(jīng)過分析后的結(jié)果，系列將相關(guān)的樣本聯(lián)系起來，并通過描述數(shù)據(jù)特征、制作相關(guān)圖表等方式進行相關(guān)研究，每個系列都有專屬的一個檢索....

圖1-4NCBI數(shù)據(jù)庫首頁

乳腺癌特征基因的篩選及預(yù)測13GeneBank數(shù)據(jù)庫提供基因組位置、基因排序及基因遺傳途徑等信息，內(nèi)含有基因核酸數(shù)據(jù)、基因組數(shù)據(jù)、文獻數(shù)據(jù)等，并提供數(shù)據(jù)挖掘、序列分析等工具，是癌癥協(xié)作研究項目的重要數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫主要用于提供并分析分子生物學(xué)、遺傳學(xué)相關(guān)的基因數(shù)據(jù)，并通過計算機系統(tǒng)....

本文編號：4022579