基于RNA-seq探究身痛逐瘀湯對(duì)神經(jīng)病理性疼痛的潛在作用靶點(diǎn)
發(fā)布時(shí)間:2022-10-05 23:33
研究目的:神經(jīng)病理性疼痛的一種共同的內(nèi)在機(jī)制是損傷或受到影響的神經(jīng)發(fā)生炎癥。這種炎癥反應(yīng)引起一連串的事件導(dǎo)致先天免疫細(xì)胞集中到損傷組織附近并被激活。包括細(xì)胞因子,神經(jīng)營(yíng)養(yǎng)因子和趨化因子在內(nèi)的免疫活性物質(zhì)的釋放引起局部反應(yīng),并進(jìn)一步導(dǎo)致更廣泛的免疫反應(yīng)。外周和中樞神經(jīng)系統(tǒng)的致敏是神經(jīng)病理性疼痛發(fā)生和維持的主要原因,而炎癥免疫機(jī)制是調(diào)節(jié)這些環(huán)節(jié)的關(guān)鍵。神經(jīng)病理性疼痛在中醫(yī)辨病辨證中歸于“痹證”范疇,中藥復(fù)方身痛逐瘀湯具有身痛逐瘀湯具有行氣活血逐瘀,祛風(fēng)除濕止痛之功效,作為治療痹證尤其是瘀血痹的代表方,F(xiàn)代藥理研究證明,全方具有顯著的抗炎,鎮(zhèn)痛,改善微循環(huán)以及抗變態(tài)反應(yīng)作用;诙鷾y(cè)序技術(shù)的高通量測(cè)序(RNA-Seq)技術(shù)是目前應(yīng)用最廣泛的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù),能快速獲得檢測(cè)樣本的全部遺傳信息。RNA-Seq具有實(shí)驗(yàn)成本低以及高通量特性等優(yōu)點(diǎn),可用來(lái)研究基因的結(jié)構(gòu)和功能,鑒定基因表達(dá)量的變化,探究調(diào)控的可變剪接模式等。在生命科學(xué)領(lǐng)域,該技術(shù)已被用來(lái)探尋疾病的發(fā)生機(jī)制、臨床的診斷以及藥物藥理學(xué)研究等。因此本研究將基于RNA-Seq技術(shù)探究身痛逐瘀湯在治療神經(jīng)病理性疼痛中潛在的作用靶點(diǎn),為該疾病治療...
【文章頁(yè)數(shù)】:94 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
中英文縮略詞表
前言
1.材料
1.1 實(shí)驗(yàn)細(xì)胞株
1.2 實(shí)驗(yàn)試劑及耗材
1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
1.4 主要試劑配置及實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備
2.方法
(一)文獻(xiàn)檢索
(二)細(xì)胞實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備和基本操作
(三)熒光定量q-PCR、Western-blot以及MTT法檢測(cè)法
2.1 克隆與質(zhì)粒的構(gòu)建
2.2 轉(zhuǎn)染
2.3 基因過(guò)表達(dá)的評(píng)估
2.4 RNA提取、測(cè)序
2.5 RNA-seq數(shù)據(jù)處理和校準(zhǔn)
2.6 差異表達(dá)基因(DEG)分析
2.7 可變剪接分析
2.8 DEGs和AS事件的反轉(zhuǎn)錄qPCR驗(yàn)證
2.9 功能富集分析
3.實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 檢索結(jié)果
3.2 過(guò)表達(dá)STAU1促進(jìn)細(xì)胞增殖
3.2.1 過(guò)表達(dá)載體轉(zhuǎn)染GFP熒光表達(dá)
3.2.2 Q-PCR檢測(cè)結(jié)果
3.2.3 Western blot結(jié)果
3.2.4 細(xì)胞增殖結(jié)果
3.3 RNA-seq分析STAU1過(guò)表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控
3.3.1 制備cDNA文庫(kù)
3.3.2 FPKM量化STAU1的表達(dá)值
3.3.3 樣本間聚類(lèi)分析
3.3.4 構(gòu)建MA plot圖
3.4 STAU1調(diào)節(jié)富集在炎癥和免疫反應(yīng)相關(guān)基因的表達(dá)
3.4.1 對(duì)差異表達(dá)基因(DEGs)作heapmap分析
3.4.2 GO富集分析
3.4.3 KEGG富集分析
3.4.4 DEGs的層次聚類(lèi)圖
3.4.5 四個(gè)差異表達(dá)基因IFIT2、OASL、IFIT3、CCL2的reads分布圖
3.5 STAU1能正調(diào)控HeLa細(xì)胞中IFIT2、OASL、IFIT3的表達(dá),以及負(fù)調(diào)控CCL2基因表達(dá)
