蛋白質(zhì)功能模塊是通過相互作用或一起執(zhí)行某個特定的分子功能的蛋白質(zhì)組,對其探究有助于了解細(xì)胞進(jìn)程,生命活動和疾病機理。識別蛋白質(zhì)功能模塊是蛋白質(zhì)組學(xué)領(lǐng)域中一個非常熱門的研究方向,通過計算方法進(jìn)行蛋白質(zhì)模塊識別既可以節(jié)省大量的時間和資源,還能給出潛在的功能模塊。目前基于計算方法的蛋白質(zhì)功能模塊檢測方法可以分為兩類:有監(jiān)督的和無監(jiān)督的檢測方法。大多數(shù)的無監(jiān)督方法認(rèn)為蛋白質(zhì)功能模塊存在于PPI網(wǎng)絡(luò)圖中比較密集的區(qū)域。有監(jiān)督的方法則通過參考數(shù)據(jù)集的信息特征訓(xùn)練分類模型來指導(dǎo)功能模塊的識別,但是特征提取的不充分和PPI數(shù)據(jù)的噪聲都會導(dǎo)致分類模型不準(zhǔn)確。本文首先提出了一個基于邏輯回歸分類模型和局部結(jié)構(gòu)信息的打分函數(shù)。訓(xùn)練分類模型時,通過選取24個特征來提高分類模型的準(zhǔn)確度。將分類模型和局部結(jié)構(gòu)信息結(jié)合以降低PPI數(shù)據(jù)噪聲所帶來的負(fù)面影響。最后,基于該打分函數(shù)設(shè)計了新的功能模塊檢測算法。在四個大規(guī)模酵母數(shù)據(jù)集上與經(jīng)典的無監(jiān)督檢測方法進(jìn)行了對比實驗,實驗結(jié)果表明本文提出的算法在MMR值得分上高于其它算法,綜合得分大多數(shù)情況下也高于其他算法。還在五個酵母數(shù)據(jù)集上與經(jīng)典的有監(jiān)督檢測方法進(jìn)行了對比實驗,實驗結(jié)... 

【文章來源】：北京交通大學(xué)北京市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２－１蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)示意圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｔｈｅ?ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＰＰＩ?ｎｅｔｗｏｒｋ??

?相關(guān)背景知識??作用網(wǎng)絡(luò)的示意圖如圖２－１所示：??？?ｉ??圖２－１蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)示意圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－１?Ｔｈｅ?ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｏｎ?ｏｆ?ＰＰＩ?ｎｅｔｗｏｒｋ??一個ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)可以被抽象地定義為一個圖像圖Ｇ＝（Ｖ，Ｅ），其中Ｖ代表ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)??中的蛋白質(zhì)節(jié)點，Ｅ代表蛋白質(zhì)節(jié)點中的連邊。圖Ｇ的權(quán)重可用來表示ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)??中節(jié)點之間的拓?fù)浠蚬δ芴匦�。ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)是一種高度動態(tài)化和結(jié)構(gòu)化的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)。??它主要包含下面３個拓?fù)涮匦裕??（１）無尺度分布（ｓｃａｌｅ－ｆｒｅｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ）。我們定義《（＾為度分布，它指的是??網(wǎng)絡(luò)中選定節(jié)點有Ｋ個連接的概率，如圖２－２所示：??＾￣￣￣￣？?４）????（〇）?？????（ｂ—???圖２－２網(wǎng)絡(luò)圖??Ｆｉｇｕｒｅ?２－２?Ｔｈｅ?ｇｒａｐｈ?ｏｆ?ｎｅｔｗｏｒｋ??在圖２－２中，第一個星型網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的度為１和６，并不存在其他值。第二個??規(guī)則網(wǎng)絡(luò)的任意頂點度都相等。這兩個圖并沒有度分布。但在ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)中的度分??布幾乎都符合冪律分布。如公式（２－１）所示：??ｎ（ｋ）＝ｋ＇ｙ?／?＾（ｙ）?（２－

?（２－２）??由此可知蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)正是一個符合冪律分布的無規(guī)模蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)［３７］。如??圖２－３所示：??１?，?＞?＞ｋ??１０?１００?１０００??？？???０．０１?．－??—?????０?００１??????ＸＸ?？ＫＳＭｂｎ？ＢＫＸ?Ｘ??０．０００１??—???０．００００１??????？？？？？－??－—????圖２－３酵母ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)中節(jié)點的度分布??Ｆｉｇｕｒｅ?２－３?ｄｅｇｒｅｅ?ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ?ｏｆ?ｎｏｄｅｓ?ｉｎ?Ｙｅａｓｔ?ＰＰＩ?Ｎｅｔｗｏｒｋｓ??在圖２－３中，ｘ軸為ｋ值，ｙ軸為度分布；１０），圖中的直線為滿足度分布的最??佳擬合線。無尺度分布意味著ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)中的絕大多數(shù)蛋白質(zhì)只是參與了一個或兩??個相互作用，而一小部分蛋白質(zhì)參與數(shù)十種相互作用形成了功能模塊。因此無尺??度分布特性使得ＰＰＩ網(wǎng)絡(luò)圖更加穩(wěn)定［３８］。??（２）

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號：3268603