考克氏菌屬是放線菌門微球菌科的一個屬,該屬菌株功能多樣性高,具有產抗生素、耐鹽堿、耐高低溫、抗輻射等特性,引起了學術界的廣泛關注�？伎耸暇鷮倬闗D4分離自南極大陸麥克默多干谷最北端的維達湖土壤中,其具有很強的抗氧化能力,對超氧陰離子自由基、羥基自由基有很強的清除能力,同時發(fā)現其最高可在10%的NaCl和pH11的環(huán)境中生長,具有很強的鹽堿耐受能力。但目前菌株KD4的抗氧化和耐鹽堿機制尚不清楚。挖掘菌株KD4基因組中蘊藏的信息對我們理解考克氏菌屬菌株對極端環(huán)境的適應機制及開發(fā)新型抗氧化物質具有重要意義。本文以菌株KD4為研究對象,通過活化鑒定、基因組DNA提取、全基因組文庫的構建及測序、全基因組注釋與功能分析、基因的系統發(fā)育分析、基因組比較分析等方法,對考克氏菌Kocuria sp.KD4進行基因組學分析研究,解釋其代謝過程及環(huán)境適應機制。取得了如下結果:(1)菌株KD4屬于印度考克氏菌(Kocuria indica),其基因組由一個環(huán)狀染色體構成,大小為2.8 Mb。經測序組裝得到了考克氏菌屬菌株KD4基因組完成圖,其由一個長2,806,716 bp的環(huán)狀染色體構成,G+C百分含量為...

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖3.1Kocuriasp.KD4基因組圖譜

考克氏菌屬菌株KD4基因組學研究-20-3結果與討論3.1考克氏菌屬菌株KD4基因組特征3.1.1菌株KD4基因組基本特征Kocuriasp.KD4基因組是由一個長2,806,716bp的環(huán)狀染色體構成，其G+C百分含量為68.83%。該基因組染色體共編碼2520個ORF，平均長....

圖3.2Kocuriasp.KD4與相似菌株管家基因的蛋白序列的系統發(fā)育樹

蘭州交通大學碩士學位論文-21-從外至內分別是：第一圈是基因組位置信息，第二圈是GC含量信息,第三圈是正鏈上的編碼基因（紅色標注），第四圈是負鏈上的編碼基因（綠色標注），第五圈是正鏈上的ncRNA信息（藍色標注），第六圈是負鏈上的ncRNA信息（紫色標注），第七圈標注的是基因組內....

圖3.3Kocuriasp.KD4基因組與其他同屬菌株的基因共線性圖

考克氏菌屬菌株KD4基因組學研究

圖3.4KEGG代謝途徑分類圖

考克氏菌屬菌株KD4基因組學研究-28-圖3.4KEGG代謝途徑分類圖Figure3.4KEGGpathwayclassificationmap在氨基酸和核苷酸代謝中，菌株KD4的基因組中含有完整的氨基酸、嘌呤和嘧啶合成代謝途徑所需要的關鍵酶基因。氮代謝中，菌株KD4基因組中擁有....

本文編號：3962640