元基因組測序方法為微生物研究提供了有力的工具。但其中的DNA提取過程,會不可避免地混入實驗室中的空氣微生物。這些微生物DNA,是否會對一些極微量的元基因組檢測(如皮膚樣本等)結果造成影響,有多大影響,仍沒有明確結論。本研究首先收集了實驗室空氣樣品,用16S rRNA引物建立了基于qPCR的標準曲線,并檢測了在開放環(huán)境下提取DNA過程中可摻雜的環(huán)境微生物DNA量。然后在開放環(huán)境下提取純水DNA樣品并進行元基因組分析,以確定摻雜環(huán)境微生物的種類。最后分別在生物安全柜和實驗室開放環(huán)境下提取皮膚樣本,并用鳥槍測序方法對樣本的微生物組成進行分析,以評估摻雜環(huán)境微生物對元基因組檢測結果的影響。結果顯示,在實驗室開放環(huán)境的DNA提取過程中,環(huán)境微生物的DNA殘留可達28.9 pg,可達某些極微量樣本DNA總量的30%。元基因組分析顯示,樣品中摻雜的環(huán)境微生物主要是痤瘡桿菌Cutibacteriumacnes、大腸桿菌Escherichia coli等皮膚常見細菌。與潔凈皮膚樣本的信息相比,開放環(huán)境下提取摻雜了數(shù)十種環(huán)境微生物,并導致主要菌種的豐度大幅降低,從而影響結果的真實性。因此,微量樣品的DNA...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實驗室空氣微生物樣本的采集及標準曲線繪制
        1.1.1 實驗室空氣微生物樣本的采集
        1.1.2 DNA提取
        1.1.3 DNA定量
    1.2 實驗室開放環(huán)境下純水樣品DNA的提取
        1.2.1 DNA提取
        1.2.2 DNA定量
    1.3 皮膚樣品DNA的提取
        1.3.1 皮膚樣本的采集
        1.3.2 DNA提取
        1.3.3 鳥槍法元基因組測序
2 結果與分析
    2.1 實驗室環(huán)境微生物DNA的摻雜量
    2.2 開放環(huán)境DNA提取摻雜的微生物種類
    2.3 開放環(huán)境DNA提取對真實皮膚樣品測定結果的影響
3 討論



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