DNA甲基化應用于藥物過敏性猝死法醫(yī)學診斷的探索研究
發(fā)布時間:2021-10-02 06:53
目的:藥物過敏性猝死的法醫(yī)學診斷是法醫(yī)病理學界的一大難題,尋找精準、客觀的實驗室診斷指標是法醫(yī)病理學者目前亟待解決的問題。通過研究分析藥物過敏死者與免疫正常人之間的DNA甲基化差異,尋找藥物過敏相關DNA甲基化差異位點、為藥物過敏性猝死的法醫(yī)學鑒定提供精準、客觀的實驗室診斷指標。方法:1.免疫正常人(6例)和藥物過敏性猝死者(18例),使用Illumina Methylation EPIC芯片檢測全血DNA甲基化。2.芯片數(shù)據(jù)分析:R語言ChAMP包進行甲基化DMP、DMR差異分析、基因注釋和基因關聯(lián)分析;R語言R-topGO、R-KOBAS軟件包進行GO及KEGG功能富集分析。3.基于基因組關聯(lián)分析、GO及KEGG功能富集分析的基礎上,進一步進行藥物過敏相關DNA甲基化位點(區(qū)域)功能的研究。4.基于DMP、DMR差異分析和基因關聯(lián)分析,進行選藥物過敏性猝死DNA甲基化診斷指標的篩選。結(jié)果:1.HLA-DMA、HLA-DMB、HLA-DOB、HLA-DPA1、HLA-DPB1基因的甲基化水平與藥物過敏猝死顯著關聯(lián);2.頭孢菌素類藥物所致過敏性猝死與趨化因子CCL5基因啟動子區(qū)域的DN...
【文章來源】:山西醫(yī)科大學山西省
【文章頁數(shù)】:49 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
所有樣本的CpG分布圖
山西醫(yī)科大學碩士學位論文8圖2.所有樣本的探針密度圖此次樣本檢測共使用三張EPIC芯片,使用SVD分析評估,發(fā)現(xiàn)三次檢測存在批次效應;使用champ.runCombat()函數(shù)去除批次效應,結(jié)果見圖3。去除批次效應后SVD分析p值不顯著,批次效應消除。圖3.SVD分析圖注:左為去除批次效應前,右為去除批次效應后
山西醫(yī)科大學碩士學位論文8圖2.所有樣本的探針密度圖此次樣本檢測共使用三張EPIC芯片,使用SVD分析評估,發(fā)現(xiàn)三次檢測存在批次效應;使用champ.runCombat()函數(shù)去除批次效應,結(jié)果見圖3。去除批次效應后SVD分析p值不顯著,批次效應消除。圖3.SVD分析圖注:左為去除批次效應前,右為去除批次效應后
【參考文獻】:
期刊論文
[1]寶塔紅在過敏性猝死尸檢中的應用初探[J]. 譚曉輝,陳娜,羅寶英,曾嘉敏,李佳,王慧君. 中國法醫(yī)學雜志. 2018(03)
[2]Mast cell tryptase and carboxypeptidase A expression in body fluid and gastrointestinal tract associated with drug-related fatal anaphylaxis[J]. Xiang-Jie Guo,Ying-Yuan Wang,Hao-Yue Zhang,Qian-Qian Jin,Cai-Rong Gao. World Journal of Gastroenterology. 2015(47)
本文編號:3418178
【文章來源】:山西醫(yī)科大學山西省
【文章頁數(shù)】:49 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
所有樣本的CpG分布圖
山西醫(yī)科大學碩士學位論文8圖2.所有樣本的探針密度圖此次樣本檢測共使用三張EPIC芯片,使用SVD分析評估,發(fā)現(xiàn)三次檢測存在批次效應;使用champ.runCombat()函數(shù)去除批次效應,結(jié)果見圖3。去除批次效應后SVD分析p值不顯著,批次效應消除。圖3.SVD分析圖注:左為去除批次效應前,右為去除批次效應后
山西醫(yī)科大學碩士學位論文8圖2.所有樣本的探針密度圖此次樣本檢測共使用三張EPIC芯片,使用SVD分析評估,發(fā)現(xiàn)三次檢測存在批次效應;使用champ.runCombat()函數(shù)去除批次效應,結(jié)果見圖3。去除批次效應后SVD分析p值不顯著,批次效應消除。圖3.SVD分析圖注:左為去除批次效應前,右為去除批次效應后
【參考文獻】:
期刊論文
[1]寶塔紅在過敏性猝死尸檢中的應用初探[J]. 譚曉輝,陳娜,羅寶英,曾嘉敏,李佳,王慧君. 中國法醫(yī)學雜志. 2018(03)
[2]Mast cell tryptase and carboxypeptidase A expression in body fluid and gastrointestinal tract associated with drug-related fatal anaphylaxis[J]. Xiang-Jie Guo,Ying-Yuan Wang,Hao-Yue Zhang,Qian-Qian Jin,Cai-Rong Gao. World Journal of Gastroenterology. 2015(47)
本文編號:3418178
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