RNA編輯是指DNA轉(zhuǎn)錄形成RNA過程中堿基發(fā)生改變的現(xiàn)象,其可能發(fā)生于RNA轉(zhuǎn)錄過程或者前體RNA轉(zhuǎn)錄后加工過程,一般以后者為主。RNA編輯通過對轉(zhuǎn)錄本的再修飾,豐富了基因表達(dá)方式,直接或間接地調(diào)節(jié)了基因表達(dá)水平,是豐富遺傳信息、參與生命活動調(diào)控的重要方式�；诟咄繙y序的RNA-Seq技術(shù)的發(fā)展和各種生物信息工具的研發(fā)使得大規(guī)模鑒定基因組中的RNA編輯事件成為可能,但目前相關(guān)研究主要集中在人類和模式動物中,在植物領(lǐng)域的研究還比較少。鑒于此,本研究以擬南芥核基因組和大麥葉綠體基因組為研究對象,在檢索、收集大量的RNA-Seq數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上,利用RES-Scanner軟件對擬南芥核基因組和大麥葉綠體基因組的RNA編輯事件進(jìn)行了系統(tǒng)的預(yù)測與鑒定分析,以期初步明確植物核基因組和細(xì)胞器基因組RNA編輯的組成和特征,為進(jìn)一步開展植物RNA編輯的生物學(xué)功能研究奠定基礎(chǔ)。主要取得了如下結(jié)果:(1)利用擬南芥生殖生長階段的84個轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),以擬南芥基因組為參考,共鑒定到26,231個RNA編輯位點;經(jīng)過去冗余和注釋后得到1,886個unique位點;各染色體長度和該染色體上的轉(zhuǎn)錄本數(shù)目與RNA編輯事件...

【文章頁數(shù)】：71 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 測序技術(shù)和轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
        1.1.1 測序技術(shù)的發(fā)展
        1.1.2 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)
        1.1.3 鏈特異性RNA-seq測序
    1.2 RNA編輯及其研究進(jìn)展
        1.2.1 RNA編輯的發(fā)現(xiàn)
        1.2.2 RNA編輯的機(jī)制和特征
        1.2.3 基于二代測序技術(shù)的RNA編輯位點檢測
    1.3 研究目的及意義
第二章 擬南芥核基因組RNA編輯的鑒定與分析
    2.1 試驗數(shù)據(jù)
    2.2 試驗方法
        2.2.1 試驗數(shù)據(jù)的預(yù)處理
        2.2.2 RNA編輯事件識別和鑒定
        2.2.3 RNA編輯位點的注釋
        2.2.4 RNA編輯類型的確定
        2.2.5 基因表達(dá)水平的定量方法
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 RNA編輯事件在染色體上的分布
        2.3.2 RNA編輯事件在基因組上的分布
        2.3.3 RNA編輯事件的編輯類型和序列特征分析
        2.3.4 RNA編輯事件對氨基酸的潛在影響
        2.3.5 RNA編輯事件對miRNA的潛在影響
        2.3.6 RNA編輯事件對mRNA翻譯效率的潛在影響
    2.4 討論
第三章 大麥葉綠體基因組RNA編輯的鑒定與分析
    3.1 試驗數(shù)據(jù)
    3.2 試驗方法
    3.3 結(jié)果與分析
    3.4 討論
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
附錄A 試驗涉及的Python腳本
致謝
個人簡歷



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