發(fā)布時間：2021-03-20 20:25

　　隨著二代測序技術的不斷發(fā)展,RNA-seq得益于其單堿基水平的精度與高測序深度已逐漸發(fā)展成為轉錄組研究的一個最有力工具,能夠捕獲較以往技術更多的轉錄本尤其是那些表達豐度較低或組織特異性表達的轉錄本。小鼠（Mus musculus）作為生物學研究領域常見的模式生物,與人具有十分相近的親緣關系,共享著很大一部分的基因與遺傳物質(zhì)。因此,本研究擬基于小鼠15個重要組織（大腸、小腸、胃、睪丸及腦等）的RNA-seq數(shù)據(jù)對小鼠進行全基因組的重注釋,主要包括原注釋基因的修訂、非編碼基因的鑒定以及House-keeping基因和Tissue-specific基因的重定義與全方位注釋。非編碼RNA （ncRNA）是指那些由DNA轉錄生成,結構與mRNA類似,但是不編碼任何蛋白產(chǎn)物的RNA分子,通常只在RNA水平行使其生物學功能。它們長度不一、功能各異,如miRNA與siRNA主要介導目標基因的表達沉默,lncRNA則呈現(xiàn)非常多樣性的調(diào)控功能,在轉錄干擾、可變剪接調(diào)節(jié)、蛋白轉運等眾多生物學過程均發(fā)揮重要調(diào)控作用。盡管越來越多的非編碼RNA被陸續(xù)鑒定出來,但仍有大量的非編碼RNA未知。本研究利用一系列軟件（... 

【文章來源】：中國科學院大學(中國科學院北京基因組研究所)北京市

【文章頁數(shù)】：115 頁

【學位級別】：博士

【圖文】：

圖１．１分子生物學中必法則：ＲＮＡ在細胞核中被轉錄，加工完成后轉移至細胞質(zhì)中在核糖體翻譯成蛋??白質(zhì)（引自Ｗｉｋｉｐｅｄｉａ）

?譯水平的的調(diào)節(jié)、轉錄過程的調(diào)節(jié)，蛋白活力的調(diào)節(jié)與轉運Ｗ及改變ＲＮＡ的加工方式等ｔｕｉ，??如圖１．２所示。其中，ＩｎｃＲＮＡ約占所有非編碼ＲＮＡ的８０％，多由ＲＮＡ聚合酶ＩＩ轉錄而??成。早在ｍｉＲＮＡ成為研究熱點前，介導Ｘ染色體失活的轉錄因子Ｚ／Ｓｒ和參與染色體印??記的Ｗ７９等經(jīng)典ＩｎｃＲＮＡ就已被發(fā)現(xiàn)ｔｉ４’?１５：■。劑量補償效應是普遍存在于Ｗ性染色體決定性??別的物種（如哺乳動物）中一種平衡性染色體在雌雄個體中基因劑量的現(xiàn)象，不同物種機??制各異，較為常見的是通過雌性個體中一條Ｘ染色體的失活來實現(xiàn)。其中，沿ｓｒ就是Ｘ??染色體失活這一過程中的關鍵基因。乂ｚｓｒ長約１７化，在人類細胞中位于Ｘ染色體的長臂??（Ｘｑｌ３），通常與另外２個非編碼ＲＮＡ基因（々Ｘ和Ｆｔｔ）和２個蛋白編碼基因（ＴＪｘ和??ｃｗ如２）形成Ｘ染色體失活中屯、（ｘｉｃ）來指導其失活ｔｗ。雖然義Ｇｒ在劑量補償效應過程??中的作用已被證實，它的確切作用機制仍需要進一步深入的探索�；蛴∮浭侵冈谂渥影l(fā)??生期間，來自親本的等位基因在發(fā)育過程中發(fā)生不同的加工修飾，導致后代體細胞中兩個??親本來源的等位基因有不同的表達方式

加入的雙脫氧核糖核昔酸，送樣我們就獲得了不同長度的ＤＮＡ合成片段。然后通過凝膠??電泳和放射自顯影觀察，我們就可＾式從膠片中直接讀出待測ＤＮＡ的核巧酸排列順序。??Ｓａｎｇｅｒ法的測序原理及過程如圖１．３所示。??ｎｉＳｉＡ?３＇?１｜，?Ｊ??Ａ?Ｔ?ｃ?Ｃ?Ｔ?Ｇ?Ｓ＇??５＇??ＯｉＡ?ｐｏｔｙＴｅｎｗ??？，化??ｌｏｒｎ?＊＾ＰＨａｂｅ？？ｄ）??Ｔｅｍｃｔｅｔｅ??Ａ?了?０?Ｃ?Ｔ?Ｃ???ｆ?／＇Ａ＾ＷＶ?Ｔ?ＡＣＣ?ＡＣ??＾一?－ＶＡＷＶ?ＴＡＣＯ?Ａ??／ＶＷ／Ｗ??ＴＡＣ。???ＴＡＣ??攻護＾?ＡＡＷＡ?Ｔ?Ａ??Ｉ?．ＶＷＡ??ｒ??Ｗｃ??Ｍｒｊｉ?Ｎ．?Ｐｉｕ８ｆＹＳｔ？ｍ??，。－Ａ???ＡＴ?ＧＣ?－?Ｃ???■■?■■■■■■?ａｔＧＣＴＣ—??ｆ??Ｔ?ＡＣＱＡＣ?—???ＴＡＣＧＡ???ＴＡＣＧＡＣ??ＴＡＣＧＡ??—．■?—＇?Ｔ?Ａ?Ｏ?Ｏ????Ｔ?Ａ???ＴＡＣＯ??了?Ａ???ＴＡＣＯ??ｒ＆??Ｉ??Ｔ?ｅｔｃ??旅??ｏｆ??Ｓ?ｍＷｕｆ＂?｜ＪＭ??ａｎｄ?ｐｗｔ?ｓｙｓｔｔｆｆａｉ．??－Ｃ－Ｔ－Ａ－Ｇ＊Ｃ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ??圖１．３Ｓａｎｇｅｒ測序方法（ＳａｎｇｅｒＦｅＭ／．ｔ６Ｗ）。首先將單鏈ＤＮＡ與引物混合并分裝四個小管


本文編號：3091617