基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控是一個(gè)精細(xì)、復(fù)雜的過程,是在大量的反式作用因子包括序列特異性轉(zhuǎn)錄因子、組蛋白修飾酶和染色質(zhì)重塑酶共同協(xié)調(diào)作用下進(jìn)行的。同時(shí)調(diào)控過程發(fā)生在染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的背景下,這也影響基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控。為了解染色質(zhì)結(jié)構(gòu)在基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控中的功能,本文首先研究了CTCF（又叫11-鋅指蛋白或CCCTC-結(jié)合因子）蛋白在遠(yuǎn)程染色質(zhì)相互作用中的功能。最近基因組范圍的研究揭示哺乳動(dòng)物的基因組形成拓?fù)湎嚓P(guān)結(jié)構(gòu)域（Topologically associated domains,TADs）和子功能域。同時(shí)以前的研究表明絕緣體結(jié)合蛋白:CTCF主要在維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域邊界中發(fā)揮關(guān)鍵作用。然而,本研究中發(fā)現(xiàn)絕大部分的CTCF結(jié)合位點(diǎn)在染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域內(nèi)與增強(qiáng)子交錯(cuò)分布,并不顯示其染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域邊界的功能,尤其是分布在結(jié)構(gòu)域內(nèi)的CTCF結(jié)合位點(diǎn)與附近的增強(qiáng)子活性呈正相關(guān),通過本研究得出如下結(jié)論:1、用改進(jìn)的高分辨率的Super-C方法,分別在小鼠ES和CD4 T細(xì)胞中鑒定出90518個(gè)和81773個(gè)高可信度相互作用,這些相互作用分布于啟動(dòng)子,P300結(jié)合的增強(qiáng)子以及CTCF結(jié)合的絕緣子之間。2、通過分析Super-C得到的... 

【文章來(lái)源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：125 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

“ENCODE”研究計(jì)劃的簡(jiǎn)要描述Figure1-1Summaryofthe“ENCODE”project.注釋：圖片摘自“ENCODE”計(jì)劃網(wǎng)頁(yè)圖1-1中展示的是目前“ENCODE”計(jì)劃中應(yīng)用到的各種方法，及其對(duì)應(yīng)的研究目的

即配對(duì)末端標(biāo)簽測(cè)序分析染色質(zhì)相互作用 Chromatin interaction ana-end tag sequencing，ChIA-PET）。圖 1-2 對(duì)在這類方法進(jìn)行了詳細(xì)形象ker et al. 2013)。

步驟包括：首先甲醛對(duì)細(xì)胞固定，獲得細(xì)胞內(nèi)自然狀態(tài)存在的各種空間上然后進(jìn)行酶切，并在 DNA 末端引入生物素標(biāo)記；重新連接后，獲得相互異源 DAN 片段；然后進(jìn)行建庫(kù)，測(cè)序，獲得空間相互作用的信息。圖 1Hi-C 的基本實(shí)驗(yàn)流程。


本文編號(hào)：3279893