發(fā)布時(shí)間：2021-03-08 08:24

　　目的 構(gòu)建胃癌相關(guān)競爭內(nèi)源性RNA（ceRNA）網(wǎng)絡(luò),探索胃癌發(fā)生、發(fā)展的分子機(jī)制。方法 應(yīng)用生物芯片技術(shù)測定胃癌及對(duì)應(yīng)癌旁組織的信使RNA（mRNA）、微小RNA（miRNA）和長鏈非編碼RNA（lncRNA）表達(dá)譜,應(yīng)用R軟件中的edgeR包篩選差異表達(dá)基因并繪制火山圖,基于miRNA－lncRNA在線預(yù)測工具lncBase數(shù)據(jù)庫和miRNA靶基因預(yù)測數(shù)據(jù)庫預(yù)測mRNA、miRNA和lncRNA的相互作用關(guān)系,采用Cytoscape軟件構(gòu)建胃癌lncRNA－miRNA－mRNA ceRNA網(wǎng)絡(luò),根據(jù)cytohubba計(jì)算各節(jié)點(diǎn)degree得分篩選關(guān)鍵基因（hub基因）。運(yùn)用注釋、可視化和集成發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)庫（DAVID）,對(duì)差異表達(dá)的mRNA進(jìn)行基因本體論（GO）功能富集和京都基因與基因組百科全書（KEGG）通路富集分析。在OncoLnc數(shù)據(jù)庫中,選擇腫瘤基因組計(jì)劃（TCGA）數(shù)據(jù)集的胃癌項(xiàng)目,輸入hub基因,以標(biāo)準(zhǔn)化后基因表達(dá)量中位數(shù)為界值,將樣本分為高表達(dá)組和低表達(dá)組,并進(jìn)行生存分析。結(jié)果 共篩出差異表達(dá)的mRNA 766個(gè),miRNA 10個(gè),lncRNA 110個(gè),其中90個(gè)mR... 

【文章來源】：中華腫瘤雜志. 2020,(02)

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【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]長鏈非編碼RNA-肺腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄子1調(diào)控食管癌EC-109細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移的機(jī)制[J]. 張清琴,崔艷慧,王穎,寇衛(wèi)政,曹飛,曹向軍,苗戰(zhàn)會(huì),康小紅.  中華腫瘤雜志. 2017 (06)



本文編號(hào)：3070741