地衣是由真菌與藍(lán)藻(或綠藻)形成的穩(wěn)定的共生有機(jī)體。地衣的分布范圍十分廣泛,可在多種極端環(huán)境中生存,并且憑借其產(chǎn)生的具有多種活性的代謝產(chǎn)物在生態(tài)環(huán)境中起著重要作用。除了共生真菌和共生藻以外,地衣共生體中還存在著大量的細(xì)菌,它們?yōu)榈匾鹿采到y(tǒng)中的真菌和藻類(lèi)提供氮源、磷源、生長(zhǎng)激素類(lèi)物質(zhì),并協(xié)助光合作用和抵御生物脅迫等等。地衣細(xì)菌中包含大量的放線(xiàn)菌,它們起著生態(tài)防護(hù)作用。但是目前對(duì)地衣放線(xiàn)菌的物種多樣性、特殊的生物活性以及在地衣共生系統(tǒng)中的地位和作用等研究甚少。因此,實(shí)驗(yàn)室開(kāi)展了地衣稀有放線(xiàn)菌代謝產(chǎn)物的研究,以期闡明地衣放線(xiàn)菌在地衣共生系統(tǒng)中的生物學(xué)地位。本實(shí)驗(yàn)以分離自網(wǎng)脊肺衣中的放線(xiàn)菌目微桿菌科Subtercola屬的稀有放線(xiàn)菌菌株9846a為研究對(duì)象,對(duì)其進(jìn)行了全基因組測(cè)序。根據(jù)全基因組鳥(niǎo)槍法策略,利用Illumina MiSeq平臺(tái)第二代測(cè)序技術(shù)(Next-Generation Sequencing,NGS)對(duì)菌株9846a進(jìn)行全基因組雙末端測(cè)序,下機(jī)數(shù)據(jù)表明,菌株9846a的Reads總數(shù)為5,825,924,堿基總數(shù)為172,494,754 bp,堿基識(shí)別準(zhǔn)確率在99%以上的堿基...

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1菌株9846a菌落形態(tài)

r與擴(kuò)增后的DNA樣品3μL入5μLDNAMarker。壓120V，電泳時(shí)間為30m1500bp左右的條帶，拍照，模板送至上海生工生物工程有A格式上傳至NCBIBlast進(jìn)行種。線(xiàn)菌，在ISP2培養(yǎng)基上25℃淡黃色，質(zhì)地粘稠。菌株98

圖2.29846a16srRNA序列PCR擴(kuò)增片段電泳Figure2.29846a16srRNAsequencePCRamplificationfragmentelectrophoresis

圖2.29846a16srRNA序列PCR擴(kuò)增片段電泳6a16srRNAsequencePCRamplificationfragmen全基因組測(cè)序、組裝評(píng)估及功能注釋A提取試劑盒、DNA凝膠回收試-50、TaqDNA聚合酶、....

圖2.3單堿基質(zhì)量分布圖

圖2.3單堿基質(zhì)量分布圖Figure2.3Singlebasemassdistributionmap坐標(biāo)：reads的堿基位置（5→3）：所有reads在該位點(diǎn)的堿基Q值-中位數(shù)，藍(lán)線(xiàn)--平均數(shù)，黃線(xiàn)--25%-75%區(qū)間，觸須--10%-90%....

圖2.4basecontent分布圖

圖2.3單堿基質(zhì)量分布圖Figure2.3Singlebasemassdistributionmap坐標(biāo)：reads的堿基位置（5→3）：所有reads在該位點(diǎn)的堿基Q值-中位數(shù)，藍(lán)線(xiàn)--平均數(shù)，黃線(xiàn)--25%-75%區(qū)間，觸須--10%-90%....

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