<正>生化反應(yīng)系統(tǒng)是系統(tǒng)生物學(xué)的主要研究對(duì)象。長(zhǎng)期以來(lái),這種系統(tǒng)的模擬與分析依賴于馬爾科夫假設(shè)(簡(jiǎn)稱馬氏假設(shè)),即反應(yīng)物種的隨機(jī)運(yùn)動(dòng)僅依賴于當(dāng)前狀態(tài),獨(dú)立于系統(tǒng)狀態(tài)的歷史。然而,這種無(wú)記憶性的假設(shè)是非常理想化的,實(shí)際的生化反應(yīng)系統(tǒng)是有記憶的,例如,許多生物學(xué)實(shí)驗(yàn)已經(jīng)證實(shí):分子記憶廣泛存在于基因表達(dá)調(diào)控系統(tǒng)中,并對(duì)基因表達(dá)水平有重要影響;又例如,反應(yīng)系統(tǒng)的環(huán)境擾動(dòng)或不確定性可以導(dǎo)致隨機(jī)反應(yīng)延遲,從而創(chuàng)造出單個(gè)反應(yīng)事件之間的記憶。由于分子記憶能夠?qū)е路邱R氏反應(yīng)運(yùn)動(dòng)學(xué),以及由于經(jīng)典的馬氏理論不能夠直接翻譯為非馬氏理論且不能直接應(yīng)用于非馬氏反應(yīng)過(guò)程的建模與分析,因此非

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