毛發(fā)作為一種非損傷性的生物樣本,在保護(hù)遺傳學(xué)和分子生態(tài)學(xué)研究中發(fā)揮著十分重要的作用。毛干含有核DNA(nuDNA)和線粒體DNA(mtDNA),但質(zhì)低、量少,已有的提取方法難以獲得滿足下游實驗需要的DNA。這主要受限于角蛋白消化不徹底、小片段DNA回收效率低、色素去除不徹底以及大量殘存細(xì)菌DNA。本文針對這些問題建立了一種高效的、適用范圍廣的及性價比高的毛干DNA提取方法。從北極狐(Vulpes lagopus)、華南虎(Panthera tigris amoyensis’)、狼(Canis lupus)、狗(Canis lupus familiaris)、梅花鹿(Cervus nippon)和牛(Bos taurus)等6種動物的毛干中提取DNA,采用熒光定量PCR方法對其nuDNA、mtDNA和細(xì)菌質(zhì)粒DNA的含量進(jìn)行定量檢測,并用提取的DNA對微衛(wèi)星(STR)和SNP標(biāo)記進(jìn)行分型實驗,評估提取效果和所得到的DNA的可用性。主要結(jié)果如下:1.從毛干中提取的總DNA中mtDNA的拷貝數(shù)比nuDNA至少高出3個數(shù)量級。2.毛干中的nuDNA片段可滿足150 bp以下的PCR擴(kuò)增,最大擴(kuò)...

【文章頁數(shù)】：50 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 毛發(fā)在動物研究中的應(yīng)用及發(fā)展
    1.2 毛發(fā)DNA的特點
        1.2.1 毛發(fā)的一般結(jié)構(gòu)和生長過程
        1.2.2 毛干DNA的質(zhì)量
    1.3 毛發(fā)DNA提取及相關(guān)檢測技術(shù)
    1.4 本研究的目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實驗材料
        2.1.1 樣本采集
        2.1.2 主要的實驗儀器
        2.1.3 主要的實驗試劑
    2.2 技術(shù)路線
    2.3 總DNA的提取
        2.3.1 肌肉組織DNA的提取
        2.3.2 毛干DNA的提取
    2.4 毛干DNA產(chǎn)量的評估
        2.4.1 拷貝數(shù)標(biāo)準(zhǔn)的建立
        2.4.2 qPCR引物的質(zhì)量檢測
        2.4.3 定量PCR方案的建立
        2.4.4 細(xì)菌DNA去除效果的評價方案
        2.4.5 nuDNA標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立、拷貝數(shù)計算及評價方法
    2.5 毛干DNA質(zhì)量及分型能力的評估
        2.5.1 毛干總DNA片段大小分布檢測
        2.5.2 nuDNA與mtDNA可擴(kuò)增片段長度的評估
        2.5.3 微衛(wèi)星分型能力的評價
        2.5.4 SNP分型能力的評價
3 實驗結(jié)果與分析
    3.1 毛發(fā)樣本的消化情況
    3.2 DNA純化效果的定性分析
    3.3 毛干基因組DNA質(zhì)量的初步分析
    3.4 毛干DNA產(chǎn)量的定量檢測
        3.4.1 重組標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的質(zhì)量鑒定
        3.4.2 標(biāo)準(zhǔn)曲線建立及其質(zhì)量評估
        3.4.3 動物DNA的定量結(jié)果與分析
    3.5 毛干DNA分型能力的定性檢測
        3.5.1 STR分型能力的比較與分析
        3.5.2 SNP分型特征的比較與分析
4 討論
    4.1 影響DNA提取的主要因素
    4.2 毛干DNA提取方法的優(yōu)化及確定
        4.2.1 消化體系的優(yōu)化
        4.2.2 提純方法的選擇及優(yōu)化
    4.3 毛干DNA分型能力的分析
        4.3.1 外源DNA污染的防控及清除
        4.3.2 毛干DNA的STR及SNP分型的可靠性
        4.3.3 提高毛干DNA分型能力的建議
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號：3766300