隨著二代測序技術(shù)的不斷發(fā)展,RNA-seq得益于其單堿基水平的精度與高測序深度已逐漸發(fā)展成為轉(zhuǎn)錄組研究的一個(gè)最有力工具,能夠捕獲較以往技術(shù)更多的轉(zhuǎn)錄本尤其是那些表達(dá)豐度較低或組織特異性表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本。小鼠（Mus musculus）作為生物學(xué)研究領(lǐng)域常見的模式生物,與人具有十分相近的親緣關(guān)系,共享著很大一部分的基因與遺傳物質(zhì)。因此,本研究擬基于小鼠15個(gè)重要組織（大腸、小腸、胃、睪丸及腦等）的RNA-seq數(shù)據(jù)對(duì)小鼠進(jìn)行全基因組的重注釋,主要包括原注釋基因的修訂、非編碼基因的鑒定以及House-keeping基因和Tissue-specific基因的重定義與全方位注釋。非編碼RNA （ncRNA）是指那些由DNA轉(zhuǎn)錄生成,結(jié)構(gòu)與mRNA類似,但是不編碼任何蛋白產(chǎn)物的RNA分子,通常只在RNA水平行使其生物學(xué)功能。它們長度不一、功能各異,如miRNA與siRNA主要介導(dǎo)目標(biāo)基因的表達(dá)沉默,lncRNA則呈現(xiàn)非常多樣性的調(diào)控功能,在轉(zhuǎn)錄干擾、可變剪接調(diào)節(jié)、蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)等眾多生物學(xué)過程均發(fā)揮重要調(diào)控作用。盡管越來越多的非編碼RNA被陸續(xù)鑒定出來,但仍有大量的非編碼RNA未知。本研究利用一系列軟件（... 

【文章來源】：中國科學(xué)院大學(xué)(中國科學(xué)院北京基因組研究所)北京市

【文章頁數(shù)】：115 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【圖文】：

圖１．１分子生物學(xué)中必法則：ＲＮＡ在細(xì)胞核中被轉(zhuǎn)錄，加工完成后轉(zhuǎn)移至細(xì)胞質(zhì)中在核糖體翻譯成蛋??白質(zhì)（引自Ｗｉｋｉｐｅｄｉａ）

?譯水平的的調(diào)節(jié)、轉(zhuǎn)錄過程的調(diào)節(jié)，蛋白活力的調(diào)節(jié)與轉(zhuǎn)運(yùn)Ｗ及改變ＲＮＡ的加工方式等ｔｕｉ，??如圖１．２所示。其中，ＩｎｃＲＮＡ約占所有非編碼ＲＮＡ的８０％，多由ＲＮＡ聚合酶ＩＩ轉(zhuǎn)錄而??成。早在ｍｉＲＮＡ成為研究熱點(diǎn)前，介導(dǎo)Ｘ染色體失活的轉(zhuǎn)錄因子Ｚ／Ｓｒ和參與染色體印??記的Ｗ７９等經(jīng)典ＩｎｃＲＮＡ就已被發(fā)現(xiàn)ｔｉ４’?１５：■。劑量補(bǔ)償效應(yīng)是普遍存在于Ｗ性染色體決定性??別的物種（如哺乳動(dòng)物）中一種平衡性染色體在雌雄個(gè)體中基因劑量的現(xiàn)象，不同物種機(jī)??制各異，較為常見的是通過雌性個(gè)體中一條Ｘ染色體的失活來實(shí)現(xiàn)。其中，沿ｓｒ就是Ｘ??染色體失活這一過程中的關(guān)鍵基因。乂ｚｓｒ長約１７化，在人類細(xì)胞中位于Ｘ染色體的長臂??（Ｘｑｌ３），通常與另外２個(gè)非編碼ＲＮＡ基因（々Ｘ和Ｆｔｔ）和２個(gè)蛋白編碼基因（ＴＪｘ和??ｃｗ如２）形成Ｘ染色體失活中屯、（ｘｉｃ）來指導(dǎo)其失活ｔｗ。雖然義Ｇｒ在劑量補(bǔ)償效應(yīng)過程??中的作用已被證實(shí)，它的確切作用機(jī)制仍需要進(jìn)一步深入的探索�；蛴∮浭侵冈谂渥影l(fā)??生期間，來自親本的等位基因在發(fā)育過程中發(fā)生不同的加工修飾，導(dǎo)致后代體細(xì)胞中兩個(gè)??親本來源的等位基因有不同的表達(dá)方式

加入的雙脫氧核糖核昔酸，送樣我們就獲得了不同長度的ＤＮＡ合成片段。然后通過凝膠??電泳和放射自顯影觀察，我們就可＾式從膠片中直接讀出待測ＤＮＡ的核巧酸排列順序。??Ｓａｎｇｅｒ法的測序原理及過程如圖１．３所示。??ｎｉＳｉＡ?３＇?１｜，?Ｊ??Ａ?Ｔ?ｃ?Ｃ?Ｔ?Ｇ?Ｓ＇??５＇??ＯｉＡ?ｐｏｔｙＴｅｎｗ??？，化??ｌｏｒｎ?＊＾ＰＨａｂｅ？？ｄ）??Ｔｅｍｃｔｅｔｅ??Ａ?了?０?Ｃ?Ｔ?Ｃ???ｆ?／＇Ａ＾ＷＶ?Ｔ?ＡＣＣ?ＡＣ??＾一?－ＶＡＷＶ?ＴＡＣＯ?Ａ??／ＶＷ／Ｗ??ＴＡＣ。???ＴＡＣ??攻護(hù)＾?ＡＡＷＡ?Ｔ?Ａ??Ｉ?．ＶＷＡ??ｒ??Ｗｃ??Ｍｒｊｉ?Ｎ．?Ｐｉｕ８ｆＹＳｔ？ｍ??，。－Ａ???ＡＴ?ＧＣ?－?Ｃ???■■?■■■■■■?ａｔＧＣＴＣ—??ｆ??Ｔ?ＡＣＱＡＣ?—???ＴＡＣＧＡ???ＴＡＣＧＡＣ??ＴＡＣＧＡ??—．■?—＇?Ｔ?Ａ?Ｏ?Ｏ????Ｔ?Ａ???ＴＡＣＯ??了?Ａ???ＴＡＣＯ??ｒ＆??Ｉ??Ｔ?ｅｔｃ??旅??ｏｆ??Ｓ?ｍＷｕｆ＂?｜ＪＭ??ａｎｄ?ｐｗｔ?ｓｙｓｔｔｆｆａｉ．??－Ｃ－Ｔ－Ａ－Ｇ＊Ｃ＊Ｔ＊Ａ＊Ｇ??圖１．３Ｓａｎｇｅｒ測序方法（ＳａｎｇｅｒＦｅＭ／．ｔ６Ｗ）。首先將單鏈ＤＮＡ與引物混合并分裝四個(gè)小管


本文編號(hào)：3091617