背景酪氨酸激酶抑制劑（tyrosine kinase inhibitor,TKI）的應(yīng)用給間變性淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase,ALK）融合基因陽性晚期非小細(xì)胞肺癌（NSCLC）患者帶來了長期生存獲益。然而,大約20%的患者接受克唑替尼或下一代ALK-TKI治療時(shí)會(huì)出現(xiàn)早期耐藥（無疾病進(jìn)展生存≤6.0個(gè)月）,且總生存期不超過1年。目前ALK陽性NSCLC的TKI早期耐藥機(jī)制和預(yù)后機(jī)制尚未清楚,還沒有可靠的分子生物標(biāo)志物來預(yù)測(cè)TKI早期耐藥和預(yù)后。本研究中,我們探索ALK融合基因陽性晚期NSCLC的克唑替尼早期耐藥和預(yù)后相關(guān)的分子標(biāo)志物。方法首先對(duì)5例克唑替尼治療效果極差組（無疾病進(jìn)展生存期≤3.0個(gè)月）和5例克唑替尼治療效果極好組（無進(jìn)展生存期≥24.0個(gè)月）的ALK融合基因陽性晚期NSCLC患者的原發(fā)腫瘤組織進(jìn)行全外顯子測(cè)序（Whole exome sequencing,WES）。采用生物信息學(xué)分析法,篩選出克唑替尼早期耐藥和預(yù)后相關(guān)的突變基因,進(jìn)一步在京都基因與基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Geno... 

【文章來源】：廣州醫(yī)科大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：62 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

ALEX研究中阿來替尼（Alectinib）對(duì)照克唑替尼（Crizotinib）mPFS的K-M生存曲線：兩組中約20%的患者在6.0個(gè)月內(nèi)出現(xiàn)疾病進(jìn)展

廣州醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文20圖2WES數(shù)據(jù)生物信息學(xué)分析流程圖3.5.2候選突變基因生物學(xué)通路富集在線分析進(jìn)一步采用KEGG對(duì)克唑替尼早期耐藥或預(yù)后相關(guān)的候選突變基因進(jìn)行信號(hào)通路分析，且將這些基因的生物學(xué)通路在string數(shù)據(jù)庫進(jìn)行富集，得到早期耐藥或預(yù)后相關(guān)通路。3.6定制探針及擴(kuò)大樣本量目標(biāo)序列捕獲NGS3.6.1定制候選突變基因的捕獲探針前期通過WES得到ALK融合基因陽性的肺癌患者早期耐藥或預(yù)后相關(guān)的候選突變基因。但由于晚期NSCLC患者的腫瘤組織活檢多為小樣本，傳統(tǒng)方法提取肺癌FFPE樣本中DNA量含量低，遠(yuǎn)不夠?qū)嶒?yàn)所需。因此，我們采取更低成本和高效的定制候選突變基因的捕獲IDT（IntegratedDNAtechnologies,IDT）探針。定制IDT探針捕獲區(qū)域的如下：(1)基于前期WES結(jié)果，個(gè)性化定制覆蓋候選突變基因外顯子區(qū)域的探針；(2)覆蓋每個(gè)候選突變基因上下游的UTR區(qū)域；(3)包含每個(gè)候選突變基因外顯子的兩端外延長10個(gè)堿基，以覆蓋剪接位點(diǎn)；

廣州醫(yī)科大學(xué)碩士學(xué)位論文24表15全外顯子測(cè)序檢測(cè)出的ALK融合基因類型ALK融合基因類型例數(shù)（人）ALK-EML44（40%）ALK-KLC13（30%）ALK-STRN1（10%）ALK-HIP12（20%）ALK-TFG1（10%）3.2體細(xì)胞突變結(jié)果10例ALK融合基因陽性晚期肺腺癌組織WES共檢測(cè)出264.0個(gè)體細(xì)胞突變，這些體細(xì)胞突變的數(shù)量在克唑替尼治療效果極差組和克唑替尼治療效果極好組分布有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異，治療效果極差組體細(xì)胞突變數(shù)量明顯多于治療效果好組（中位數(shù)：136.0vs31.0，P<0.001）。治療效果極差組體細(xì)胞突變數(shù)范圍：72.0～192.0，平均突變數(shù)：142.0，95%CI:82.0～200.0；治療效果極好組體細(xì)胞突變數(shù)范圍：10.0～40.0，平均突變數(shù)：31.0，95%CI:10.0～48.0，如圖3所示。圖3治療效果極差組和治療效果極好組患者體細(xì)胞突變的比較3.3TMB檢測(cè)結(jié)果克唑替尼治療效果極差組的5名患者TMB明顯高于克唑替尼治療效果極好組（P=0.002，95%CI：5.0～15.0），如圖4所示。5例治療效果極差組原發(fā)腫瘤組織TMB范圍：11.0～23.0，平均數(shù)：18.2，95%CI：12.0～24.0；5例治療效果極好組原發(fā)腫瘤組織TMB范圍：6.0～10.0，平均數(shù)：8.0，95%CI：6.0～10.0。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]晚期非小細(xì)胞肺癌患者腫瘤突變負(fù)荷與靶向治療療效相關(guān)性[J]. 童琳,丁寧,李佳旻,徐曉波,張勇,葉茂松,李春,張新,洪群英,周建,白春學(xué),胡潔.  中國臨床醫(yī)學(xué). 2019(04)
[2]ALK融合基因陽性非小細(xì)胞肺癌的臨床研究進(jìn)展[J]. 劉穎蕾,虞永峰,陸舜.  解放軍醫(yī)學(xué)雜志. 2019(06)
[3]ALK融合基因陽性非小細(xì)胞肺癌的研究進(jìn)展[J]. 宋鵬,張力,尚聰聰.  中國肺癌雜志. 2018(09)
[4]存在EML4-ALK融合基因非小細(xì)胞肺癌患者的臨床和病理學(xué)特征[J]. 劉曉晴,李曉燕,董嵩.  循證醫(yī)學(xué). 2010(04)



本文編號(hào)：3324030