為了降低草魚(yú)養(yǎng)殖水體中的氨氮及亞硝酸鹽等污染物,通過(guò)定向富集的方法篩選到一株具有良好脫氮性能的施氏假單胞菌（Pseudomonas stutzeri） SC221。用鉆60對(duì)該菌進(jìn)行輻射誘變,發(fā)現(xiàn)該菌的反硝化脫氮能力從50mg/L提高到了100mg/L。經(jīng)過(guò)輻射誘變后的菌株被命名為SC221-M。隨后研究了不同環(huán)境條件（不同氮源、碳源、碳氮比和溫度）對(duì)SC221-M生長(zhǎng)、脫氮率及反硝化酶基因表達(dá)的影響,結(jié)果表明SC221-M的最佳脫氮條件為：氮源為亞硝酸鈉、碳源為檸檬酸鈉,碳氮比為4-8,溫度為20-35℃。環(huán)境因素能夠顯著影響SC221-M的生長(zhǎng)及其脫氮率,且脫氮率與反硝化酶基因的表達(dá)量之間有一定的相關(guān)性。通過(guò)Illumina Hiseq2000平臺(tái)測(cè)序和序列組裝,發(fā)現(xiàn)施氏假單胞菌SC221-M的基因組大小為4545027bp,GC含量為64.01%,共131個(gè)scaffold,399個(gè)contig。與參考菌株DSM4166的基因組進(jìn)行比對(duì),發(fā)現(xiàn)SC221-M基因組共有60641個(gè)SNP,基因區(qū)內(nèi)的同義突變?yōu)?3396個(gè),非同義突變?yōu)?0743個(gè)。InDel分析顯示,基因組中沒(méi)有插入... 

【文章來(lái)源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：137 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
目錄
常用英文縮略詞
第一章 文獻(xiàn)綜述
    引言
    第一節(jié) 降低池塘污染的方法
        1 物理方法
        2 化學(xué)方法
        3 生物方法
            3.1 水生植物
            3.2 藻類(lèi)
            3.3 水體復(fù)合材料
    第二節(jié) 益生菌在水產(chǎn)養(yǎng)殖及水體凈化中的應(yīng)用
        1 芽孢桿菌
        2 光合細(xì)菌
        3 硝化細(xì)菌
        4 反硝化細(xì)菌
        5 酵母菌
        6 乳酸菌
        7 復(fù)合菌
        8 益生菌研究及應(yīng)用中存在的問(wèn)題
    第三節(jié) 施氏假單胞菌的研究進(jìn)展
        1 施氏假單胞菌概述
        2 降解有機(jī)污染物
        3 降低礦物及重金屬污染
        4 用于化工及DNA的自然轉(zhuǎn)化
        5 固氮
        6 好氧反硝化
    第四節(jié) 本研究的目的、意義與主要研究?jī)?nèi)容
第二章 施氏假單胞菌SC221-M的篩選及脫氮特性研究
    摘要
    1 材料與方法
        1.1 主要試劑
        1.2 主要儀器
        1.3 樣品的采集與處理
        1.4 培養(yǎng)液的馴化
        1.5 菌的分離
        1.6 菌的篩選
        1.7 菌的鑒定
        1.8 菌的誘變
        1.9 脫氮試驗(yàn)設(shè)計(jì)
        1.10 nirS和nosZ基因相對(duì)表達(dá)量檢測(cè)
        1.11 數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)與分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 菌的篩選結(jié)果
        2.2 菌的形態(tài)特征及16S rDNA鑒定結(jié)果
        2.3 SC221輻射后去除亞硝酸鹽能力的變化
        2.4 氮源對(duì)SC221-M生長(zhǎng)、脫氮及基因表達(dá)的影響
        2.5 碳源對(duì)SC221-M生長(zhǎng)、脫氮及基因表達(dá)的影響
        2.6 碳氮比對(duì)SC221-M生長(zhǎng)、脫氮及基因表達(dá)的影響
        2.7 溫度對(duì)SC221-M生長(zhǎng)、脫氮及基因表達(dá)的影響
    3 討論
