本文關(guān)鍵詞：基于多種生物數(shù)據(jù)的miRNA簇進(jìn)化與miRNA腫瘤標(biāo)志物研究　出處：《吉林大學(xué)》2016年博士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： mi R-302/367簇 進(jìn)化 靶基因預(yù)測(cè) mi RNA亞型 吸引子傳播聚類算法 臂轉(zhuǎn)換 腫瘤標(biāo)志物

【摘要】：本文采用生物信息學(xué)的研究方法,對(duì)mi RNA簇的進(jìn)化,腫瘤中mi RNA亞型表達(dá)譜及mi RNA臂轉(zhuǎn)換等三個(gè)方面進(jìn)行研究,并使用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中mi RNA-seq數(shù)據(jù)集去尋找潛在的mi RNA腫瘤標(biāo)志物。具體內(nèi)容如下:1.建立了一整套mi RNA簇進(jìn)化和功能研究分析流程。首先,本文系統(tǒng)地在58個(gè)物種中對(duì)干細(xì)胞特異的mi R-302/367簇進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)mi R-302/367簇的進(jìn)化可以用串聯(lián)模型解釋;其次,本文提出了一個(gè)整合現(xiàn)有mi RNA靶基因預(yù)測(cè)工具的預(yù)測(cè)方法,同時(shí)應(yīng)用此方法預(yù)測(cè)mi R-302/367簇中成員的靶基因,并進(jìn)行功能分析;最后,在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的腫瘤mi RNA-seq數(shù)據(jù)中發(fā)現(xiàn)mi R-302/367部分成員在腎癌中存在顯著差異表達(dá),據(jù)此可揭示其成為潛在腫瘤標(biāo)志物的可能性。2.本文提出了以mi RNA亞型變異度,mi RNA臂轉(zhuǎn)換為分析目標(biāo)的腫瘤標(biāo)志物發(fā)掘新方法。首先,采用改進(jìn)的吸引子傳播聚類算法對(duì)mi RNA亞型對(duì)靶基因的影響進(jìn)行研究,結(jié)果表明mi RNA亞型與mi RNA臂轉(zhuǎn)換一樣可以影響最終的靶基因,同時(shí)說(shuō)明mi RNA亞型與mi RNA臂轉(zhuǎn)換作為腫瘤標(biāo)志物是有生物意義的;其次,通過(guò)分析mi RNA-seq數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)這類衡量mi RNA亞型變異度的指標(biāo)在腫瘤組織與癌旁組織中存在明顯差異。在TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中,經(jīng)過(guò)秩和檢驗(yàn)與倍數(shù)變換篩選得到16類腫瘤對(duì)應(yīng)的候選mi RNA腫瘤標(biāo)志物集合,在其中的12類腫瘤中采用支持向量機(jī)分類以及留一交叉驗(yàn)證法篩選出潛在的mi RNA組合腫瘤標(biāo)志物;最后,在33類腫瘤中對(duì)mi RNA臂轉(zhuǎn)換現(xiàn)象進(jìn)行分析,統(tǒng)計(jì)結(jié)果表明臂轉(zhuǎn)換普遍存在于腫瘤中,并且其轉(zhuǎn)換程度在各類腫瘤之間存在差異。這些都為尋找新型mi RNA腫瘤標(biāo)志物奠定了良好的基礎(chǔ)。
【學(xué)位授予單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R730;TP311.13;Q811.4

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