細胞外基質(zhì)(extracellular matrix,ECM)蛋白質(zhì)是細胞微環(huán)境的重要組成部分,它不僅可以通過與其他蛋白質(zhì)的相互作用為細胞提供機械結(jié)構(gòu)支持,還可以通過信號傳導對細胞功能進行調(diào)節(jié)。ECM蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能失調(diào)會導致成骨不全、軟骨發(fā)育異常、馬凡綜合征、纖維化和癌癥等嚴重的疾病,為了更好地研究這些疾病的發(fā)病機制并發(fā)掘潛在的診斷及治療靶點,有必要對ECM蛋白質(zhì)的組成和功能進行更加深入的研究。蛋白質(zhì)組學方法不僅可以通量鑒定分泌到胞外的ECM蛋白質(zhì),還可以對ECM蛋白質(zhì)的共價交聯(lián)和修飾進行分析,因此是研究ECM蛋白質(zhì)的有力工具。與此同時,構(gòu)建ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具和參考數(shù)據(jù)庫是進行ECM蛋白質(zhì)組研究的必要條件。目前ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具和參考數(shù)據(jù)庫的研發(fā)相互獨立,并且它們各自存在一些不足。ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具最大的缺點是與實驗生物學特征缺乏聯(lián)系,特別是在金標準數(shù)據(jù)集構(gòu)建和分類特征提取方面;此外,現(xiàn)有預(yù)測工具均不可用也是較大的問題。ECM蛋白質(zhì)參考數(shù)據(jù)庫存在的問題為:ECM參考數(shù)據(jù)庫與實驗數(shù)據(jù)集重疊率較低;另外,現(xiàn)有ECM參考數(shù)據(jù)庫是通過半經(jīng)驗和人工注釋的方式構(gòu)建的,所以在數(shù)據(jù)庫更新和跨...

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具的主流研發(fā)流程

軍事科學院碩士學位論文第3頁圖1.1ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具的主流研發(fā)流程但是已有的ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具仍然面臨以下幾個問題：1、目前所有的工具均不可用。在已發(fā)表的幾篇文獻中，ECMP-HybKNN[18]、BAMORF[19]和TargetECMP[20]只提供了方法，并未研發(fā)可使....

圖1.2人類ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具和參考數(shù)據(jù)庫的研發(fā)和應(yīng)用本研究內(nèi)容主要包括四個部分：

軍事科學院碩士學位論文第5頁作進行有機地結(jié)合和統(tǒng)一，建立一個針對人類物種的ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具和參考數(shù)據(jù)庫的研發(fā)和應(yīng)用流程。如圖1.2所示，首先結(jié)合已有ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具和參考數(shù)據(jù)庫分別的優(yōu)勢研發(fā)人類ECM蛋白質(zhì)預(yù)測工具，之后將該工具應(yīng)用到全體人類蛋白質(zhì)構(gòu)建人類ECM蛋白質(zhì)參考....

圖3.1陽性金標準數(shù)據(jù)集中不同Matrisome類別的分布

軍事科學院碩士學位論文第18頁續(xù)表3.1用于構(gòu)建陽性金標準數(shù)據(jù)集的ECM蛋白質(zhì)組學研究器官樣本類型疾病名稱文獻及發(fā)表年份腹主動脈疾病腹主動脈瘤2011[46]隱靜脈疾病靜脈曲張2016[48]軟骨疾病骨關(guān)節(jié)炎2017[61]視網(wǎng)膜疾病糖尿病2017[52]頸動脈疾病頸動脈斑塊20....

圖3.2ECMPride的構(gòu)建流程

軍事科學院碩士學位論文第21頁3.3.1ECMPride的構(gòu)建我們構(gòu)建了ECMPride——一個基于命令行的工具——來預(yù)測ECM蛋白質(zhì)。這個工具可以從公共資源庫GitHub免費下載和使用：https://github.com/Binghui-Liu/ECMPride.git。EC....

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