背景酪氨酸激酶抑制劑（tyrosine kinase inhibitor,TKI）的應用給間變性淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase,ALK）融合基因陽性晚期非小細胞肺癌（NSCLC）患者帶來了長期生存獲益。然而,大約20%的患者接受克唑替尼或下一代ALK-TKI治療時會出現早期耐藥（無疾病進展生存≤6.0個月）,且總生存期不超過1年。目前ALK陽性NSCLC的TKI早期耐藥機制和預后機制尚未清楚,還沒有可靠的分子生物標志物來預測TKI早期耐藥和預后。本研究中,我們探索ALK融合基因陽性晚期NSCLC的克唑替尼早期耐藥和預后相關的分子標志物。方法首先對5例克唑替尼治療效果極差組（無疾病進展生存期≤3.0個月）和5例克唑替尼治療效果極好組（無進展生存期≥24.0個月）的ALK融合基因陽性晚期NSCLC患者的原發(fā)腫瘤組織進行全外顯子測序（Whole exome sequencing,WES）。采用生物信息學分析法,篩選出克唑替尼早期耐藥和預后相關的突變基因,進一步在京都基因與基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Geno... 

【文章來源】：廣州醫(yī)科大學廣東省

【文章頁數】：62 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

ALEX研究中阿來替尼（Alectinib）對照克唑替尼（Crizotinib）mPFS的K-M生存曲線：兩組中約20%的患者在6.0個月內出現疾病進展

廣州醫(yī)科大學碩士學位論文20圖2WES數據生物信息學分析流程圖3.5.2候選突變基因生物學通路富集在線分析進一步采用KEGG對克唑替尼早期耐藥或預后相關的候選突變基因進行信號通路分析，且將這些基因的生物學通路在string數據庫進行富集，得到早期耐藥或預后相關通路。3.6定制探針及擴大樣本量目標序列捕獲NGS3.6.1定制候選突變基因的捕獲探針前期通過WES得到ALK融合基因陽性的肺癌患者早期耐藥或預后相關的候選突變基因。但由于晚期NSCLC患者的腫瘤組織活檢多為小樣本，傳統(tǒng)方法提取肺癌FFPE樣本中DNA量含量低，遠不夠實驗所需。因此，我們采取更低成本和高效的定制候選突變基因的捕獲IDT（IntegratedDNAtechnologies,IDT）探針。定制IDT探針捕獲區(qū)域的如下：(1)基于前期WES結果，個性化定制覆蓋候選突變基因外顯子區(qū)域的探針；(2)覆蓋每個候選突變基因上下游的UTR區(qū)域；(3)包含每個候選突變基因外顯子的兩端外延長10個堿基，以覆蓋剪接位點；

廣州醫(yī)科大學碩士學位論文24表15全外顯子測序檢測出的ALK融合基因類型ALK融合基因類型例數（人）ALK-EML44（40%）ALK-KLC13（30%）ALK-STRN1（10%）ALK-HIP12（20%）ALK-TFG1（10%）3.2體細胞突變結果10例ALK融合基因陽性晚期肺腺癌組織WES共檢測出264.0個體細胞突變，這些體細胞突變的數量在克唑替尼治療效果極差組和克唑替尼治療效果極好組分布有統(tǒng)計學差異，治療效果極差組體細胞突變數量明顯多于治療效果好組（中位數：136.0vs31.0，P<0.001）。治療效果極差組體細胞突變數范圍：72.0～192.0，平均突變數：142.0，95%CI:82.0～200.0；治療效果極好組體細胞突變數范圍：10.0～40.0，平均突變數：31.0，95%CI:10.0～48.0，如圖3所示。圖3治療效果極差組和治療效果極好組患者體細胞突變的比較3.3TMB檢測結果克唑替尼治療效果極差組的5名患者TMB明顯高于克唑替尼治療效果極好組（P=0.002，95%CI：5.0～15.0），如圖4所示。5例治療效果極差組原發(fā)腫瘤組織TMB范圍：11.0～23.0，平均數：18.2，95%CI：12.0～24.0；5例治療效果極好組原發(fā)腫瘤組織TMB范圍：6.0～10.0，平均數：8.0，95%CI：6.0～10.0。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]晚期非小細胞肺癌患者腫瘤突變負荷與靶向治療療效相關性[J]. 童琳,丁寧,李佳旻,徐曉波,張勇,葉茂松,李春,張新,洪群英,周建,白春學,胡潔.  中國臨床醫(yī)學. 2019(04)
[2]ALK融合基因陽性非小細胞肺癌的臨床研究進展[J]. 劉穎蕾,虞永峰,陸舜.  解放軍醫(yī)學雜志. 2019(06)
[3]ALK融合基因陽性非小細胞肺癌的研究進展[J]. 宋鵬,張力,尚聰聰.  中國肺癌雜志. 2018(09)
[4]存在EML4-ALK融合基因非小細胞肺癌患者的臨床和病理學特征[J]. 劉曉晴,李曉燕,董嵩.  循證醫(yī)學. 2010(04)



本文編號：3324030