本文關鍵詞：5個miniSTR基因座四色熒光復合擴增體系的建立及應用　出處：《重慶醫(yī)科大學》2012年碩士論文　論文類型：學位論文

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【摘要】：目的：短串聯(lián)重復序列（short tandem repeat locus,STR）存在于人類基因組的基因及基因外區(qū)域，其含有大量的遺傳標記（geneticmarker,GM）,目前在構(gòu)建基因連鎖圖，診斷基因遺傳性疾病,個人識別及親子鑒定中有著十分重要的作用。然而，實際檢案中經(jīng)常出現(xiàn)DNA樣本因不同原因出現(xiàn)降解、斷裂、片段丟失以及樣本量過少等情況，此時，應用傳統(tǒng)STR技術(shù)往往不能成功分型。在經(jīng)過研究和探索后，，miniSTR技術(shù)應運而生。miniSTR技術(shù)的優(yōu)點在于通過對現(xiàn)有STR基因座引物進行重新的設計和優(yōu)化，使其在擴增時引物的結(jié)合更靠近核心重復序列的側(cè)翼區(qū)，進行PCR擴增的產(chǎn)物和普通STR技術(shù)擴增產(chǎn)物相比，片段的大小有了很大的縮短，解決了STR技術(shù)的諸多不足，并運用于遇難者的個體識別，稱為。目前CODIS系統(tǒng)內(nèi)的STR基因座并非都適用于miniSTR技術(shù)。因此尋找更多的非CODIS系統(tǒng)以外的miniSTR基因座能大大加強檢測效能，并對其在人群中基因頻率等統(tǒng)計學參數(shù)進行調(diào)查，為建立符合中國人群的miniSTR試劑盒提供數(shù)據(jù)支持。本文建立了熒光標記CODIS系統(tǒng)以外的D1S1676，D2S441，D3S4529，D22S1045四個miniSTR及amelogenin基因座復合擴增體系，并對重慶地區(qū)漢族200名無關個體此5個基因座的遺傳多態(tài)性進行研究分析。 方法：通過查閱文獻獲得D1S1676，D2S441，D3S4529，D22S1045，amelogenin5個miniSTR基因座的引物序列，應用NCBI數(shù)據(jù)庫進行比對， primer premier5．0、 autodimerv1軟件對引物進行重新設計。運用正交實驗法優(yōu)化模板濃度、Mg2+濃度、引物濃度及酶的用量、最佳退火溫度條件后，設置28，29，30，31，32次PCR循環(huán)次數(shù)進行試驗。分別用5′TAMRA標記D1S1676引物，5′6-FAM標記D2S441和D3S4529引物，5′HEX標記D22S1045引物，5′TET標記amelogenin引物，構(gòu)建及優(yōu)化符合擴增體系，運用3130基因分析儀檢測并收集電泳結(jié)果數(shù)據(jù)，通過Gene Mapper v3.2.1軟件計算擴增產(chǎn)物片段相對大小以及進行樣本基因型分型，建立5個miniSTR基因座熒光標記復合擴增體系，并對200名重慶地區(qū)漢族無關個體血樣進行檢測分型。 結(jié)果：5個miniSTR基因座熒光標記復合擴增體系每個位點都獲得清晰的分型結(jié)果。對重慶地區(qū)漢族無關個體200份血樣進行分型，5個基因座分別檢出9，9，8，9，2個等位基因和103種基因型，其基因型分布均符Hardy-Weinberg平衡。其中D1S1676，D2S441，D3S4529，D22S1045基因座在重慶漢族群體的雜合度分別依次為0．71，0．765，0．73，0．71；多態(tài)信息含量分別依次為：0．660041，0．798329，0．753177，0．797888；累計非父排除率為0．9248004，累計個人識別機率為0．9999551。 結(jié)論：熒光標記D1S1676，D2S441，D3S4529，D22S1045，amelogenin5個miniSTR基因座復合擴增體系，每個基因座可獲得準確分型；重慶漢族群體該5個基因座的遺傳學數(shù)據(jù)在重慶漢族無關個體中顯示其具有較高的個體識別率及非父排除率，可作為群體遺傳學和法醫(yī)學研究與應用的基礎資料。
【學位授予單位】：重慶醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2012
【分類號】：D919

【參考文獻】

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