屎腸球菌作為乳酸菌在食品發(fā)酵中的應(yīng)用一直以來備受爭議,這主要是因?yàn)椴糠质耗c球菌為條件致病菌,且對多種抗生素具有耐藥性。本研究將54株分離自自然發(fā)酵乳制品的屎腸球菌全基因組通過Illumina MiSeq高通量測序技術(shù)完成測序,同時(shí)在NCBI數(shù)據(jù)庫中檢索并下載具有明確分離源的107株屎腸球菌全基因組序列,對這161株屎腸球菌進(jìn)行比較基因組分析,研究乳制品分離株與動(dòng)物腸道分離株、人類腸道分離株、人類血液分離株等其他環(huán)境分離株之間進(jìn)化關(guān)系、環(huán)境特異性基因、耐藥基因、毒力因子和攜帶前噬菌體情況,充分了解不同環(huán)境差異對屎腸球菌基因組形成帶來的影響,并評估自然發(fā)酵乳制品中分離的屎腸球菌的安全性。主要研究結(jié)果如下:1.屎腸球菌GC含量為37.97±0.22%,基因組大小為2.85±0.20 Mb,預(yù)測基因數(shù)為2,765±187個(gè)。人類來源分離株具有最大的基因組和最大的預(yù)測基因數(shù)量,均顯著高于其他環(huán)境分離株。2.構(gòu)建161株屎腸球菌的核心基因和泛基因,其中1,013個(gè)基因存在于穩(wěn)定型核心基因組,12,457個(gè)基因存在于開放型泛基因組。將這些基因進(jìn)行功能分類,發(fā)現(xiàn)在核心基因組占比較大為參與碳水化合物、氨...

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【學(xué)位級別】：碩士

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圖４屎腸球菌泛基因組與核心基因組??

圖４屎腸球菌泛基因組與核心基因組??Ｆｉｇｕｒｅ．４?Ｐａｎ－?ａｎｄ?Ｃｏｒｅ－ｇｅｎｏｍｅｓ?ｏｆ?ｔｈｅ?ｓｐｅｃｉｅｓ?Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ?ｆｃｉｅｃｉｕｍ??注：采用ＧｒａｐｈＰａｄ?Ｐｒｉｓｍ?６軟件作圖。圖４ａ中橫坐標(biāo)為屎腸球菌菌株數(shù)，縱巫標(biāo)為屎腸球菌泛基因家....

圖６環(huán)境特異性基因的熱圖??Ｆｉｇｕｒｅ．６?Ｔｈｅ?ｈｅａｔｍａｐ?ｏｆ?ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ?ｇｅｎｅｓ??

基于環(huán)境特異性基因的定義，共發(fā)現(xiàn)環(huán)境特異性基因２０２個(gè)，包括乳制品特??異性基因１３６個(gè)、人類血液特異性基因３１個(gè)以及人類腸道特異性基因３５個(gè)，如??圖６所示。??１３６個(gè)乳制品特異性基因中１６個(gè)基因參與碳水化合物的轉(zhuǎn)運(yùn)和代謝［Ｇ］，其??中以／ａｃＡ／Ｂ［ＥＣ：?５．３．１．２....

本文編號：3923891