發(fā)布時(shí)間：2023-06-04 03:30

　　元基因組測(cè)序方法為微生物研究提供了有力的工具。但其中的DNA提取過(guò)程,會(huì)不可避免地混入實(shí)驗(yàn)室中的空氣微生物。這些微生物DNA,是否會(huì)對(duì)一些極微量的元基因組檢測(cè)(如皮膚樣本等)結(jié)果造成影響,有多大影響,仍沒(méi)有明確結(jié)論。本研究首先收集了實(shí)驗(yàn)室空氣樣品,用16S rRNA引物建立了基于qPCR的標(biāo)準(zhǔn)曲線,并檢測(cè)了在開(kāi)放環(huán)境下提取DNA過(guò)程中可摻雜的環(huán)境微生物DNA量。然后在開(kāi)放環(huán)境下提取純水DNA樣品并進(jìn)行元基因組分析,以確定摻雜環(huán)境微生物的種類。最后分別在生物安全柜和實(shí)驗(yàn)室開(kāi)放環(huán)境下提取皮膚樣本,并用鳥(niǎo)槍測(cè)序方法對(duì)樣本的微生物組成進(jìn)行分析,以評(píng)估摻雜環(huán)境微生物對(duì)元基因組檢測(cè)結(jié)果的影響。結(jié)果顯示,在實(shí)驗(yàn)室開(kāi)放環(huán)境的DNA提取過(guò)程中,環(huán)境微生物的DNA殘留可達(dá)28.9 pg,可達(dá)某些極微量樣本DNA總量的30%。元基因組分析顯示,樣品中摻雜的環(huán)境微生物主要是痤瘡桿菌Cutibacteriumacnes、大腸桿菌Escherichia coli等皮膚常見(jiàn)細(xì)菌。與潔凈皮膚樣本的信息相比,開(kāi)放環(huán)境下提取摻雜了數(shù)十種環(huán)境微生物,并導(dǎo)致主要菌種的豐度大幅降低,從而影響結(jié)果的真實(shí)性。因此,微量樣品的DNA...

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實(shí)驗(yàn)室空氣微生物樣本的采集及標(biāo)準(zhǔn)曲線繪制
        1.1.1 實(shí)驗(yàn)室空氣微生物樣本的采集
        1.1.2 DNA提取
        1.1.3 DNA定量
    1.2 實(shí)驗(yàn)室開(kāi)放環(huán)境下純水樣品DNA的提取
        1.2.1 DNA提取
        1.2.2 DNA定量
    1.3 皮膚樣品DNA的提取
        1.3.1 皮膚樣本的采集
        1.3.2 DNA提取
        1.3.3 鳥(niǎo)槍法元基因組測(cè)序
2 結(jié)果與分析
    2.1 實(shí)驗(yàn)室環(huán)境微生物DNA的摻雜量
    2.2 開(kāi)放環(huán)境DNA提取摻雜的微生物種類
    2.3 開(kāi)放環(huán)境DNA提取對(duì)真實(shí)皮膚樣品測(cè)定結(jié)果的影響
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本文編號(hào)：3830602