細(xì)胞外基質(zhì)(extracellular matrix,ECM)蛋白質(zhì)是細(xì)胞微環(huán)境的重要組成部分,它不僅可以通過(guò)與其他蛋白質(zhì)的相互作用為細(xì)胞提供機(jī)械結(jié)構(gòu)支持,還可以通過(guò)信號(hào)傳導(dǎo)對(duì)細(xì)胞功能進(jìn)行調(diào)節(jié)。ECM蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能失調(diào)會(huì)導(dǎo)致成骨不全、軟骨發(fā)育異常、馬凡綜合征、纖維化和癌癥等嚴(yán)重的疾病,為了更好地研究這些疾病的發(fā)病機(jī)制并發(fā)掘潛在的診斷及治療靶點(diǎn),有必要對(duì)ECM蛋白質(zhì)的組成和功能進(jìn)行更加深入的研究。蛋白質(zhì)組學(xué)方法不僅可以通量鑒定分泌到胞外的ECM蛋白質(zhì),還可以對(duì)ECM蛋白質(zhì)的共價(jià)交聯(lián)和修飾進(jìn)行分析,因此是研究ECM蛋白質(zhì)的有力工具。與此同時(shí),構(gòu)建ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具和參考數(shù)據(jù)庫(kù)是進(jìn)行ECM蛋白質(zhì)組研究的必要條件。目前ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具和參考數(shù)據(jù)庫(kù)的研發(fā)相互獨(dú)立,并且它們各自存在一些不足。ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具最大的缺點(diǎn)是與實(shí)驗(yàn)生物學(xué)特征缺乏聯(lián)系,特別是在金標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集構(gòu)建和分類特征提取方面;此外,現(xiàn)有預(yù)測(cè)工具均不可用也是較大的問(wèn)題。ECM蛋白質(zhì)參考數(shù)據(jù)庫(kù)存在的問(wèn)題為:ECM參考數(shù)據(jù)庫(kù)與實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)集重疊率較低;另外,現(xiàn)有ECM參考數(shù)據(jù)庫(kù)是通過(guò)半經(jīng)驗(yàn)和人工注釋的方式構(gòu)建的,所以在數(shù)據(jù)庫(kù)更新和跨...

【文章頁(yè)數(shù)】：84 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1.1ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具的主流研發(fā)流程

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文第3頁(yè)圖1.1ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具的主流研發(fā)流程但是已有的ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具仍然面臨以下幾個(gè)問(wèn)題：1、目前所有的工具均不可用。在已發(fā)表的幾篇文獻(xiàn)中，ECMP-HybKNN[18]、BAMORF[19]和TargetECMP[20]只提供了方法，并未研發(fā)可使....

圖1.2人類ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具和參考數(shù)據(jù)庫(kù)的研發(fā)和應(yīng)用本研究?jī)?nèi)容主要包括四個(gè)部分：

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文第5頁(yè)作進(jìn)行有機(jī)地結(jié)合和統(tǒng)一，建立一個(gè)針對(duì)人類物種的ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具和參考數(shù)據(jù)庫(kù)的研發(fā)和應(yīng)用流程。如圖1.2所示，首先結(jié)合已有ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具和參考數(shù)據(jù)庫(kù)分別的優(yōu)勢(shì)研發(fā)人類ECM蛋白質(zhì)預(yù)測(cè)工具，之后將該工具應(yīng)用到全體人類蛋白質(zhì)構(gòu)建人類ECM蛋白質(zhì)參考....

圖3.1陽(yáng)性金標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集中不同Matrisome類別的分布

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文第18頁(yè)續(xù)表3.1用于構(gòu)建陽(yáng)性金標(biāo)準(zhǔn)數(shù)據(jù)集的ECM蛋白質(zhì)組學(xué)研究器官樣本類型疾病名稱文獻(xiàn)及發(fā)表年份腹主動(dòng)脈疾病腹主動(dòng)脈瘤2011[46]隱靜脈疾病靜脈曲張2016[48]軟骨疾病骨關(guān)節(jié)炎2017[61]視網(wǎng)膜疾病糖尿病2017[52]頸動(dòng)脈疾病頸動(dòng)脈斑塊20....

圖3.2ECMPride的構(gòu)建流程

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文第21頁(yè)3.3.1ECMPride的構(gòu)建我們構(gòu)建了ECMPride——一個(gè)基于命令行的工具——來(lái)預(yù)測(cè)ECM蛋白質(zhì)。這個(gè)工具可以從公共資源庫(kù)GitHub免費(fèi)下載和使用：https://github.com/Binghui-Liu/ECMPride.git。EC....

本文編號(hào)：3971448