3.5.1 RNA-seq中基因表達(dá)量檢測(cè)
3.5.2 Q-PCR驗(yàn)證結(jié)果
3.6 STAU1調(diào)節(jié)富集于神經(jīng)生長(zhǎng)因子受體信號(hào)通路中基因的可變剪接
3.6.1 樣本外顯子檢出情況和剪接位點(diǎn)分析
3.6.2 樣本中AS事件的檢出情況
3.6.3 顯著差異AS事件數(shù)量和類(lèi)型
3.6.4 檢測(cè)同時(shí)發(fā)生RASG和DEG的基因
3.6.5 可變剪接基因的GO和KEGG pathway富集性分析
3.7 STAU1調(diào)控HeLa細(xì)胞中PLEKHG2、ARHGEF11、FGFR1、PDGFB、FGFR4、RALGDS的可變剪接
3.7.1 可變剪接事件測(cè)序結(jié)果
3.7.2 熒光定量Q-PCR檢測(cè)
4.討論
結(jié)語(yǔ)
參考文獻(xiàn)
附錄 基于RNA-seq技術(shù)在RNA結(jié)合蛋白中的研究進(jìn)展
參考文獻(xiàn)
附表
致謝
本文編號(hào):3686712
【文章頁(yè)數(shù)】:94 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
Abstract
中英文縮略詞表
前言
1.材料
1.1 實(shí)驗(yàn)細(xì)胞株
1.2 實(shí)驗(yàn)試劑及耗材
1.3 實(shí)驗(yàn)儀器
1.4 主要試劑配置及實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)備
2.方法
(一)文獻(xiàn)檢索
(二)細(xì)胞實(shí)驗(yàn)前準(zhǔn)備和基本操作
(三)熒光定量q-PCR、Western-blot以及MTT法檢測(cè)法
2.1 克隆與質(zhì)粒的構(gòu)建
2.2 轉(zhuǎn)染
2.3 基因過(guò)表達(dá)的評(píng)估
2.4 RNA提取、測(cè)序
2.5 RNA-seq數(shù)據(jù)處理和校準(zhǔn)
2.6 差異表達(dá)基因(DEG)分析
2.7 可變剪接分析
2.8 DEGs和AS事件的反轉(zhuǎn)錄qPCR驗(yàn)證
2.9 功能富集分析
3.實(shí)驗(yàn)結(jié)果
3.1 檢索結(jié)果
3.2 過(guò)表達(dá)STAU1促進(jìn)細(xì)胞增殖
3.2.1 過(guò)表達(dá)載體轉(zhuǎn)染GFP熒光表達(dá)
3.2.2 Q-PCR檢測(cè)結(jié)果
3.2.3 Western blot結(jié)果
3.2.4 細(xì)胞增殖結(jié)果
3.3 RNA-seq分析STAU1過(guò)表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控
3.3.1 制備cDNA文庫(kù)
3.3.2 FPKM量化STAU1的表達(dá)值
3.3.3 樣本間聚類(lèi)分析
3.3.4 構(gòu)建MA plot圖
3.4 STAU1調(diào)節(jié)富集在炎癥和免疫反應(yīng)相關(guān)基因的表達(dá)
3.4.1 對(duì)差異表達(dá)基因(DEGs)作heapmap分析
3.4.2 GO富集分析
3.4.3 KEGG富集分析
3.4.4 DEGs的層次聚類(lèi)圖
3.4.5 四個(gè)差異表達(dá)基因IFIT2、OASL、IFIT3、CCL2的reads分布圖
3.5 STAU1能正調(diào)控HeLa細(xì)胞中IFIT2、OASL、IFIT3的表達(dá),以及負(fù)調(diào)控CCL2基因表達(dá)
3.5.1 RNA-seq中基因表達(dá)量檢測(cè)
3.5.2 Q-PCR驗(yàn)證結(jié)果
3.6 STAU1調(diào)節(jié)富集于神經(jīng)生長(zhǎng)因子受體信號(hào)通路中基因的可變剪接
3.6.1 樣本外顯子檢出情況和剪接位點(diǎn)分析
3.6.2 樣本中AS事件的檢出情況
3.6.3 顯著差異AS事件數(shù)量和類(lèi)型
3.6.4 檢測(cè)同時(shí)發(fā)生RASG和DEG的基因
3.6.5 可變剪接基因的GO和KEGG pathway富集性分析
3.7 STAU1調(diào)控HeLa細(xì)胞中PLEKHG2、ARHGEF11、FGFR1、PDGFB、FGFR4、RALGDS的可變剪接
3.7.1 可變剪接事件測(cè)序結(jié)果
3.7.2 熒光定量Q-PCR檢測(cè)
4.討論
結(jié)語(yǔ)
參考文獻(xiàn)
附錄 基于RNA-seq技術(shù)在RNA結(jié)合蛋白中的研究進(jìn)展
參考文獻(xiàn)
附表
致謝
本文編號(hào):3686712
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