研究黑果枸杞在不同濃度鹽脅迫下基因表達譜變化情況,為進一步研究黑果枸杞抗鹽分子機制奠定研究基礎(chǔ)。對0（CK）、50、250 mmol/L NaCl溶液脅迫的黑果枸杞組培苗的根和葉在脅迫時間為0、1、12 h時分別取樣,采用轉(zhuǎn)錄組測序（RNASeq）技術(shù)進行測序分析。結(jié)果表明,轉(zhuǎn)錄組測序共產(chǎn)生222.49 Gb原始數(shù)據(jù),拼接出Unigenes 86 037條,注釋到7大功能數(shù)據(jù)庫（GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG）上的Unigenes總數(shù)為46 594個,占總Unigenes的54.76%,還有38 929個Unigenes在這些數(shù)據(jù)庫中沒有得到注釋。通過GO分類和KEGG Pathway富集性分析,分別歸于51個GO類別和211條代謝途徑。差異表達基因分析顯示,黑果枸杞葉片和根的上調(diào)基因和下調(diào)基因數(shù)隨著NaCl濃度的增大和處理時間的延長均呈增加趨勢,葉片中的上調(diào)基因數(shù)（7 514）小于下調(diào)基因數(shù)（9 032）,根中的上調(diào)基因數(shù)（12 347）大于下調(diào)基因數(shù)（11 559）。在黑果枸杞鹽脅迫下轉(zhuǎn)錄組中發(fā)現(xiàn)28 325個SSR位點,最多的為單核苷... 

【文章來源】：生物技術(shù)通報. 2020,36(02)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 NaCl處理
        1.2.2 總RNA的提取、文庫構(gòu)建和轉(zhuǎn)錄組測序
        1.2.3 Unigene功能注釋和差異表達基因分析
2 結(jié)果
    2.1 總RNA質(zhì)量檢測和組裝結(jié)果分析
    2.2 基因功能注釋
    2.3 GO注釋和分類
    2.4 KOG注釋和分類
    2.5 KEGG代謝通路分析
    2.6 Unigene差異表達分析
    2.7 SSR信息分析
3 討論
4 結(jié)論


【參考文獻】：
期刊論文
[1]黑果枸杞轉(zhuǎn)錄組SSR信息分析及分子標記開發(fā)[J]. 尹躍,安巍,趙建華,王亞軍,樊云芳,曹有龍.  浙江農(nóng)林大學(xué)學(xué)報. 2019(02)
[2]3個種群黑果枸杞葉片解剖結(jié)構(gòu)的耐鹽性分析[J]. 馬彥軍,許晶晶,韓謹如,馬瑞.  干旱區(qū)資源與環(huán)境. 2018(04)
[3]黑果枸杞R1-MYB轉(zhuǎn)錄因子基因的克隆及表達分析[J]. 王翠平,陳建偉,嚴莉,喬改霞,李健.  中草藥. 2018(01)
[4]基于轉(zhuǎn)錄組信息的黑果枸杞MYB轉(zhuǎn)錄因子家族分析[J]. 嚴莉,王翠平,陳建偉,喬改霞,李健.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2017(20)
[5]基于山桐子轉(zhuǎn)錄組序列的SSR分子標記開發(fā)[J]. 李娜,姚民,梅蘭菊,廖望,陳放,唐琳.  應(yīng)用與環(huán)境生物學(xué)報. 2017(05)
[6]NaCl脅迫對黑果枸杞葉片生理指標的影響[J]. 張榮梅,馬彥軍.  甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報. 2017(04)
[7]基于馬尾松轉(zhuǎn)錄組的SSR分子標記開發(fā)及種質(zhì)鑒定[J]. 梅利那,范付華,崔博文,文曉鵬.  農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報. 2017(06)
[8]黑河下游荒漠植物黑果枸杞葉片性狀特征及其鹽分響應(yīng)[J]. 武燕,尹建軍,李善家.  生態(tài)學(xué)雜志. 2017(05)
[9]黑果枸杞抗逆性及栽培育種研究進展[J]. 劉麗萍,張東智,張沖,陳金煥.  生物技術(shù)通報. 2016(10)
[10]利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)鑒定紫花苜蓿根系鹽脅迫應(yīng)答基因[J]. 馬進,鄭鋼.  核農(nóng)學(xué)報. 2016(08)

博士論文
[1]海濱錦葵鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組分析和抗鹽基因研究[D]. 湯曉麗.中國科學(xué)院煙臺海岸帶研究所 2016

碩士論文
[1]短期鹽脅迫下中國石竹幼苗響應(yīng)的轉(zhuǎn)錄組測序、組裝和分析[D]. 張倩倩.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]鹽脅迫下濱柃（Eurya emarginata）幼苗的生理響應(yīng)和轉(zhuǎn)錄組分析[D]. 趙路遙.浙江海洋大學(xué) 2017
[3]鹽生植物遼寧堿蓬（Suaeda liaotungensis K.）轉(zhuǎn)錄組測序及分析[D]. 曹盈.遼寧師范大學(xué) 2013



本文編號：3641268