毛發(fā)作為一種非損傷性的生物樣本,在保護(hù)遺傳學(xué)和分子生態(tài)學(xué)研究中發(fā)揮著十分重要的作用。毛干含有核DNA(nuDNA)和線粒體DNA(mtDNA),但質(zhì)低、量少,已有的提取方法難以獲得滿足下游實(shí)驗(yàn)需要的DNA。這主要受限于角蛋白消化不徹底、小片段DNA回收效率低、色素去除不徹底以及大量殘存細(xì)菌DNA。本文針對(duì)這些問(wèn)題建立了一種高效的、適用范圍廣的及性價(jià)比高的毛干DNA提取方法。從北極狐(Vulpes lagopus)、華南虎(Panthera tigris amoyensis’)、狼(Canis lupus)、狗(Canis lupus familiaris)、梅花鹿(Cervus nippon)和牛(Bos taurus)等6種動(dòng)物的毛干中提取DNA,采用熒光定量PCR方法對(duì)其nuDNA、mtDNA和細(xì)菌質(zhì)粒DNA的含量進(jìn)行定量檢測(cè),并用提取的DNA對(duì)微衛(wèi)星(STR)和SNP標(biāo)記進(jìn)行分型實(shí)驗(yàn),評(píng)估提取效果和所得到的DNA的可用性。主要結(jié)果如下:1.從毛干中提取的總DNA中mtDNA的拷貝數(shù)比nuDNA至少高出3個(gè)數(shù)量級(jí)。2.毛干中的nuDNA片段可滿足150 bp以下的PCR擴(kuò)增,最大擴(kuò)...

【文章頁(yè)數(shù)】：50 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
1 緒論
    1.1 毛發(fā)在動(dòng)物研究中的應(yīng)用及發(fā)展
    1.2 毛發(fā)DNA的特點(diǎn)
        1.2.1 毛發(fā)的一般結(jié)構(gòu)和生長(zhǎng)過(guò)程
        1.2.2 毛干DNA的質(zhì)量
    1.3 毛發(fā)DNA提取及相關(guān)檢測(cè)技術(shù)
    1.4 本研究的目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 樣本采集
        2.1.2 主要的實(shí)驗(yàn)儀器
        2.1.3 主要的實(shí)驗(yàn)試劑
    2.2 技術(shù)路線
    2.3 總DNA的提取
        2.3.1 肌肉組織DNA的提取
        2.3.2 毛干DNA的提取
    2.4 毛干DNA產(chǎn)量的評(píng)估
        2.4.1 拷貝數(shù)標(biāo)準(zhǔn)的建立
        2.4.2 qPCR引物的質(zhì)量檢測(cè)
        2.4.3 定量PCR方案的建立
        2.4.4 細(xì)菌DNA去除效果的評(píng)價(jià)方案
        2.4.5 nuDNA標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立、拷貝數(shù)計(jì)算及評(píng)價(jià)方法
    2.5 毛干DNA質(zhì)量及分型能力的評(píng)估
        2.5.1 毛干總DNA片段大小分布檢測(cè)
        2.5.2 nuDNA與mtDNA可擴(kuò)增片段長(zhǎng)度的評(píng)估
        2.5.3 微衛(wèi)星分型能力的評(píng)價(jià)
        2.5.4 SNP分型能力的評(píng)價(jià)
3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析
    3.1 毛發(fā)樣本的消化情況
    3.2 DNA純化效果的定性分析
    3.3 毛干基因組DNA質(zhì)量的初步分析
    3.4 毛干DNA產(chǎn)量的定量檢測(cè)
        3.4.1 重組標(biāo)準(zhǔn)品質(zhì)粒的質(zhì)量鑒定
        3.4.2 標(biāo)準(zhǔn)曲線建立及其質(zhì)量評(píng)估
        3.4.3 動(dòng)物DNA的定量結(jié)果與分析
    3.5 毛干DNA分型能力的定性檢測(cè)
        3.5.1 STR分型能力的比較與分析
        3.5.2 SNP分型特征的比較與分析
4 討論
    4.1 影響DNA提取的主要因素
    4.2 毛干DNA提取方法的優(yōu)化及確定
        4.2.1 消化體系的優(yōu)化
        4.2.2 提純方法的選擇及優(yōu)化
    4.3 毛干DNA分型能力的分析
        4.3.1 外源DNA污染的防控及清除
        4.3.2 毛干DNA的STR及SNP分型的可靠性
        4.3.3 提高毛干DNA分型能力的建議
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的學(xué)術(shù)論文
致謝



本文編號(hào)：3766300