【摘要】：蛋白質是生命活動的主要承擔者。翻譯是蛋白質合成的過程。翻譯的過程主要包括核糖體聚集于m RNA(翻譯起始)、核糖體在m RNA上移動產生肽鏈(翻譯延伸)及肽鏈合成的終止(翻譯終止)。研究證明,翻譯延伸的調控將影響蛋白質合成的質量。翻譯延伸暫停被認為與新生肽鏈的翻譯共折疊高度相關。于是,翻譯延伸速率的測定就成為了翻譯調控領域的核心問題之一。錯誤折疊的蛋白質可能導致人類疾病。然而,目前仍然缺少可以全局測定生理條件下人細胞單基因水平的翻譯延伸速率的方法。利用三種RNA-seq技術,本研究通過實驗與計算相結合的方法提出延伸速率常數(shù)(Elongation Velocity Index,EVI)來全局測定生理條件下人細胞單基因水平的相對翻譯延伸速率。本研究成功地鑒定出翻譯延伸速率慢的基因(low-EVI Genes),并且發(fā)現(xiàn)沒有基因同時具有高效的起始效率和慢的延伸速率。分析表明,low-EVI基因所編碼的蛋白質具有更好的穩(wěn)定性。本研究發(fā)現(xiàn)了細胞特異性的翻譯慢的密碼子,這可能是翻譯減速的主要原因之一。本研究還探討了EVI調節(jié)在癌細胞中的意義。Low-EVI基因傾向于與維持癌細胞惡性表型的通路相關,而腫瘤抑制基因(Tumor Suppressor Genes,TSGs)的EVI在高度惡性的癌細胞中顯著升高�？傊�,EVI為揭示人細胞為什么不會同時增加基因的翻譯起始效率和降低翻譯延伸速率,以及為什么與癌癥相關的low-EVI基因會有更好的蛋白質質量提供了新的視角。
【圖文】：

圖 1 翻譯比例 TR 與延伸速率常數(shù) EVI 的測量方法。（A）細胞 mRNA-seq、RNC-seq 及 Ribo-Seq 的原理圖。（B）翻譯起始效率與翻譯延伸速率對核糖體密度的影響。3.2 總 mRNA 和正在翻譯的 mRNA（RNC-mRNA）測序

圖 2 四株細胞總 RNA 與 RNC-RNA 的 2.5%瓊脂糖電泳。（A）四株細胞的 RNA 電泳。（B四株細胞的 RNC-RNA 電泳。接著，本研究利用 NEBNext Poly(A)mRNAMagneticIsolationModule（Ne
【學位授予單位】：暨南大學
【學位級別】：博士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：Q75

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本文編號：2683264