本文關鍵詞：利用mtDNA和微衛(wèi)星分析羚牛秦嶺亞種遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)　出處：《陜西師范大學》2016年博士論文　論文類型：學位論文

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【摘要】：羚牛(Budorcas taxicolor),屬偶蹄目(Artodactyla)、�？�(Bovidae),分布于亞洲大陸的印度、尼泊爾、不丹、緬甸及中國�，F(xiàn)存4個亞種,即指名亞種(B.taxicolor taxicolor)、秦嶺亞種(B.taxicolor bedfrdi)、四川亞種(B.taxicolor tibetana)和不丹亞種(B.taxicolor whitei)。秦嶺亞種僅布于陜西秦嶺山脈部分區(qū)域。IUCN將其列為VU(易危)級,我國將其列為Ⅰ類重點保護動物,收錄在CITES附錄Ⅱ中。鑒于秦嶺羚牛的瀕危程度,陜西省政府建立了多個保護區(qū);開展了有關羚牛個體生態(tài)、行為、繁殖等方面的研究項目;并制定了一系列法律法規(guī)來保護羚牛。隨著保護工作的開展,羚牛秦嶺亞種的種群數(shù)量也在逐年增加。但是種群數(shù)量的增加,羚牛種群的遺傳多樣性是否增加,群體的適應性否是隨著增加,種群是否因為數(shù)量增加出現(xiàn)近親繁殖等情況。這些基本的遺傳資料還屬于空白。在進行秦嶺羚牛物種保護時,除了要了解羚牛的種群數(shù)量、生活習性等,還必須了解羚牛的遺傳多樣性。本研究利用mtDNAD-Loop區(qū)序列和微衛(wèi)星兩種分子標記技術,運用多種遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析方法,對羚牛秦嶺亞種3個群體的種群遺傳學各個方面各個指數(shù)進行深入系統(tǒng)地分析和研究。研究結(jié)果如下:1)對羚牛秦嶺亞種mtDNA基因組全序列進行了提取、擴增、測序、拼接和注釋,最后得到16,662bp堿基序列。注釋了 37個基因和一個A+T富集區(qū),得到37個基因的排列順序。構(gòu)建了 tRNASer(AGY)為二葉草二級結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)tRNA二級結(jié)構(gòu)的錯配以GU錯配為主,與其他哺乳動物相似。13個蛋白質(zhì)編碼基因密碼子與其他�？苿游锘疽恢�,證明牛科動物線粒體基因組在進化上高度保守是一致的。構(gòu)建了羚牛的系統(tǒng)發(fā)育樹,推測羚牛與麝牛形態(tài)和行為上很強的相似性可能是趨同進化的結(jié)果,兩者之間的遺傳距離較遠。2)對秦嶺佛坪-寧陜自然保護區(qū)、周至-太白自然保護、長青自然保護區(qū)三個地區(qū)采集到的76只羚牛秦嶺亞種mtDNAD-Loop區(qū)序列進行了遺傳多樣性分析。研究獲得1053bp序列,其中保守位點995個,單變異位點39個,簡約信息位點18個,變異位點數(shù)為57個。變異位點占序列總數(shù)的5.50%。76條序列的平均堿基含量分別為 A = 32.85%,T = 29.05%,C = 23.61%,G= 14.49%,A+T 含量大于G+C含量。分析結(jié)果顯示:①76個樣本中共發(fā)現(xiàn)21個單倍型,單倍型在3個群體間是混亂分布的,但是每個群體又擁有獨特的單倍型,單倍型間的平均遺傳距離為0.008,遺傳變異較小。線粒體單倍型系統(tǒng)樹和網(wǎng)絡圖顯示著3個群體分為兩大分支,可能出現(xiàn)淺分化。②秦嶺羚牛的單倍型多樣度為0.513,核苷酸多樣度為0.00350,秦嶺羚牛遺傳多樣性較低。三個群體間基因流大小不同,佛坪-寧陜自然保護區(qū)和周至-太白自然保護區(qū)群體之間基因流最小,長青自然保護區(qū)與周至-太白自然保護區(qū)群體之間基因流最大。③秦嶺羚牛3個群體的Tajima's D值和Fu's Fs值均顯著小于0,表明種群偏離中性假說,經(jīng)歷過擴張,通過計算,種群擴張發(fā)生在1.57萬年前,處于第四紀末冰期時期。3)秦嶺羚牛76個個體的20個微衛(wèi)星座位共檢測到171個等位基因,有14個位點檢測出有無效等位基因的存在,無效等位基因的頻率-0.404到0.357,此頻率不影響羚牛種群遺傳多樣性分析。20個位點的平均多態(tài)信息含量為0.576,最低為P6位點的0.321,最高為P2位點的0.851。這20個位點具有中等偏高的多態(tài)性,可以提供較高的遺傳多樣度信息,可以用于秦嶺羚牛遺傳多樣性分析。微衛(wèi)星分析結(jié)果顯示:秦嶺羚牛觀察雜合度平均值為0.342,小于期望雜合度平均值0.629,表現(xiàn)出遺傳多樣性較低,群體出現(xiàn)雜合子不足的情況。由于雜合子不足,秦嶺羚牛3個群體都偏離哈迪-溫伯格平衡。秦嶺羚牛種群近期沒有經(jīng)歷瓶頸效應。秦嶺羚牛3個群體的近交系數(shù)都為正值,說明引起秦嶺羚牛雜合子不足、偏離哈迪-溫伯格平衡的原因是秦嶺羚牛種群數(shù)量快速增加,種群密度增大,出現(xiàn)近親繁殖,導致羚牛遺傳多樣性低,雜合子少的情況出現(xiàn)。
[Abstract]:Budorcas taxoids , Artobrayla , Bovidae , India , Nepal , Bhutan , Myanmar and China , which are distributed on the Asian continent . There are currently 4 subspecies , namely , named subspecies ( B.taxoids taxoids ) , Qinling subspecies ( B.taxoids bedfrdi ) , Sichuan subspecies ( B.taxoids tibetana ) and Bhutan subspecies ( B.taxoids whitei ) . In this paper , we have studied the genetic diversity of the population genetics of the three populations in Qinling Mountains . The results are as follows : 1 ) The species diversity and the genetic diversity of the species in Qinling Mountains of Qinling Mountains are analyzed and studied . The results showed that : 鈶，

本文編號：1400042