        3.1 從草魚(yú)養(yǎng)殖池塘中篩選反硝化細(xì)菌
        3.2 施氏假單胞菌的誘變
        3.3 氮源對(duì)施氏假單胞菌生長(zhǎng)及反硝化的影響
        3.4 碳源對(duì)施氏假單胞菌生長(zhǎng)及反硝化的影響
        3.5 碳氮比對(duì)施氏假單胞菌生長(zhǎng)及反硝化的影響
        3.6 溫度對(duì)施氏假單胞菌生長(zhǎng)及反硝化的影響
    4 小結(jié)
第三章 施氏假單胞菌SC221-M的全基因組測(cè)序及分析
    摘要
    1 材料與方法
        1.1 主要試劑
        1.2 主要儀器
        1.3 測(cè)序樣品的準(zhǔn)備
        1.4 測(cè)序的流程
        1.5 原始測(cè)序數(shù)據(jù)的處理
        1.6 序列的組裝
        1.7 計(jì)算覆蓋度和平均深度
        1.8 SNP和InDel檢測(cè)
        1.9 系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析
        1.10 反硝化酶基因分布
        1.11 NirS與NosZ蛋白的突變分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 測(cè)序結(jié)果的概況
        2.2 細(xì)菌基因組的概況
        2.3 測(cè)序深度和覆蓋度統(tǒng)計(jì)
        2.4 SNP和InDel檢測(cè)結(jié)果
        2.5 施氏假單胞菌的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
        2.6 SC221-M中nar相關(guān)基因的分布圖
        2.7 SC221-M中nap相關(guān)基因的分布圖
        2.8 SC221-M中nir相關(guān)基因的分布圖
        2.9 SC221-M中nor相關(guān)基因的分布圖
        2.10 SC221-M中nos相關(guān)基因的分布圖
        2.11 SC221-M中amoA基因的分布圖
        2.12 施氏假單胞菌反硝化相關(guān)蛋白NirS和NosZ的突變分析
    3 討論
    4 小結(jié)
第四章 益生菌對(duì)草魚(yú)養(yǎng)殖水體水質(zhì)和菌群結(jié)構(gòu)的影響
    摘要
    1 材料與方法
        1.1 主要試劑
        1.2 主要儀器
        1.3 菌粉的制作
        1.4 養(yǎng)殖試驗(yàn)
        1.5 水質(zhì)指標(biāo)測(cè)定
        1.6 養(yǎng)殖試驗(yàn)數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)與分析
        1.7 水體細(xì)菌樣品的采集與處理
        1.8 水體細(xì)菌總DNA的提取及PCR擴(kuò)增
        1.9 測(cè)序數(shù)據(jù)的分析
    2 結(jié)果與分析
        2.1 天氣
        2.2 水溫
        2.3 pH
        2.4 透明度
        2.5 葉綠素a
        2.6 TDS
        2.7 氨氮
        2.8 亞硝酸鹽
        2.9 硝酸鹽
        2.10 總無(wú)機(jī)氮
        2.11 總氮
        2.12 正磷酸鹽
        2.13 總磷
        2.14 COD
        2.15 BOD
        2.16 硬度
        2.17 稀疏曲線
        2.18 聚類(lèi)分析
        2.19 主坐標(biāo)分析
        2.20 微生物群落結(jié)構(gòu)比較
        2.21 各試驗(yàn)組OTU之間的網(wǎng)絡(luò)圖
        2.22 微生物群落詳細(xì)對(duì)比圖
    3 討論
    4 小結(jié)
提示、創(chuàng)新點(diǎn)和后續(xù)研究展望
參考文獻(xiàn)
攻讀博士學(xué)位期間主要的研究成果
致謝



本文編號(hào)：2918830